חיזוי פרמקולוגיה ברשת ותיקוף ניסיוני של מנגנון הפעולה Trichosanthes-Fritillaria thunbergii נגד אדנוקרצינומה של הריאות

רפואה סינית מסורתית, נדבר על המאפיינים של multicomponent של המטרה. שהיא הקופסה הבסיסית ביותר למחקר רשת וביולוגיה. עשינו הדגמה של הטכנולוגיה שתפחית את אחוז החסימה.

רשת פרמקולוגית היא טכנולוגיה אנליטית שיטתית, בונה את הכלים של אינטראקציה רשת עבודה של multifactors. זה יכול לחזות ביעילות את המסלול היחיד של הרפואה הסינית המסורתית ב הנתונים של Network Pharmacological מגיעים ממסד הנתונים, אם כי זה לא יכול לחזות את הקשר לתרופות, חלבונים, וזה עדיין צריך להיות מאומת על ידי ניסויים הבאים. כדי להתחיל, פתח את מסד הנתונים של HERB והשתמש ב- Gua Liu ו- Zhebimu כמילות מפתח כדי להשיג את המרכיבים של שתי התרופות.

הורד את הרשימה ואת מבנה החיוכים הקנוני של המרכיבים הקשורים של שתי התרופות. כעת קבע אם הרכיב המתקבל פעיל על-ידי הכללת רכיבים בעלי זמינות ביולוגית פומית וערכים דמויי תרופות במסד הנתונים של קבוצת HERB. אם לרכיב אין זמינות ביולוגית פומית וערכים דמויי תרופה, הזן את הרכיב במסד הנתונים השוויצרי ADME כדי לקבל את המידע על כל רכיב.

כלול רכיבים עם ספיגה גבוהה של GI ולפחות שני ערכים דמויי תרופה כן כרכיבים פעילים. כדי לחזות את היעד של הרכיבים הפעילים, פתח את מסד הנתונים של HERB. חפש והעתק את מבני החיוכים הקנוניים של הרכיבים הפעילים.

לאחר מכן פתח את גישת אנסמבל הדמיון והדבק את מבני החיוכים הקנוניים של הרכיבים הפעילים בתיבת החיפוש. לחץ על נסה את SEA'כדי להשיג את שם היעד מפתח היעד P-value, ואת TC המרבי של כל רכיב פעיל. העתק את הנתונים לגיליון אלקטרוני והשתמש בפונקציית סינון קבצי הגיליון האלקטרוני כדי לסנן את יעדי הרכיבים הפעילים לפי מפתח יעד.

העתק את כל המטרות לגיליון אלקטרוני והסר את הכפילויות כדי להשיג את יעדי הסמים. כעת פתחו את מאגר כרטיסי הגנים ואת התורשה המנדליאנית המקוונת באדם כדי לחזות את מטרות המחלה. השתמש באדנוקרצינומה של הריאות כמילת המפתח להשגת יעדי המחלה של אדנוקרצינומת הריאות.

הורד את הגיליונות האלקטרוניים של יעדי המחלה ומחק את המטרות החוזרות, כדי להשיג את יעדי אדנוקרצינומה ריאתית. בנה רשת יעד למחלה של רכיבי תרופות על-ידי העתקת המטרות הקשורות לאדנוקרצינומה של הריאות ויעדי התרופות לאותה עמודה, בגיליון אלקטרוני חדש. השתמש בפונקציית זיהוי הנתונים בסרגל הכלים כדי להשיג יעדי הצטלבות של המטרות הקשורות לאדנוקרצינומה של הריאות והמטרות הקשורות לרכיב הפעיל Trichosanthes Fritillaria Thunbergia.

פתח את Cytoscape 3.8.0. לחץ על קובץ בשורת התפריטים ובחר ייבוא. ואחריו רשת מקובץ.

לייבוא קובץ הגיליון האלקטרוני, מטב את הגודל והצבע של צמתי הרשת דרך סרגל הסגנון בלוח הבקרה השמאלי. השתמש בפונקציה נתח רשת עבור ניתוח טופולוגיית הרשת. לחץ על כלים בשורת התפריטים ובחר נתח רשת.

בחלונית הטבלה, לחץ על התואר בפס הכותרת כדי לסדר את הרכיבים לפי מעלה בסדר יורד. קח את 10 המרכיבים והיעדים המובילים כרכיבים הפעילים העיקריים ויעדי הליבה. לבנות את רשת PPI ולסנן את חלבוני הליבה.

פתח את מסד הנתונים של המחרוזות והדבק את רשימת תבניות הטקסט של המטרות הפוטנציאליות של Trichosanthes Fritillaria Thunbergia, נגד אדנוקרצינומות ריאות בתיבת הדו-שיח של רשימת השמות. לאחר מכן בחר הומוספיינס באורגניזמים. לחץ על חיפוש ובחר לחצני המשך, כאשר התוצאות זמינות, לחץ על הגדרות וסמן ביטחון גבוה 0.700 בהגדרות בסיסיות, תחת ציון אינטראקציה מינימלי נדרש סמן צמתים מנותקים גבוהים ברשת, בהגדרות מתקדמות.

לאחר מכן לחץ על לחצן העדכון. לאחר מכן, לחץ על ייצוא בשורת הכותרת והורד את הטקסט הטבלאי הקצר של הקשר PPI בפורמט TSV. פתח את Cytoscape 3.8.0.

לחץ על קובץ, בחר, ייבא, ואחריו רשת מקובץ כדי לייבא את הקובץ בפורמט TSV לניתוח חזותי. השתמש בפונקציית מנתח הרשת כדי לבצע את הניתוח הטופולוגי. מטב את הגודל והצבע של צמתי הרשת דרך סרגל הסגנון בלוח הבקרה השמאלי.

בצע ניתוח העשרה של KEGG על ידי פתיחת פלטפורמת Medscape, הדבקת רשימת פורמט הטקסט של המטרות הטיפוליות הפוטנציאליות בתיבת הדיאלוג, ולאחר מכן לחיצה על כפתור השליחה. סמן הומו ספיינס הן בקלט כמין והן בניתוח כמין' ולאחר מכן לחץ על כפתור הניתוח המותאם אישית. בחר העשרה.

סמן רק את מסלול KEGG ולאחר מכן לחץ על ניתוח העשרה. לאחר שמד ההתקדמות מגיע ל-100%, לחץ על הדף של דוח הניתוח בלחצן הכתום לקבלת תוצאות ההעשרה. לחץ על הכל בקובץ zip אחד'כדי להוריד את תוצאת ההעשרה ולאחר מכן לפתוח את קובץ _FINAL_GO'csv בתיקייה Enrichment_GO 'כדי לקבל את התוצאה.

פתח R-Software והקלד חבילת התקנה GG התוויית שתיים' וספריה GG התוויית two'in R להתקנת חבילת GG התוויית שני R. הקש Enter כדי להפעיל את התוכנית KEGG Visualization. כדי לזהות את כדאיות התא, עיכול שלב הגידול הלוגריתמי A 549 תאים עם מיליליטר אחד של 0.25% טריפסין במשך דקה אחת ב 37 מעלות צלזיוס.

הוסף מיליליטר אחד של DMEM Complete Medium כדי לנטרל את הטריפסין ולנשוף אותו בעדינות כדי לקדם נשירה של תאים. לאחר מכן צנטריפוגה את התערובת כדי להשיג את גלולת התא ולהשעות מחדש את התאים המתקבלים, באמצעות DMEM Complete Medium. הוסף את תרחיף התא להמוציטומטר וספור באמצעות מונה תאים אוטומטי, לדלל אותו לחמש פעמים 10 לתאים הרביעי למיליליטר, באמצעות מדיום DMEM מלא עכשיו להמיס גרם אחד של Trichosanthes Fritillaria Thunbergia מים לחלץ ב 10 מיליליטר של PBS ולסנן אותו דרך מסנן 0.22 מיקרומטר.

