Name: יישום ברקוד DNA לזיהוי צמחי מרפא (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-01T13:20:00.000+00:00
Duration: 8 min 55 s
Description: חקור שיטת ברקוד DNA לזיהוי מדויק של צמחי מרפא, תוך שימוש ב-Angelica sinensis כמקרה בוחן. הפרוטוקול מספק הנחיות מקיפות לאימות איכות ושימור משאבי טבע.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>ברקוד DNA לצמחי מרפא: זיהוי וניתוח פילוגנטי

<ol><li>Chen, S. L., et al. Conservation and sustainable use of medicinal plants: Problems, progress, and prospects. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aChen%2C+SL+%22Chin+Med%22">Chin Med</a>. 11, 37(2016).</li>
<li>Han, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+authenticity+survey+of+herbal+medicines+from+markets+in+China+using+DNA+barcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">An authenticity survey of herbal medicines from markets in China using DNA barcoding.</a> Sci Rep. 6, 18723(2016).</li>
<li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+high-throughput+omics+technologies+in+medicinal+plant+research%3A+The+new+era+of+natural+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Integration of high-throughput omics technologies in medicinal plant research: The new era of natural drug discovery.</a> Front Plant Sci. 14, 1073848(2023).</li>
<li>Ji, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+the+authenticity+and+origin+of+panax+notoginseng%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+AOAC+Int%22%5BJournal%5D)">Determination of the authenticity and origin of panax notoginseng: A review.</a> J AOAC Int. 105 (6), 1708-1718 (2022).</li>
<li>Parveen, I., Techen, N., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+species+in+the+aromatic+spice+family+apiaceae+using+DNA+mini-barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Planta+Med%22%5BJournal%5D)">Identification of species in the aromatic spice family apiaceae using DNA mini-barcodes.</a> Planta Med. 85 (2), 139-144 (2019).</li>
<li>Techen, N., Parveen, I., Pan, Z., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+of+medicinal+plant+material+for+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding of medicinal plant material for identification.</a> Curr Opin Biotechnol. 25, 103-110 (2014).</li>
<li>Xiong, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Market+access+for+Chinese+herbal+medicinal+products+in+Europe-a+ten-year+review+of+relevant+products%2C+policies%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Phytomedicine%22%5BJournal%5D)">Market access for Chinese herbal medicinal products in Europe-a ten-year review of relevant products, policies, and challenges.</a> Phytomedicine. 103, 154237(2022).</li>
<li>Virk, J. K., Gupta, V., Kumar, S., Singh, R., Bansal, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ashtawarga+plants+-+suffering+a+triple+standardization+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22J+Tradit+Complement+Med%22%5BJournal%5D)">Ashtawarga plants - suffering a triple standardization syndrome.</a> J Tradit Complement Med. 7 (4), 392-399 (2017).</li>
<li>An, Y. L., Wei, W. L., Guo, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+analytical+technologies+in+the+discrimination+and+authentication+of+herbs+from+fritillaria%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Rev+Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Application of analytical technologies in the discrimination and authentication of herbs from fritillaria: A review.</a> Crit Rev Anal Chem. 54 (6), 1775-1796 (2024).</li>
<li>Li, M., Cao, H., But, P. P. H., Shaw, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+herbal+medicinal+materials+using+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Systemat+Evolut%22%5BJournal%5D)">Identification of herbal medicinal materials using DNA barcodes.</a> J Systemat Evolut. 49 (3), 271-283 (2011).</li>
<li>Khan, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Herbal+spices+as+food+and+medicine%3A+Microscopic+authentication+of+commercial+herbal+spices%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Herbal spices as food and medicine: Microscopic authentication of commercial herbal spices.</a> Plants (Basel). 13 (8), 1067(2024).</li>
<li>Techen, N., Crockett, S. L., Khan, I. A., Scheffler, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+medicinal+plants+using+molecular+biology+techniques+to+compliment+conventional+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Authentication of medicinal plants using molecular biology techniques to compliment conventional methods.</a> Curr Med Chem. 11 (11), 1391-1401 (2004).</li>
<li>Sasidharan, S., Chen, Y., Saravanan, D., Sundram, K. M., Yoga Latha, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction%2C+isolation+and+characterization+of+bioactive+compounds+from+plants%27+extracts%5BTitle%5D)+AND+%22Afr+J+Tradit+Complement+Altern+Med%22%5BJournal%5D)">Extraction, isolation and characterization of bioactive compounds from plants' extracts.</a> Afr J Tradit Complement Altern Med. 8 (1), 1-10 (2011).</li>
<li>Wei, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+techniques+and+detection+methods+of+edible+fungi+species%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification techniques and detection methods of edible fungi species.</a> Food Chem. 374, 131803(2022).</li>
<li>Mehle, N., Trdan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Traditional+and+modern+methods+for+the+identification+of+thrips+%28thysanoptera%29+species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pest+Sci%22%5BJournal%5D)">Traditional and modern methods for the identification of thrips (thysanoptera) species.</a> J Pest Sci. 85 (2), 179-190 (2012).</li>
<li>Hebert, P. D., Cywinska, A., Ball, S. L., Dewaard, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biological+identifications+through+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Biological identifications through DNA barcodes.</a> Proc Biol Sci. 270 (1512), 313-321 (2003).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+the+its2+region+as+a+novel+DNA+barcode+for+identifying+medicinal+plant+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Validation of the its2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species.</a> PLoS One. 5 (1), e8613(2010).</li>
<li>Li, D. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+a+large+dataset+indicates+that+internal+transcribed+spacer+%28its%29+should+be+incorporated+into+the+core+barcode+for+seed+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (its) should be incorporated into the core barcode for seed plants.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (49), 19641-19646 (2011).</li>
<li>Raskoti, B. B., Ale, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+of+medicinal+orchids+in+asia%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding of medicinal orchids in asia.</a> Sci Rep. 11 (1), 23651(2021).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+in+herbal+medicine%3A+Retrospective+and+prospective%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pharm+Anal%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding in herbal medicine: Retrospective and prospective.</a> J Pharm Anal. 13 (5), 431-441 (2023).</li>
<li>Pei, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+sequencing+in+medicinal+plants%3A+Current+progress+and+prospect%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+China+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Whole-genome sequencing in medicinal plants: Current progress and prospect.</a> Sci China Life Sci. 67 (2), 258-273 (2024).</li>
<li>Zhu, S., Liu, Q., Qiu, S., Dai, J., Gao, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding%3A+An+efficient+technology+to+authenticate+plant+species+of+traditional+chinese+medicine+and+recent+advances%5BTitle%5D)+AND+%22Chin+Med%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding: An efficient technology to authenticate plant species of traditional chinese medicine and recent advances.</a> Chin Med. 17 (1), 112(2022).</li>
<li>Pang, X., Shi, L., Song, J., Chen, X., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+the+potential+DNA+barcode+its2+to+identify+herbal+materials%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Use of the potential DNA barcode its2 to identify herbal materials.</a> J Nat Med. 67 (3), 571-575 (2013).</li>
<li>Ajmal Ali, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+changing+epitome+of+species+identification+-+DNA+barcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Saudi+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">The changing epitome of species identification - DNA barcoding.</a> Saudi J Biol Sci. 21 (3), 204-231 (2014).</li>
<li>Peng, H., Chen, G., Ou, L. L., Luo, M., Zhang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+new+efficient+scar+marker+for+authentication+of+Angelica+sinensis%2C+an+important+traditional+Chinese+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Scienceasia%22%5BJournal%5D)">Development of a new efficient scar marker for authentication of Angelica sinensis, an important traditional Chinese medicine.</a> Scienceasia. 47 (6), 751-757 (2021).</li>
<li>He, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+Angelica+anomala+av%C3%A9-lall+cultivars+through+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mitochondrial+DNA%22%5BJournal%5D)">Authentication of Angelica anomala avé-lall cultivars through DNA barcodes.</a> Mitochondrial DNA. 23 (2), 100-105 (2012).</li>
<li>Yuan, Q. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+species+and+materia+medica+within+Angelica+l.+%28umbelliferae%29+based+on+phylogeny+inferred+from+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">Identification of species and materia medica within Angelica l. (umbelliferae) based on phylogeny inferred from DNA barcodes.</a> Mol Ecol Resour. 15 (2), 358-371 (2015).</li>
<li>Xie, P. J., Ke, Y. T., Kuo, L. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modified+ctab+protocols+for+high-molecular-weight+DNA+extractions+from+ferns%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Modified ctab protocols for high-molecular-weight DNA extractions from ferns.</a> Appl Plant Sci. 11 (3), e11526(2023).</li>
<li>Stefanova, P., Taseva, M., Georgieva, T., Gotcheva, V., Angelov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+ctab+method+for+DNA+extraction+from+soybean+and+meat+products%5BTitle%5D)+AND+%22Biotech+Biotechnol+Equipment%22%5BJournal%5D)">A modified ctab method for DNA extraction from soybean and meat products.</a> Biotech Biotechnol Equipment. 27 (3), 3803-3810 (2013).</li>
<li>Li, Z., Parris, S., Saski, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+plant+high-molecular-weight+DNA+extraction+method+suitable+for+single-molecule+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Meth%22%5BJournal%5D)">A simple plant high-molecular-weight DNA extraction method suitable for single-molecule technologies.</a> Plant Meth. 16, 38(2020).</li>
<li>Keller, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8s-28s+rrna+interaction+and+hmm-based+its2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8s-28s rrna interaction and hmm-based its2 annotation.</a> Gene. 430 (1-2), 50-57 (2009).</li>
