Computational Prediction of Amino Acid Preferences of Potentially Multispecific Peptide-Binding Domains Involved in Protein-Protein Interactions

H&#233;ctor Cruz; Alejandro Llanes; Patricia L. Fern&#225;ndez

doi:10.3791/66314

חיזוי חישובי של העדפות חומצות אמינו של תחומים קושרי פפטיד רב-ספציפיים המעורבים באינטראקציות חלבון...

JoVE Journal
Biochemistry

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biochemistry

Computational Prediction of Amino Acid Preferences of Potentially Multispecific Peptide-Binding Domains Involved in Protein-Protein Interactions

חיזוי חישובי של העדפות חומצות אמינו של תחומים קושרי פפטיד רב-ספציפיים המעורבים באינטראקציות חלבון-חלבון

Full Text

2,600 Views

06:50 min

January 26, 2024

DOI: 10.3791/66314-v

Héctor Cruz^1,2, Alejandro Llanes^2,3, Patricia L. Fernández^2,3

¹Facultad de Ciencias y Tecnología,Universidad Tecnológica de Panamá (UTP), ²Centro de Biología Molecular y Celular de Enfermedades,Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología AIP (INDICASAT AIP), ³Sistema Nacional de Investigación de Panamá (SNI)

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

אנו מתארים מתודולוגיה המבוססת על גיוון רצפים כדי להעריך את העדפות חומצות האמינו של אתרי קישור רב-ספציפיים באינטראקציות חלבון-חלבון (PPIs). באסטרטגיה זו, אלפי ליגנדים פפטידים פוטנציאליים נוצרים ומוקרנים בסיליקו, ובכך מתגברים על כמה מגבלות של שיטות ניסוי זמינות.

אנו מציעים פרוטוקול לחיזוי חישובי של העדפות חומצות אמינו באינטראקציות חלבון-חלבון ספציפיות יותר. פרוטוקול זה יכול להיחשב כצעד ראשון בתכנון המתווכים של אינטראקציות אלה. אנו מעוניינים להשתמש במתווכים אלה כמעכבים פוטנציאליים של אינטראקציות ספציפיות, בטכנולוג אימונולוגיה.

המיישם שלנו המשמש לאפיון העדפות חומצות אמינו בין אתרי הקישור הספציפיים הוא יקר ומסורבל. הפרוטוקול שלנו הוא טכנולוגיה מגובה ביו המבוססת על יעילות ופעולות סדרתיות. לאסטרטגיה זו יש פוטנציאל לעבד מספר גבוה של רצפי קווים, ולספק הבדל מלא ועקבי בהעדפות חומצות אמינו.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos