Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution

Stephanie Ibrahim; Catherine Robert; Camille Humbert; Clotilde Ferreira; Gwena&#235;lle Collod; Sonia Stefanovic

doi:10.3791/65328

בידוד גרעינים מתאי אב לבביים של עכברים עבור אפיגנום ופרופיל ביטוי גנים ברזולוציה של תא בודד

JoVE Journal
Developmental Biology

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Developmental Biology

Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution

בידוד גרעינים מתאי אב לבביים של עכברים עבור אפיגנום ופרופיל ביטוי גנים ברזולוציה של תא בודד

Full Text

4,059 Views

10:03 min

May 12, 2023

DOI: 10.3791/65328-v

Stephanie Ibrahim¹, Catherine Robert², Camille Humbert², Clotilde Ferreira¹, Gwenaëlle Collod², Sonia Stefanovic¹

¹Center for Cardiovascular Disease & Nutrition, U1263,Aix-Marseille University, ²Marseille Medical Genetics, U1251,Aix-Marseille University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

כאן אנו מציגים פרוטוקול המתאר הכנת גרעיני תאים. לאחר מיקרודיסקציה ודיסוציאציה אנזימטית של רקמת הלב לתאים בודדים, תאי האב הוקפאו, ולאחר מכן בידוד של תאים טהורים בני קיימא, ששימשו לריצוף RNA של גרעין יחיד ובדיקת גרעין יחיד לכרומטין נגיש לטרנספוזאז עם ניתוחי ריצוף בתפוקה גבוהה.

המטרה העיקרית של פרוטוקול זה היא לחקור את האינטראקציה של גורמים גנטיים וסביבתיים בהקשר של התפתחות הלב ותרומתם למומי לב מולדים. גישות של גרעינים בודדים כגון RNA-seq של גרעינים בודדים וגרעינים בודדים אטקסיים מתגלות כשיטות מפתח לחקר הטרוגניות התאית בבריאות ובמחלות במהלך התפתחות הלב. צעד מגביל אחד של ניסויים אלה הוא שכל הדגימה צריכה להיות מופעלת בו זמנית.

תוך כדי עבודה עם כל תנאי הניסוי, איסוף חומר טרי מספיק עבור כל התנאים בו זמנית יכול להיות מאתגר. למרות שבשנים האחרונות חלה התקדמות משמעותית בתחום התא הבודד, הקושי העיקרי הוא עיבוד דגימות חופשיות. הימנעות מהקושי מועילה מאוד לזיהוי המנגנון המולקולרי העומד בבסיס מומים מולדים במחלות לב.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos