ניתוח חצי אוטומטי של משרעת שיא והשהיה עבור צורות גל של תגובת גזע המוח השמיעתית באמצעות R

תגובות של גזע מוח שמיעתי נאספות באופן שגרתי כדי לקבוע את סף השמיעה. צורת הגל של ABR מכילה מידע נוסף על פעילות גזע המוח, אך בעבר, חוקרים רבים נאלצו לנתח אותם באופן ידני. סקריפטים של R עובדים עם תוכנת R במסגרת RStudio כדי להפוך את ניתוח צורת הגל של ABR לאוטומטי למחצה.

הם בחינם וקלים לשימוש. תקוותנו היא שניתוח שגרתי של צורת הגל של ABR יאפשר למחקרים מאוחרים יותר להעריך את הרלוונטיות של עיבוד שמיעתי טרום-קוגניטיבי זה באבחון. כדי להתחיל, ייצא את תגובת גזע המוח השמיעתית או הקלטת ABR כקובץ ASCII.

עבור IHS, פתח את תוכנית המחשב, טען את הקובץ המעניין והצג את צורות הגל הרצויות בדף אחד. תחת הכרטיסיה נתונים, בחר שמור דף כ- ASCII כדי להשיג קובץ txt. לאחר מתן שם הולם לקובץ הנתונים באמצעות מזהה, רשום את פרטי המזהה והנושא בקובץ מטא-נתונים בשם מידע.

csv, תוך הקפדה שלא לכלול מידע כגון הגנוטיפ, המין, הגיל או הטיפול במזהה.חזור על השלבים עם כל הקבצים שיש לנתח כקבצי זיהוי נפרדים ולקבל את המטא נתונים. הורד והתקן את תוכניות R ו- RStudio מאתרי האינטרנט שלהם בהתאמה. לאחר מכן התקן את הספריות הנדרשות, מסודר, מבריק, עלילתי וגן חיות, עם הפקודות הנדרשות בחלון הפקודה של RStudio.

לאחר מכן, הורד את התסריטים findpeaks. r ו- see_trace_click. r מהמעבדה הלבנה GitHub, כמו גם זמן הקובץ המשויך.csv.

צור תיקיה חדשה בשם תיקיית בדיקה כדי למקם את כל קבצי ASCII, מידע. csv, וזמן.csv. בתוך תיקיית הבדיקה, צור תיקיית משנה בשם תיקיית ASCII ומקם את קבצי ASCII.

פתח את הממצאים. r script ב- RStudio על ידי לחיצה ימנית על הכרטיסייה עבור הסקריפט בסרגל הכלים כדי לבחור את ספריית העבודה שנקבעה ולהגדיר אותה לתיקיית בדיקה. בחלון הסקריפט, לחץ על מקור בפינה השמאלית העליונה של סרגל הכלים כדי לטעון את התוכנית.

לאחר מכן, בחלון הפקודה, השתמש בפקודות כדי לנתח את צורות הגל במצבי עיבוד בודדים ואצווה. טען את נתוני צורת הגל עבור האדם הספציפי באמצעות הפקודה. לאחר מכן, בחלון הפתוח של see_trace_click.

r script ב- RStudio, לחץ על לחצן הפעל אפליקציה בכותרת העליונה והמתן עד שיופיע חלון אינטראקטיבי חדש. בתיבה בפינה השמאלית העליונה, הזן את רמת הצליל עבור צורת הגל הדורשת תיקון וחפש את צורת הגל המוצגת בחלון. הזז את הסמן סביב צורת הגל כדי לחשוף את ההשהיה והמשרעת בכל נקודה.

כדי לתעד את נתוני ההשהיה והמשרעת, לחץ על השיא הנכון ולאחר מכן העתק/הדבק את הנתונים לקובץ ה- csv. חזור על התהליך כדי לרשום את הנתונים עבור השוקת לאחר שיא מיידי ולחשב את מדידת המשרעת על ידי הפחתת משרעת השוקת ממשרעת השיא בתא הגיליון האלקטרוני. העבר את המאומת.

קובצי csv לתיקיית משנה חדשה בשם Peak Data בתיקיית הבדיקה כדי לצרף את הנתונים. לאחר מכן, שלב את המטא נתונים על ידי ביצוע הפקודה. כדי לבצע ניתוח סטטיסטי על הנתונים שנאספו, השתמש במבחן לנורמליות כגון מבחן שפירא-וילק כדי להעריך את התפלגות הנתונים על ידי ביצוע הפונקציה.

אם מבחן שפירא-וילק אינו משמעותי, פירוש הדבר שלמערך הנתונים יש התפלגות נורמלית. לפיכך, להעריך את הנתונים עם מבחן פרמטרי כגון ANOVA על ידי ביצוע הפונקציה. אם מבחן שפירו-וילק קטן מ-P שווה ל-0.05, השתמש במבחן סכום הדירוג של קרוסקל-וואליס או במדד מתאים אחר שאינו פרמטרי.

לבסוף, הצג את צורות הגל הממוצעות על ידי ביצוע הפקודה. בתגובת צורת הגל של גירוי לחיצה של 75 דציבלים עבור עכבר F1 צעיר, הפסגות והשוקת זוהו באופן אוטומטי עם findpeaks.r. צורות הגל בין 5 ל-75 דציבלים מתקבלות מהפסגות והממצאים שזוהו ידנית.

r הושוו. הממוצעים משורטטים כקווים כבדים כאשר האזור המוצל מייצג סטיית תקן אחת והתוצאות המתקבלות על ידי findpeaks. r מתאם חזק עם התוצאות הידניות.

בעת ניסיון הליך זה, זכור להגדיר את ספריית העבודה כפי שהוא חיוני מאוד. סקריפט R מייעד פסגות ושקתות בהתבסס על חלונות ההשהיה עבור ABR העכבר המיושם עם הזמן. קובץ csv.

משתמשים עשויים לשנות זאת כדי לכמת צורות גל אחרות של EEG.