Name: ניתוח מולטיומיקס של TMEM200A כסמן ביולוגי פאן-סרטני (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-09-15T14:10:00.000+00:00
Duration: 7 min 47 s
Description: חקור ניתוח מולטיומיקס של TMEM200A כסמן ביולוגי בסרטן הקיבה באמצעות כלי ביואינפורמטיקה ואימות ניסיוני. שיטה זו מזהה מנגנונים חדשים ומטרות טיפוליות פוטנציאליות.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (82160550).

TMEM200A: אונקוגן חדשני המווסת EMT ו- PI3K/AKT בסרטן קיבה

<ol><li>Torre, L. A., Siegel, R. L., Ward, E. M., Jemal, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+cancer+incidence+and+mortality+rates+and+trends--an+update%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidemiol+Biomarkers+Prev%22%5BJournal%5D)">Global cancer incidence and mortality rates and trends--an update.</a> Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 25 (1), 16-27 (2016).</li>
<li>Long, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Economic+burden+of+malignant+tumors+-+Yichang+City%2C+Hubei+Province%2C+China%2C+2019%5BTitle%5D)+AND+%22China+CDC+Wkly%22%5BJournal%5D)">Economic burden of malignant tumors - Yichang City, Hubei Province, China, 2019.</a> China CDC Wkly. 4 (15), 312-316 (2022).</li>
<li>Harbeck, N., Gnant, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Breast cancer.</a> Lancet. 389 (10074), 1134-1150 (2017).</li>
<li>Bagchi, S., Yuan, R., Engleman, E. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune+checkpoint+inhibitors+for+the+treatment+of+cancer%3A+clinical+impact+and+mechanisms+of+response+and+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Pathol%22%5BJournal%5D)">Immune checkpoint inhibitors for the treatment of cancer: clinical impact and mechanisms of response and resistance.</a> Annu Rev Pathol. 16, 223-249 (2021).</li>
<li>Lam, G. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pitfalls+in+cutaneous+melanoma+diagnosis+and+the+need+for+new+reliable+markers%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Diagn+Ther%22%5BJournal%5D)">Pitfalls in cutaneous melanoma diagnosis and the need for new reliable markers.</a> Mol Diagn Ther. 27 (1), 49-60 (2023).</li>
<li>Gromiha, M. M., Ou, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioinformatics+approaches+for+functional+annotation+of+membrane+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Brief+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Bioinformatics approaches for functional annotation of membrane proteins.</a> Brief Bioinform. 15 (2), 155-168 (2014).</li>
<li>Schmit, K., Michiels, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TMEM+proteins+in+cancer%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">TMEM proteins in cancer: a review.</a> Front Pharmacol. 9, 1345(2018).</li>
<li>Marx, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transmembrane+%28TMEM%29+protein+family+members%3A+Poorly+characterized+even+if+essential+for+the+metastatic+process%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cancer+Biol%22%5BJournal%5D)">Transmembrane (TMEM) protein family members: Poorly characterized even if essential for the metastatic process.</a> Semin Cancer Biol. 60, 96-106 (2020).</li>
<li>Fu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overexpression+of+transmembrane+protein+168+in+the+mouse+nucleus+accumbens+induces+anxiety+and+sensorimotor+gating+deficit%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Overexpression of transmembrane protein 168 in the mouse nucleus accumbens induces anxiety and sensorimotor gating deficit.</a> PLoS One. 12 (12), e0189006(2017).</li>
<li>Cuajungco, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abnormal+accumulation+of+human+transmembrane+%28TMEM%29-176A+and+176B+proteins+is+associated+with+cancer+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Histochem%22%5BJournal%5D)">Abnormal accumulation of human transmembrane (TMEM)-176A and 176B proteins is associated with cancer pathology.</a> Acta Histochem. 114 (7), 705-712 (2012).</li>
<li>Zhang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TMEM116+is+required+for+lung+cancer+cell+motility+and+metastasis+through+PDK1+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">TMEM116 is required for lung cancer cell motility and metastasis through PDK1 signaling pathway.</a> Cell Death Dis. 12 (12), 1086(2021).</li>
<li>Zhang, N., Pan, H., Liang, X., Xie, J., Han, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roles+of+transmembrane+family+proteins+in+the+regulation+of+store-operated+Ca%282%2B%29+entry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">The roles of transmembrane family proteins in the regulation of store-operated Ca(2+) entry.</a> Cell Mol Life Sci. 79 (2), 118(2022).</li>
<li>Zhang, X., Zheng, P., Li, Z., Gao, S., Liu, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+somatic+mutation+landscape+and+RNA+prognostic+markers+in+stomach+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Onco+Targets+Ther%22%5BJournal%5D)">The somatic mutation landscape and RNA prognostic markers in stomach adenocarcinoma.</a> Onco Targets Ther. 13, 7735-7746 (2020).</li>
<li>Jia, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mining+TCGA+database+for+genes+of+prognostic+value+in+glioblastoma+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment.</a> Aging (Albany NY). 10 (4), 592-605 (2018).</li>
<li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UCSCXenaShiny%3A+an+R%2FCRAN+package+for+interactive+analysis+of+UCSC+Xena+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">UCSCXenaShiny: an R/CRAN package for interactive analysis of UCSC Xena data.</a> Bioinformatics. 38 (2), 527-529 (2022).</li>
<li>Li, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TIMER2.0+for+analysis+of+tumor-infiltrating+immune+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells.</a> Nucleic Acids Res. 48 (W1), W509-W514 (2020).</li>
<li>Thul, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+subcellular+map+of+the+human+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A subcellular map of the human proteome.</a> Science. 356 (6340), eaal3321(2017).</li>
<li>Li, Y., Ge, D., Lu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+SMART+App%3A+an+interactive+web+application+for+comprehensive+DNA+methylation+analysis+and+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Epigenetics+Chromatin%22%5BJournal%5D)">The SMART App: an interactive web application for comprehensive DNA methylation analysis and visualization.</a> Epigenetics Chromatin. 12 (1), 71(2019).</li>
<li>Chandrashekar, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UALCAN%3A+An+update+to+the+integrated+cancer+data+analysis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Neoplasia%22%5BJournal%5D)">UALCAN: An update to the integrated cancer data analysis platform.</a> Neoplasia. 25, 18-27 (2022).</li>
<li>Tate, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((COSMIC%3A+the+Catalogue+Of+Somatic+Mutations+In+Cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">COSMIC: the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer.</a> Nucleic Acids Res. 47 (D1), D941-D947 (2019).</li>
<li>Gao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+complex+cancer+genomics+and+clinical+profiles+using+the+cBioPortal%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Signal%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal.</a> Sci Signal. 6 (269), pl1(2013).</li>
<li>Shen, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sangerbox%3A+A+comprehensive%2C+interaction-friendly+clinical+bioinformatics+analysis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22iMeta%22%5BJournal%5D)">Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform.</a> iMeta. 1 (3), e36(2022).</li>
<li>Ru, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TISIDB%3A+an+integrated+repository+portal+for+tumor-immune+system+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">TISIDB: an integrated repository portal for tumor-immune system interactions.</a> Bioinformatics. 35 (20), 4200-4202 (2019).</li>
<li>Yuan, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CancerSEA%3A+a+cancer+single-cell+state+atlas%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">CancerSEA: a cancer single-cell state atlas.</a> Nucleic Acids Res. 47 (D1), D900-D908 (2019).</li>
<li>Sun, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TISCH%3A+a+comprehensive+web+resource+enabling+interactive+single-cell+transcriptome+visualization+of+tumor+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment.</a> Nucleic Acids Res. 49 (D1), D1420-D1430 (2021).</li>
<li>Warde-Farley, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+GeneMANIA+prediction+server%3A+biological+network+integration+for+gene+prioritization+and+predicting+gene+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function.</a> Nucleic Acids Res. 38, W214-W220 (2010).</li>
<li>Zhu, Y., Feng, S., Song, Z., Wang, Z., Chen, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+immunological+characteristics+and+immune+subtypes+based+on+single-sample+gene+set+enrichment+analysis+algorithm+in+lower-grade+glioma%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Identification of immunological characteristics and immune subtypes based on single-sample gene set enrichment analysis algorithm in lower-grade glioma.</a> Front Genet. 13, 894865(2022).</li>
<li>Mueller Bustin, S. A., R, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+reverse+transcription+PCR+%28qRT-PCR%29+and+its+potential+use+in+clinical+diagnosis%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Sci+%28Lond%29%22%5BJournal%5D)">Real-time reverse transcription PCR (qRT-PCR) and its potential use in clinical diagnosis.</a> Clin Sci (Lond). 109 (4), 365-379 (2005).</li>