<li>Morgulis, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Database+indexing+for+production+megablast+searches%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Database indexing for production megablast searches.</a> Bioinformatics. 24 (16), 1757-1764 (2008).</li>
<li>Liao, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+pharmacopoeia+genome+database+is+an+integrated+and+mineable+genomic+database+for+traditional+medicines+derived+from+eight+international+pharmacopoeias%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+China+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Global pharmacopoeia genome database is an integrated and mineable genomic database for traditional medicines derived from eight international pharmacopoeias.</a> Sci China Life Sci. 65 (4), 809-817 (2022).</li>
<li>Ghahramanlu, A., Rezaei, M., Heidari, P., Balandari, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Species+survey+of+iranian+barberry+genotypes+using+ITS2+sequences+and+basic+local+alignment+search+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Erwerbs-Obstbau%22%5BJournal%5D)">Species survey of iranian barberry genotypes using ITS2 sequences and basic local alignment search tools.</a> Erwerbs-Obstbau. 65, 2491-2499 (2023).</li>
<li>Han, K., Wang, M., Zhang, L., Wang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+molecular+methods+in+the+identification+of+ingredients+in+Chinese+herbal+medicines%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Application of molecular methods in the identification of ingredients in Chinese herbal medicines.</a> Molecules. 23 (10), 2728(2018).</li>
<li>Wang, X., Liu, Y., Wang, L., Han, J., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+nucleotide+signature+for+the+identification+of+Angelicae+sinensis+radix+%28danggui%29+and+its+products%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">A nucleotide signature for the identification of Angelicae sinensis radix (danggui) and its products.</a> Sci Rep. 6, 34940(2016).</li>
<li>Chen, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+based+identification+of+medicinal+materials+in+Chinese+patent+medicines%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA based identification of medicinal materials in Chinese patent medicines.</a> Sci Rep. 2, 958(2012).</li>
<li>Hou, D. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+identification+of+corni+fructus+and+its+adulterants+by+ITS%2FITS2+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Chin+J+Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Molecular identification of corni fructus and its adulterants by ITS/ITS2 sequences.</a> Chin J Nat Med. 11 (2), 121-127 (2013).</li>
<li>Han, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+short+ITS2+sequence+serves+as+an+efficient+taxonomic+sequence+tag+in+comparison+with+the+full-length+its%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Res+Int%22%5BJournal%5D)">The short ITS2 sequence serves as an efficient taxonomic sequence tag in comparison with the full-length its.</a> Biomed Res Int. 2013, 741476(2013).</li>
<li>Trujillo-Argueta, S., Del Castillo, R. F., Velasco-Murguía, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+the+effectiveness+of+rbcla+DNA-barcoding+for+species+discrimination+in+tropical+montane+cloud+forest+vascular+plants+%28oaxaca%2C+mexico%29+using+blast%2C+genetic+distance%2C+and+tree-based+methods%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Testing the effectiveness of rbcla DNA-barcoding for species discrimination in tropical montane cloud forest vascular plants (oaxaca, mexico) using blast, genetic distance, and tree-based methods.</a> PeerJ. 10, e13771(2022).</li>
<li>Marizzi, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+brooklyn+%28new+york%29%3A+A+first+assessment+of+biodiversity+in+marine+park+by+citizen+scientists%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding brooklyn (new york): A first assessment of biodiversity in marine park by citizen scientists.</a> PLoS One. 13 (7), e0199015(2018).</li>
<li>Antil, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding%2C+an+effective+tool+for+species+identification%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding, an effective tool for species identification: A review.</a> Mol Biol Rep. 50 (1), 761-775 (2023).</li>
<li>Pang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utility+of+the+trnh-psba+intergenic+spacer+region+and+its+combinations+as+plant+DNA+barcodes%3A+A+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Utility of the trnh-psba intergenic spacer region and its combinations as plant DNA barcodes: A meta-analysis.</a> PLoS One. 7 (11), e48833(2012).</li>
<li>Tripathi, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+internal+transcribed+spacer+%28its%29+region+and+trnh-psba+%5Bcorrected%5D+are+suitable+candidate+loci+for+DNA+barcoding+of+tropical+tree+species+of+India%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The internal transcribed spacer (its) region and trnh-psba [corrected] are suitable candidate loci for DNA barcoding of tropical tree species of India.</a> PLoS One. 8 (2), e57934(2013).</li>
<li>Zheng, X. S., An, W. L., Yao, H., Xu, J., Chen, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+authentication+of+the+poisonous+plant+Gelsemium+elegans+by+combining+filter-paper-based+DNA+extraction+and+rpa-lfd+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Engineering%22%5BJournal%5D)">Rapid authentication of the poisonous plant Gelsemium elegans by combining filter-paper-based DNA extraction and rpa-lfd detection.</a> Engineering. 7 (1), 14-16 (2021).</li>
<li>Jiang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barcoding+melting+curve+analysis+for+rapid%2C+sensitive%2C+and+discriminating+authentication+of+saffron+%28Crocus+sativus+l.%29+from+its+adulterants%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Barcoding melting curve analysis for rapid, sensitive, and discriminating authentication of saffron (Crocus sativus l.) from its adulterants.</a> Biomed Res Int. 2014, 809037(2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>ערכת מיצוי DNA גנומי של צמח CTAB</td><td>שנחאי Huiling Biotechnology Co.</td><td>NG411M</td><td>מתאים למיצוי מהיר של DNA גנומי באיכות גבוהה מרקמות שונות של מגוון רחב של צמחים</td></tr><tr><td>DL5000 DNA Marker</td><td>Nanjing vazyme Bio-technology Co.</td><td>MD102-02</td><td>מוצר מוכן לשימוש, יש ליטול כמות מתאימה של מוצר זה ישירות לאלקטרופורזה בעת הפעלת הג'ל.</td></tr><tr><td>אלקטרופורזה</td><td>בייג'ינג Liuyi ביוטכנולוגיה ושות'.</td><td>DYY-6C</td><td>לאמץ עיצוב מסך מגע, יכול להציג מתח מוגדר, להגדיר זרם בו זמנית, פלט מקביל</td></tr><tr><td>Ethylenediaminetetraacetic חומצה</td><td>BeijingpsaitongBiotechnologyCo., Ltd</td><td>E70015-100G</td><td>ריאגנטים לניסוח מאגר בידוד גרעיני.</td></tr><tr><td>Goldview כתם ג'ל חומצת גרעין (10,000&)</td><td>Yisheng Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd</td><td>10201ES03</td><td>כאשר משתמשים באלקטרופורזה של ג'ל אגרוז לזיהוי DNA, הוא נקשר ל-DNA ומייצר אות פלואורסצנטי חזק.</td></tr><tr><td>צנטריפוגה שולחנית במהירות גבוהה</td><td>צ'אנגשה היי-טק אזור פיתוח תעשייתי Xiangyi צנטריפוגה מכשיר ושות'.</td><td>H1650</td><td>להפרדה מהירה ויעילה של דגימות, צנטריפוגה קומפקטית וקלת משקל זו מציעה בטיחות אמינה</td></tr><tr><td>מטחנת רקמות בתפוקה גבוהה</td><td>שנחאי Jingxin פיתוח תעשייתי ושות'.</td><td>Tiss-48</td><td>מכשיר רטט בתדר גבוה לטחינת דגימות</td></tr><tr><td>http://www.gpgenome.com/</td> <td>המכון לרפואה סינית, האקדמיה הסינית למדעי הרפואה הסינית-מסד</td><td></td> <td>הנתונים של HerbGenomics כולל רצפי גנום, ערכות גנים, גנומים של אברונים, נתוני גנום בכיסוי נמוך ורצפי ברקוד DNA.