זיהוי כמותי של הצלבות DNA-חלבון והשינויים שלאחר התרגום

הפרוטוקול הנוכחי מדגיש שיטה שונה לזיהוי וכימות של קישורי DNA-חלבון (DPC) והשינויים שלאחר התרגום שלהם (PTM), כולל יוביקוויטילציה, SUMOylation ו-ADP-ריבוסילציה המושרה על ידי מעכבי טופואיזומראז ועל ידי פורמלדהיד, ובכך מאפשר לחקור היווצרות ותיקון של DPCs וה-PTM שלהם.

ובכן, המחקר שלי מתמקד בתיקון נזקי דנ"א. בפרט, תיקון של נזק DNA המושרה על ידי מעכבי topoisomerase, על ידי מעכבי PARP, ועל ידי אלדהידים. אני מנסה להמחיש את המנגנונים המולקולריים שבאמצעותם התאים מתקנים קישורים צולבים של חלבוני דנ"א הנגרמים על ידי תרופות אלה.

ההתקדמות האחרונה בתיקון הצלבות חלבוני DNA כוללת זיהוי מסלולי תיקון חדשניים עבור הצלבות חלבוני DNA ומנגנוני השינוי לאחר ההשתלה המווסתים מסלולי תיקון אלה. ב- Vivo Complex of Enzyme assay ו- Rapid Approach to DNA Adduct Recovery assay הן השיטות הנפוצות ביותר למדידת הצלבות חלבוני DNA וקישורים צולבים מסוימים של חלבוני DNA, כגון הצלבות חלבון DNA אחד טופואיזומראז, ניתנות לזיהוי על ידי אימונופלואורסנציה באמצעות נוגדן ספציפי. אחד האתגרים הגדולים ביותר הוא חקר תפקידם של שינויים פוסט-תרגומיים בתיקון קישורים צולבים של חלבוני DNA.

זה היה מאתגר מאוד להעשיר ולזהות הצלבות של חלבוני DNA מצומדים לאחר תרגום בשל השפע הנמוך מאוד שלהם. פרוטוקול זה מספק פרטים על זיהוי של כימות של הצלבות חלבוני DNA deubiquitylated, SUMOylated ו- ADP-ribosylated, ומאפשר לחוקרים לחקור את הקינטיקה ואת היווצרותם של שינויים אלה בתיקון הצלבות חלבוני DNA ממקורות שונים. פרוטוקולים אחרים לזיהוי הצלבות חלבוני DNA אינם מכילים שלבים המתארים זיהוי של השינויים שלאחר התרגום.

בעוד פרוטוקול זה מספק פרטים כגון ריכוזי תרופות ומשכי זמן כדי לגרום לשינויים ושיטות להפריד ולזהות שינויים, כמו גם שיטות לייצוב שינויים. אז כמה שינויים לאחר ההשתלה זוהו בתיקון של הצלבות חלבון DNA. כיצד הם מתאמים את התיקון עדיין לא ידוע במידה רבה.

כתוצאה מכך, יחסי הגומלין בין שינויים אלה מצדיקים חקירה נוספת.