<li>Sun, L., Zhang, H., Gao, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming+and+epigenetic+modifications+on+the+path+to+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming and epigenetic modifications on the path to cancer.</a> Protein Cell. 13 (12), 877-919 (2022).</li>
<li>Ntontsi, P., Photiades, A., Zervas, E., Xanthou, G., Samitas, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetics+and+epigenetics+in+asthma%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Genetics and epigenetics in asthma.</a> Int J Mol Sci. 22 (5), 2412(2021).</li>
<li>Martínez-Reyes, I., Chandel, N. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+metabolism%3A+looking+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Cancer metabolism: looking forward.</a> Nat Rev Cancer. 21 (10), 669-680 (2021).</li>
<li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PremPS%3A+Predicting+the+impact+of+missense+mutations+on+protein+stability%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">PremPS: Predicting the impact of missense mutations on protein stability.</a> PLoS Comput Biol. 16 (12), e1008543(2020).</li>
<li>Li, M., Petukh, M., Alexov, E., Panchenko, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predicting+the+impact+of+missense+mutations+on+protein-protein+binding+affinity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chem+Theory+Comput%22%5BJournal%5D)">Predicting the impact of missense mutations on protein-protein binding affinity.</a> J Chem Theory Comput. 10 (4), 1770-1780 (2014).</li>
<li>Hirsch, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+responses+to+PD-1+inhibition+and+their+molecular+characterization+in+six+patients+with+mismatch+repair-deficient+metastatic+cancer+of+the+digestive+system%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cancer+Res+Clin+Oncol%22%5BJournal%5D)">Clinical responses to PD-1 inhibition and their molecular characterization in six patients with mismatch repair-deficient metastatic cancer of the digestive system.</a> J Cancer Res Clin Oncol. 147 (1), 263-273 (2021).</li>
<li>Poulogiannis, G., Frayling, I. M., Arends, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+mismatch+repair+deficiency+in+sporadic+colorectal+cancer+and+Lynch+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Histopathology%22%5BJournal%5D)">DNA mismatch repair deficiency in sporadic colorectal cancer and Lynch syndrome.</a> Histopathology. 56 (2), 167-179 (2010).</li>
<li>Chintamani, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expression+of+mismatched+repair+genes+and+their+correlation+with+clinicopathological+parameters+and+response+to+neo-adjuvant+chemotherapy+in+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Int+Semin+Surg+Oncol%22%5BJournal%5D)">The expression of mismatched repair genes and their correlation with clinicopathological parameters and response to neo-adjuvant chemotherapy in breast cancer.</a> Int Semin Surg Oncol. 4, 5(2007).</li>
<li>Deng, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+expression+of+TMEM200A+is+associated+with+a+poor+prognosis+and+immune+infiltration+in+gastric+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Pathol+Oncol+Res%22%5BJournal%5D)">High expression of TMEM200A is associated with a poor prognosis and immune infiltration in gastric cancer.</a> Pathol Oncol Res. 29, 1610893(2023).</li>
<li>Stemmler, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cadherins+in+development+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Cadherins in development and cancer.</a> Mol Biosyst. 4 (8), 835-850 (2008).</li>
<li>Bill, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ANO1%2FTMEM16A+interacts+with+EGFR+and+correlates+with+sensitivity+to+EGFR-targeting+therapy+in+head+and+neck+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncotarget%22%5BJournal%5D)">ANO1/TMEM16A interacts with EGFR and correlates with sensitivity to EGFR-targeting therapy in head and neck cancer.</a> Oncotarget. 6 (11), 9173-9188 (2015).</li>
<li>De Las Rivas, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+drug+resistance+induced+by+EMT%3A+novel+therapeutic+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Toxicol%22%5BJournal%5D)">Cancer drug resistance induced by EMT: novel therapeutic strategies.</a> Arch Toxicol. 95 (7), 2279-2297 (2021).</li>
<li>Tian, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SERPINH1+regulates+EMT+and+gastric+cancer+metastasis+via+the+Wnt%2F%CE%B2-catenin+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">SERPINH1 regulates EMT and gastric cancer metastasis via the Wnt/β-catenin signaling pathway.</a> Aging (Albany NY). 12 (4), 3574-3593 (2020).</li>
</ol>