</td></tr><tr><td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/</td> <td>הספרייה הלאומית לרפואה</td> <td>של</td> ארה"<td>ב - המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי מקדם את המדע והבריאות על ידי מתן גישה למידע ביו-רפואי וגנומי.</td></tr><tr><td>Kylin-Bell</td><td>Haimen Qilinbel Instrument Manufacturing Co.</td><td>VORTEX-5</td><td>ערבוב מהיר בצורה של מערבולת במהירות גבוהה, מהירות ערבוב, אחידות, יסודיות</td></tr><tr><td>LifeTouch</td><td>Hangzhou BORI Technology Co.</td><td>TC-96/G/H(b)B</td><td>אימוץ טכנולוגיית קירור תרמו-אלקטרית מתקדמת וטכנולוגיית TAS שנוצרה לאחרונה כדי לשפר את הביצועים הכוללים שלה</td></tr><tr><td>מערכת ניתוח תמונות ג'ל רב תכליתית</td><td>מרכז התפעול הדרום-מערבי של שנחאי Tianneng Life Science Co.</td><td>טאנון-מיני ספייס 2000</td><td>מבצעת ניסויי הגברה מהירה של גנים עם פונקציית שיפוע למיפוי תנאי הגברה וטווח טמפרטורות שיפוע של עד 30 מעלות; C</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>בייג'ינג Solarbio מדע & טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>S8210-100</td><td>ריאגנטים לניסוח מאגר בידוד גרעיני.</td></tr><tr><td>ננו-דרופ וואן</td><td>ג'נס בע"מ</td><td>ND ONE</td><td>כמת דגימות DNA, RNA וחלבון תוך שניות עם 1-2 ומיקרו בלבד; L של מדגם</td></tr><tr><td>פוליוויניל פירולידון</td><td>שנחאי yuanye ביו-טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>S30268-500g</td><td>ריאגנטים לניסוח מאגר בידוד גרעיני.</td></tr><tr><td>יצרנית קרח פתיתי שלג</td><td>שנחאי Zhixin Experimental Instrument Technology Co.</td><td>ZX-60X</td><td>אימוץ שיטת ייצור קרח שחול סיבובי, מהירות ייצור קרח מהירה ויעילות גבוהה של ייצור קרח</td></tr><tr><td>חרוזי נירוסטה להומוגניזטור רקמות</td><td>Beyotime Biotechnology.&nbsp;</td><td>F6623</td><td>ציוד לטחינה וערבוב של רקמות ודגימות אחרות על ידי רטט</td></tr><tr><td>Tris Acetate-EDTA buffer</td><td>Beyotime Biotech Inc</td><td>ST716</td><td>TAE הוא מאגר נפוץ לאלקטרופורזה של DNA, המשמש לעתים קרובות באלקטרופורזה של ג'ל אגרוז.</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>בייג'ינג Solarbio מדע & טכנולוגיה ושות', בע"מ</td><td>T8230</td><td>ריאגנטים לניסוח מאגר בידוד גרעיני.</td></tr><tr><td>אמבט מים קומקום</td><td>שנחאי Senxin Experimental Instrument Co.</td><td>DK-8D</td><td>תרמוסטט מדויק וויסות טמפרטורה, בקרת טמפרטורה מדויקת ואמינה</td></tr> <tr><td>ובטא;-מרקפטואתנול</td><td>שנחאי Eon Chemical Technology Co.</td><td>R054186-100 מ"ל&nbsp; &nbsp;</td><td>ריאגנטים לניסוח מאגר בידוד גרעיני.</td></tr></tbody></table>

יישום ברקוד dna לזיהוי צמחי מרפא

Application of DNA Barcoding to Identify Medicinal Plants

איכות DNA לדוגמה
טווח יחסי הספיגה של OD260/OD280 היה 1.80-1.84. כמות הדנ"א שנמדדה על ידי ספקטרופוטומטר עבור כל דגימה הייתה גדולה מ-100 ננוגרם/מיקרוליטר (טבלה 3), מה שמצביע על איכות טובה של מיצוי דנ"א דגימה. הדבר מצביע על כך שהדגימות לא זוהמו על ידי חלבון, RNA או ריאגנטים במהלך תהליך המיצוי וכי הן היו באיכות טובה ומתאימות להגברת PCR במורד הזרם.
ניתוח PCR
אלקטרופורזה בג'ל בוצעה על מוצר PCR של שלוש דגימות ניסוי מקבילות. ההגדרה הייתה: סמן, דגימות 1-3 (AS-1, AS-2, AS-3), ובקרה שלילית (0), כפי שמוצג באיור 3. הגדלים של AS-1, AS-2 ו-AS-3 הם כולם בין 500 bp עם פסים יחידים, בהירים ושקופים, ואין פסים ב-0, מה שמצביע על כך שהדנ"א שחולץ הוגבר ל-500 bp באמצעות פריימרים ITS2.
השוואת מסד נתונים של תוצאות רצף
תוצאות הריצוף זיהו את A. sinensis עם דמיון של 100% ברצף על ידי שילוב תוצאות זיהוי BLAST של מסד הנתונים NCBI, הזהה לתוצאות זיהוי המינים של מסד הנתונים GPGD (טבלה 4). תוצאת BLAST נקבעה באמצעות ציון הזהות הגבוה ביותר באחוזים והערך האלקטרוני הנמוך ביותר. זיהוי מינים נחשב מוצלח כאשר זהות האחוזים המקסימליים הגבוהה ביותר כללה מין בודד וקיבלה ציון של &gt;99%. אם הציון הוא ≤ 99%, בדקו את איכות קובץ הריצוף או אם מוצר ה-PCR מזוהם.