לדלל את התערובת לריכוזים שונים באמצעות PBS. צלחת 100 מיקרוליטר של התאים המדוללים לתוך כל באר של צלחת 96 באר. לאחר היצמדות לתאים, הוסף מיקרוליטר אחד של תמציות מים Trichosanthes Fritillaria Thunbergia בריכוזים שונים כדי להתאים את הריכוז של כל באר.

השליכו את המדיום המקורי לאחר 24 שעות של תרבית והוסיפו 100 מיקרוליטר DMEM. מדיום בסיסי להמשך דגירה למשך שעתיים בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס ו-5% פחמן דו חמצני. בתום הדגירה, מוסיפים 20 מיקרוליטר של תמיסת MTS ודגרים על התאים למשך שעה נוספת.

מעבירים את התערובת המודגרת לצלחת אחרת. באמצעות קורא מיקרו-לוחות, למדוד את הבליעה באורך גל של 490 ננומטר ולחשב את כדאיות התא. לדלל את שלב הגידול הלוגריתמי A 549 תאים לחמש פעמים 10 לתאים החמישי למיליליטר.

מוסיפים שני מיליליטר של תרחיף התא לצלחת שש בארות וגדלים במשך 12 שעות. לאחר קבלת דילולי PBS שונים של תמצית מים Trichosanthes Fritillaria Thunbergia כפי שהודגם קודם לכן, הוסף 20 מיקרוליטר של תמיסת PBS לקבוצת הביקורת הריקה ו -20 מיקרוליטר של דילולים שונים של תמצית מים Trichosanthes Fritillaria Thunbergia לקבוצת ריכוז שונה. לאחר 24 שעות של התערבות, השליכו את הסופרנאטנט ונקו את התאים עם PBS שלוש פעמים.

הוסיפו 250 מיקרוליטר של חיץ RIPA לכל באר ושכבו את התאים למשך 30 דקות. לאסוף את lysate עבור צנטריפוגליזציה ולקבל את supernatant. מוצגת רשת האינטראקציה הממוקדת במחלת מרכיב התרופה של Trichosanthes Fritillaria Thunbergia נגד אדנוקרצינומה של הריאות.

ברשת האינטראקציה, 10 המרכיבים הפעילים המובילים המתקבלים הם המרכיבים הפעילים העיקריים של הפעולה של Trichosanthes Fritillaria Thunbergia בטיפול באדנוקרצינומה של הריאות. רשת PPI כללה 122 חלבונים פונקציונליים ו-210 יחסי אינטראקציה. 10 חלבוני הליבה המובילים מעורבים בעיקר בניאו-וסקולריזציה, התפשטות תאים, אפופטוזיס והובלת קרום התא.

מבין 20 המסלולים המובילים המדורגים על ידי KEGG, מסלול האיתות PI3K-AKT, מסלול איתות Rap1, מסלול איתות פוספוליפאז-D ומסלול איתות MAPK1 קשורים קשר הדוק לסרטן ריאות, ביניהם מסלול PI3K-AKT דורג הראשון. תמציות Trichosanthes Fritillaria Thunbergia בריכוזים מעל 400 מיקרוגרם למיליליטר יכלו לעכב את התפשטות התאים והשפעת העיכוב על תאי A-549 בריכוזים של עד 800 מיקרוגרם למיליליטר, הייתה קרוב לחצי ריכוז מעכב. ההתערבות של תמציות Trichosanthes Fritillaria Thunbergia לא גרמה לשינוי משמעותי בביטוי חלבון AKT בכל קבוצה.

עם זאת, ביטוי p-AKT Serine-473 עוכב, והראה השפעה תלוית מינון. המרכיבים הקריטיים של Trichosanthes Fritillaria Thunbergia עוגנו מולקולרית עם חלבוני המפתח של מסלול PI3K AKT, והתוצאות הצביעו על כך שאנרגיות הקישור של Diosmetin ו- Kaempferol עם AKT1 היו פחות ממינוס שבע, מה שמצביע על פעילות קשירה חזקה. הדבר החשוב ביותר הוא להשיג חומרים פעילים על המטרות של הרפואה הסינית המסורתית.

כמו גם את המטרות של אשר הוא הליבה של רשת פרמקולוגית.