המחברים מצהירים כי אין ניגודי עניינים.

TMEM200A שייך למשפחה של TMEMs החיונית לתאי סרטן להתרבות38. הביטוי המשתנה של TMEM200A בממאירויות שונות קיבל פחות תשומת לב, וחקירה פאן-סרטנית יסודית לוקה בחסר. עם זאת, עדויות ממשיכות להצטבר, ומראות כי משפחת החלבונים הטרנסממברנליים TMEM עשויה להיות חשובה בשמירה על תאי סרטן ממאירים באמצעות אינטראקציות עם מספר חלבונים, לדוגמה, הפעלה של TMEM16A Ca2+ מופעל Cl- ערוצים על ידי ROCK1/moesin מקדם גרורות BRCA39. לכן, בעבודה הנוכחית, הניתוחים שלנו ...

מחלת הסרטן התגלתה כבעיה מתמשכת בתחום בריאות הציבור המסכנת את בריאות האדם בעולם1בשל שיעורי התחלואה והתמותה הגבוהים ברחבי העולם, ומהווה נטל כלכלי ורפואי כבד על החברה2. התקדמות משמעותית בטיפול בסרטן הושגה בשנים האחרונות הודות לגילוי סמני סרטן3, וחוקרים פיתחו שיטות אבחון חדשניות ותרופות חדשות לטיפול בסרטן. עם זאת, לחלק מהחולים עם סרטן עדיין יש פרוגנוזות גרועות בגלל גורמים כגון עמידות לתרופות, תופעות לוואי של תרופות ורגישות כימית4. לכן, יש צורך דחוף בזיהוי סמנים ביולוגיים חדשים לבדיקות סקר וטיפול בסרטן בשלב מוקדם5.
חלבוני ממברנה הם חלבונים שיכולים להיקשר ולהשתלב בתאים ובקרומי אברונים6. ניתן לקבץ אותם לשלוש קטגוריות בהתאם לחוזק הקשירה לממברנה ומיקומם: חלבונים מעוגני שומנים, חלבונים אינטגרליים וחלבוני קרום היקפי 7,8. חלבון טרנסממברנה (TMEM) הוא חלבון קרום אינטגרלי המורכב לפחות מקטע טרנסממברנהאחד 9, העובר באופן מלא או חלקי דרך הממברנה הביולוגית.
למרות שמנגנוני הפעולה של חלבונים השייכים למשפחת TMEM אינם מובנים היטב, חלבונים אלה ידועים כמעורבים במספר סוגים של סרטן10. מספר חלבוני TMEM קשורים לפנוטיפים נודדים, מתרבים ופולשניים, והביטוי שלהם קשור לעתים קרובות לפרוגנוזה של המטופל11. לכן, בני משפחת TMEM הפכו למטרה למחקר. סקירה מקיפה של דיווחים קיימים על TMEM גילתה כי הם קשורים בעיקר לאיתות בין-תאיותוך-תאי 12, מחלות הקשורות למערכת החיסון וגידולים10. ל-TMEMs רבים יש גם פונקציות פיזיולוגיות חשובות, לדוגמה, תעלות יונים בקרום הפלזמה, הפעלת מסלולי העברת אותות, כמו גם תיווך של כימוטקסיס של תאים, הידבקות, אפופטוזיס ואוטופגיה10. לכן, שיערנו כי חלבוני TMEM עשויים להיות סמנים פרוגנוסטיים חשובים בגילוי וטיפול בגידולים.
ביטוי TMEM200A מוגבר באופן משמעותי בסרטן קיבה (GC). ביטוי גבוה יותר של TMEM200A13, שיש לו שמונה אקסונים ואורך מלא של 77.536 קילו-בתים בכרומוזום 6q23.1, נקשר לפרוגנוזה גרועה להישרדות כוללת (OS) במקרים של GC. עם זאת, השינויים בביטויו כמעט ולא דווחו במחקרים אונקולוגיים. מאמר זה משווה ומנתח את התועלת של TMEM200A כמטרה טיפולית וכסמן אבחוני גידול במחקרי סרטן שונים באמצעות מערכי נתונים שונים הזמינים לציבור. הערכנו את היעילות של TMEM200A כסמן ביולוגי פאן סרטני אבחוני ופרוגנוסטי וכן את רמות הביטוי שלו בסוגי סרטן שונים בבני אדם באמצעות נתוני RNA-seq ממסדי הנתונים UCSC Xena ו-TCGA, כמו גם על ידי תגובת שרשרת כמותית בזמן אמת של פולימראז (qRT-PCR) וכתמים מערביים.
ההשפעה של רמות ביטוי TMEM200A על שיעורי מוטציות, תהליכי ויסות, אבחון ופרוגנוזה של גידולים, חדירה חיסונית ואימונותרפיה נחקרה עוד יותר באמצעות שילוב של כלים חישוביים ואתרי מערכי נתונים. CBioPortal וקטלוג המוטציות הסומטיות בתאי סרטן (COSMIC) שימשו לבחינת מוטציות בשנת TMEM200A. אתרי האינטרנט Sangerbox ו-TISIDB שימשו כדי להבין כיצד TMEM200A משפיע על חדירה חיסונית. הכלי המקוון TISCH (Tumor Immune Single Cell Center) ומסד הנתונים CancerSEA שימשו לחקר תפקודו של TMEM200A. לבסוף, כדי להעריך את ההשפעה של TMEM200A על ההתנהגות הממאירה ותפקוד התפתחות הגידול של תאי GC, נערך ניסוי אובדן תפקוד במבחנה . בנוסף, בוצעה כתם מערבי כדי להעריך כיצד הפלה TMEM200A השפיעה על מסלול האיתות PI3K/AKT ועל המעבר האפיתל-מזנכימלי (EMT) ב- GC.

<table><tbody><tr><td>נוגדן נגד AKT</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>60203-2-IG</td><td></td></tr><tr><td>נוגדן נגד E-cadherin</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>20874-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>נוגדן נגד גליצרלדהיד 3-פוספט דהידרוגנאז (GAPDH)</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>10494-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>נוגדן נגד N-cadherin</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>22018-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>נוגדן נגד P-AKT</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>66444-1-Ig</td><td></td></tr><tr><td>נוגדן נגד חלזונות</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>13099-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>נוגדן נגד וימנטין</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>10366-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>AxyPrepMultisourceTotalRNAMini- ערכת הכנה</td><td>Suzhou Youyi Landi Biotechnology Co., Ltd</td> ערכת בדיקת חלבון <td>UEL-UE-MN-MS-RNA-50G</td><td></td></tr><tr><td>BCA</td><td>Epizyme Biotech</td><td>ZJ101L</td><td></td></tr><tr><td>CCK-8 מגיב</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-K0301-500T</td><td></td></tr><tr><td>סרום בקר עוברי (FBS)</td><td>CYAGEN BIOSCIENCES (GUANGZHOU) INC</td><td>FBSSR-01021</td><td></td></tr><tr><td>GAPDH primer</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td></td><td>פריימר קדימה (5'-3'): TGACATCAAGAAGGTG GTGAAGCAG; פריימר הפוך (5'-3'): GTGTCGCTGTTGAAG TCAGAGGAG</td></tr><tr><td>HighGene בתוספת ריאגנט טרנספקציה</td><td>ABclonal</td><td>RM09014P-HRP</td><td></td></tr><tr><td>מצומד Affinipure Goat Anti-Mouse lgG (H+L)</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>SA00001-1</td><td></td></tr><tr><td>מצומד HRP Affinipure Goat Anti-Rabbit lgG (H+L)</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>SA00001-2</td><td></td></tr><tr><td>אפיתל רירית קיבה אנושית <תאים חזקים>GES-1</חזקים></td><td>Guangzhou Cellcook Biotech Co., Ltd.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>תאי STAD HGC-27 אנושיים</td><td>Procell Life Science & טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td></td><td></td></tr><tr><td>תאי STAD אנושיים SGC-7901 Procell</td><td>מדעי החיים & טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MonAmp SYBR ירוק qPCR מיקס (ללא ROX)</td> <td>מונה (סוג'ואו) ביוטכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>MQ10101S</td><td></td></tr><tr><td>MonScript RTIII All-in-One Mix עם dsDNase&nbsp; &nbsp;</td><td>מונה (סוג'ואו) ביוטכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>MR05101M</td><td></td></tr><tr><td>Omni-ECL Femto Light Chemiluminescence Kit</td><td>Epizyme Biotech</td><td>SQ201</td><td></td></tr><tr><td>PAGE ג'ל ערכת הכנה מהירה&nbsp;</td><td>Epizyme Biotech</td><td>PG111</td><td></td></tr><tr><td>פניצילין-סטרפטומיצין (Pen-Strep)</td><td>בייג'ינג Solarbio מדע & טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>P1400-100</td><td></td></tr><tr><td>ממברנת פוליווינילידן דיפלואוריד (PVDF) Merck</td><td>KGaA</td><td>IPVH00010-1</td><td></td></tr><tr><td>מאגר חסימה מהירה ללא חלבון</td><td>Epizyme Biotech</td><td>PS108P</td><td></td></tr><tr><td>RIPA פתרון ליזה</td><td>בייג'ינג Solarbio מדע & טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>R0010</td><td></td></tr><tr><td>RPMI 1640 בינוני שלם</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>C11875500BT</td><td></td></tr><tr><td>חלב דל שומן</td><td>קמפינה:</td> פתרון חיץ Elk <td></td><td></td></tr><tr><td>TBST</td><td>בייג'ינג Solarbio Science & טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>T1082</td><td></td></tr><tr><td>מאגר טעינת החלבון</td><td>Epizyme Biotech</td><td>LT101S</td><td></td></tr><tr><td>TMEM200A נוקדאון פלסמיד</td><td>MiaoLing Plasmid</td><td></td><td></td></tr><tr><td>TMEM200A primer</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td></td><td>פריימר קדימה (5'-3'): AAGGCGGTGTGGTGGTTCG; פריימר הפוך (5'-3'): GATTTTGGTCTCTCTTTGTCACGGTT</td></tr><<tr><td>em>TMEM200A SiRNA1</td><td>MiaoLing Plasmid</td><td></td><td>Forward Premer (5'-3'): ACAACTGATGATAAGACCAG; פריימר הפוך (5'-3'): TGTTGACTACTATTCTGGTC</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA2</td><td>MiaoLing Plasmid</td><td></td><td>Forward פריימר (5'-3'): CGTGTGAATGTCAATGACTG; פריימר הפוך (5'-3'): GCACACTTACAGTTACTGAC</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA3</td><td>MiaoLing פלסמיד</td><td></td><td>קדימה (5'-3'): ACAACCACAACATCTGCCCG; פריימר הפוך (5'-3'): TGTTGGTGTGTTTAGTAGACGGGC</td></tr><tr><td>חלבון טרנסממברני 200A נוגדן</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>48081-1</td><td></td></tr><tr><td><חזק>ציוד</חזק></td>CO<תת><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>2 חממת תרבית תאים</td><td>Haier Group</td><td>PYXE-80IR</td><td></td></tr><tr><td>מכשיר אלקטרופורזה</td><td>Bio-RAD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>מכשיר PCR כמותי פלואורסצנטי</td><td>Bio-RAD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>אנזים רב תכליתי Labeler</td><td>Berthold</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

ניתוח מולטיומיקס של tmem200a כסמן ביולוגי פאן-סרטני

Multiomics Analysis of TMEM200A as a Pan-Cancer Biomarker

החלבון הטרנסממברנלי, TMEM200A, ידוע כקשור לסרטן אנושי ולחדירה חיסונית. כאן, הערכנו את הפונקציה של TMEM200A בסוגי סרטן נפוצים על ידי ניתוח מולטיומיקס והשתמשנו בתרביות תאי מבחנה של תאי קיבה כדי לאמת את התוצאות. ביטוי TMEM200A במספר סוגי סרטן בבני אדם הוערך באמצעות נתוני RNA-seq ממסד הנתונים UCSC Xena. ניתוח ביואינפורמטי גילה תפקיד פוטנציאלי של TMEM200A כסמן ביולוגי אבחוני ופרוגנוסטי. 
תרביות של קווי תאי קיבה וסרטן תקינים גדלו TMEM200A הופל. רמות הביטוי של TMEM200A נמדדו באמצעות תגובת שרשרת כמותית בזמן אמת של פולימראז וכתמים מערביים. לאחר מכן נעשה שימוש במחקרי אובדן תפקוד במבחנה כדי לקבוע את תפקידי TMEM200A בהתנהגות הממאירה ובהיווצרות הגידול של תאי סרטן הקיבה (GC). כתמים מערביים שימשו להערכת ההשפעה של ההפלה על מעבר אפיתל-מזנכימלי (EMT) ומסלול איתות PI3K/AKT ב- GC. ניתוח ביואינפורמטי הראה כי TMEM200A באה לידי ביטוי ברמות גבוהות ב- GC. 
התפשטות תאי GC עוכבה על ידי TMEM200A knockdown, אשר גם הפחיתה וימנטין, N-cadherin, וחלבוני Snai, ועיכבה זרחן AKT. נראה כי מסלול האיתות PI3K/AKT מעורב גם ברגולציה בתיווך TMEM200A של פיתוח GC. התוצאות המוצגות כאן מצביעות על כך TMEM200A מסדיר את המיקרו-סביבה של הגידול על ידי השפעה על החובש. TMEM200A עשוי להשפיע גם על EMT באמצעות איתות PI3K/AKT, ובכך להשפיע על המיקרו-סביבה של הגידול. לכן, בפאן סרטן, במיוחד GC, TMEM200A עשוי להיות סמן ביולוגי פוטנציאלי אונקוגן.

ביטוי TMEM200A בסוגי סרטן שונים כפי שמודגם באיור 1, תחילה ניתחנו את רמות הביטוי הדיפרנציאליות של TMEM200A בסוגי סרטן שונים באמצעות מסדי נתונים שונים. ביטוי TMEM200A היה מוגבר בכולנגיוקרצינומה (CHOL), קרצינומה של תאי קשקש בראש ובצוואר (HNSC), קרצינומה של תאי כליות צלולים (KIRC), קרצינומה של תאי פפילרי של הכליה (KIRP), קרצינומה הפטוצלולרית (LIHC), STAD וקרצינומה של בלוטת התריס (THCA) בהשוואה לרקמות נורמליות סמוכות בהתבסס אך ורק על...

כאן מוצג פרוטוקול שבו משולבים כלים ביואינפורמטיים מרובים כדי לחקור את הפונקציות הביולוגיות של TMEM200A בסרטן. בנוסף, אנו גם מאמתים באופן ניסיוני את תחזיות הביואינפורמטיקה.

ניתוח מולטיומיקס של TMEM200A כסמן ביולוגי פאן-סרטני

The transmembrane protein, TMEM200A, is known to be associated with human cancers and immune infiltration. Here, we assessed the function of TMEM200A in ...

התקדמות משמעותית נעשתה בחקר סמנים ביולוגיים של סרטן. עם זאת, פונקציית התמצית של עניינים הקשורים לגידול הקשורים למשפחת החלבונים הטרנסממברנליים נותרה בלתי מזוהה. כתוצאה מכך, המחקר שלנו על TMEM200A בסרטן קיבה יצר כיווני מחקר חדשים עבור תאים קשורים.במחקר זה, השתמשנו בשילוב של חיזוי מסד נתונים מקוון ותיקוף טכניקות ניסוי, אשר מפשט את שלבי המחקר ואת עלות תאי הגזע של ניסויים בתחום קרוב. בעתיד, המעבדה שלנו תתמקד בחקר המנגנון הספציפי של הגידול בסרטן קיבה, חיפוש הקשר בין שינוי גליקוזילציה לבין הרישום המטבולי, וזיהוי מטרות חדשות לטיפול בסרטן הקיבה.

multiomics-analysis-of-tmem200a-as-a-pan-cancer-biomarker

Research

JoVE Journal

Cancer Research

מחקר סרטן

עכברים הנושאים את קרצינומת המעי הגס-26 (C26) מייצגים מודל קלאסי של קאשקסיה סרטנית. דלדול שרירים מתקדם מתרחש בקשר לצמיחת גידול, ביטוי יתר של יוביקוויטין ליגאזות ספציפיות לשריר והפחתה באזור חתך השריר. נצפה גם אובדן שומן. קאשקסיה נחקרת באופן תלוי זמן עם חומרת בזבוז הולכת וגוברת.

קולון-26 קרצינומה גידול נושאות עכבר כמודל לחקר סרטן תשישות

קבלת דנ א גנומי באיכות גבוהה רקמות הגידול, מהווה צעד ראשון חיוני לניתוח שינויים גנטיים באמצעות רצף הדור הבא. במאמר זה, נציג שיטה פשוטה ומהירה כדי להשיג שלמות הדנ א של מגע ההטבעה ציטולוגיה דגימות ולהעשיר תאים סרטניים.

שיטה פשוטה ומהירה להשיג גידול איכותיים הדנ א של דגימות קליני-פתולוגיים באמצעות מגע ההטבעה ציטולוגיה

קיימים אלגוריתמים לייצר פתרון אחד עבור dataset זיהוי ' סמן '. פרוטוקול זה מדגים את קיום פתרונות מרובים לתוצאה דומה ומציג תוכנה ידידותית למשתמש כדי לסייע לחוקרים ביו לחקור datasets שלהם בשביל האתגר המוצע. מדעני מחשב עשויים גם כן לספק תכונה זו בשלהם סמן זיהוי אלגוריתמים.

בחירת קבוצות משנה מרובים סמן עם הופעות איבחונים יעיל באופן דומה

כאן מוצג פרוטוקול לניתוח בינוני - כדי תפוקה גבוהה של חלבון זרחון אירועים ברמה התאית. Cytometry זרימה פוספו היא גישה רב-עוצמה כדי לאפיין את סטיות איתות, לזהות, לאמת סמנים ביולוגיים, ולהעריך pharmacodynamics.

Cytometry זרימה פוספו עם פלורסנט תא Barcoding עבור תא בודד איתות ניתוח וגילוי סמן

הציגו כאן הם ארבעה פרוטוקולים כדי לבנות ולנצל שמרים סכביסים כתבת הכתב כדי לחקור את הפוטנציאל האנושי P53 transactivation הפעלה, השפעות של מוטציות הקשורות לסרטן השונים שלה, שיתוף הביע אינטראקציה חלבונים, ו ההשפעות של מולקולות קטנות ספציפיות.

שמרים כתושבת לפיתוח Assays פונקציונלי ללמוד אנושי האדם

כאן, אנו מציגים פרוטוקול כדי לחקור את הביטויים מנבא הישרדות של סרטן השד המבוסס על ניתוח מקיף של מאגרי נתונים קליניים במאגר נגזר ממגוון של מסדי נתונים נגישים בפומבי, באמצעות האסטרטגיה של ביטוי, קורלציה ו ניתוח הישרדות צעד אחר צעד.

ביצוע כריית נתונים ניתוח אינטגרטיבי של ביואריקר בסרטן השד באמצעות מספר מסדי נתונים נגישים בפומבי

המטרה של פרוטוקול זה היא להקים מודל 3D בתחום החוץ כדי ללמוד את הבידול של סרטן הקשורות בגידולים סרטניים (CAFs) בסביבה בצובר כמו גידול, אשר ניתן לטפל במערכות ניתוח שונות, כגון immunofluorescence ההמרה ניתוח והדמיה של תאי החיים.

3D מודל ספרואיד כמו מערכת פיזיולוגית יותר עבור סרטן הקשורים בידול פיברותקיעות והפלישה ללימודי חוץ גופית

הזרקה תוך ורידי של תאים סרטניים משמשת לעתים קרובות במחקר גרורות, אבל נטל הגידול גרורתי יכול להיות קשה לנתח. כאן, אנו מדגימים מודל הזרקת וריד זנב של גרורות וכוללים גישה חדשנית לניתוח נטל גידול הריאות גרורתי שנוצר.

ניתוח פתולוגי של גרורות ריאות בעקבות הזרקת וריד זנב לרוחב של תאים סרטניים

כאן מוצגות שיטות כדי להבין השפעות אנטי סרטניות של לקטובצילוס ללא תאי supernatant (LCFS). קווי תאים סרטניים המעי הגס מראים מקרי מוות של תאים כאשר מטופלים עם LCFS בתרבויות תלת-ממד. תהליך יצירת כדוריות יכול להיות ממוטב בהתאם לפיגומים ושיטות הניתוח המוצגות שימושיות להערכת מסלולי האיתות המעורבים.

הערכת מוות תאים באמצעות Supernatant ללא תאים של פרוביוטיקה בתרביות כדוריות תלת מימדיות של תאים סרטניים המעי הגס

אורגנואידים שמקורם בחולה (PDOs) הם כלי רב עוצמה בחקר הסרטן התרגומי, המשקף הן את ההטרוגניות הגנטית והן את ההטרוגניות הפנוטיפית של המחלה ואת התגובה לטיפולים אנטי-סרטניים מותאמים אישית. כאן מפורט פרוטוקול מאוחד ליצירת PDOs ראשוניים של סרטן שלפוחית השתן האנושית כהכנה להערכת ניתוחים פנוטיפיים ותגובות לתרופות.

תרבית של אורגנואידים של סרטן שלפוחית השתן ככלי רפואה מדויקת

חקור ניתוח מולטיומיקס של TMEM200A כסמן ביולוגי בסרטן הקיבה באמצעות כלי ביואינפורמטיקה ואימות ניסיוני. שיטה זו מזהה מנגנונים חדשים ומטרות טיפוליות פוטנציאליות.

ניתוח מולטיומיקס של TMEM200A כסמן ביולוגי פאן-סרטני

גלה סרטונים נוספים