ניתוח פילוגנטי מבוסס עצים של זיהוי מינים
התוצאות הראו כי בעץ הפילוגנטי שנבנה בניו ג'רזי, כל ארבעת המינים קובצו בקלאדיות נפרדות, וה-P. praeruptorum כקבוצת חוץ הופרד מקלאדות אנג'ליקה . רצפי השחבור קובצו עם A. sinensis OR879715.1 clade, וערך התמיכה בקלייד (bootstrap) היה 100, ואז שני המינים האחרים, A. dahurica, ו-A. cartilaginomarginata קובצו כל אחד בקלאדה נפרדת, מה שהוכיח שרצפי השחבור היו A. sinensis (איור 4).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig01.jpg"> איור 1: תרשים זרימה לזיהוי מיני צמחי מרפא. (A) עיבוד הצמח, מיצוי דנ"א וריצוף של צמח מרפא, (B) השוואה של רצף מינים באמצעות מאגרי מידע, ו-(C) שימוש בעצים פילוגנטיים לצורך אימות טקסונומי כדי לאשר את היחסים הפילוגנטיים בין מינים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig01large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig02.jpg"> איור 2: תהליך עבודה של מיצוי דנ"א צמחי מרפא. (A) סה"כ 6 שלבים מעורבים בהפקת דנ"א מצמחי מרפא. (B) הגברה של מכשיר PCR ותהליך מחזור PCR. (C) אלקטרופורזה. (D) ריצוף סנגר וכרומטוגרמה של ריצוף. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig02large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig03.jpg"> איור 3: אלקטרופורזה בג'ל של Angelica sinensis (אוליב.) דילים. באמצעות סמן DNA DL5000 כסמן מולקולרי, AS-1, AS-2 ו-AS-3 משמשים כדגימות, ו-0 כקבוצת ביקורת. אלקטרופורזה בג'ל בוצעה, והתוצאות הראו כי לדגימות AS-1, AS-2 ו- AS-3 היו רצועות ב- 500 bp, בעוד שהביקורת לא הראתה פסים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig03large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig04.jpg"> איור 4: עץ פילוגנטי שכן-מצטרף שנוצר מ-13 רצפים. בסך הכל הורדו 10 רצפים מארבעה מיני צמחים ממסד הנתונים של NCBI, ורצפי השחבור הושוו כדי לנתח ולהשוות שונות רצפים תוך-ספציפיים ובין-ספציפיים ולבנות עצים פילוגנטיים המצטרפים זה לזה. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig04large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>שם החומר/ציוד</td>
			<td>מנה</td>
		</tr><tr><td>פוליוויניל פירולידון</td>
			<td>10 גרם</td>
		</tr><tr><td>Tris-HCl</td>
			<td>1 מטר 50 מ"ל</td>
		</tr><tr><td>חומצה Ethylenediaminetetraacetic</td>
			<td>0.5 מטר 20 מ"ל</td>
		</tr><tr><td>NaCl</td>
			<td>20.45 גרם</td>
		</tr><tr><td>β-מרקפטואתנול</td>
			<td>10 מ"ל</td>
		</tr><tr><td>מים מעוקרים שעברו דה-יוניזציה</td>
			<td>500 מ"ל</td>
		</tr></tbody></table>טבלה 1: ריאגנטים לניסוח חיץ בידוד גרעיני.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>ברקוד</td>
			<td>תחל</td>
			<td colspan="2">רצף פריימר (5'-3')</td>
			<td colspan="3">ריצוף הגברה PCR</td>
		</tr><tr><td rowspan="5">ITS2</td>
			<td rowspan="3">R:3R</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">GACGCTTCTCCAGACTACAAT</td>
			<td>94°C</td>
			<td colspan="2">5 דקות</td>
		</tr><tr><td>94°C</td>
			<td>שנות ה-30</td>
			<td rowspan="3">40מחזורים</td>
		</tr><tr><td>56°C</td>
			<td>שנות ה-30</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">F:2F</td>
			<td colspan="2" rowspan="2">ATGCGATACTTGGTGTGAAT</td>
			<td>72°C</td>
			<td>45 שניות</td>
		</tr><tr><td>72°C</td>
			<td colspan="2">10 דקות</td>
		</tr></tbody></table>טבלה 2: פריימרים לברקוד DNA ותנאי תגובת PCR.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>דגימות</td>
			<td>מיצוי DNA (ng/μL)</td>
			<td>OD260/OD280</td>
		</tr><tr><td>AS-1</td>
			<td>124</td>
			<td>1.84</td>
		</tr><tr><td>AS-2</td>
			<td>184</td>
			<td>1.81</td>
		</tr><tr><td>AS-3</td>
			<td>164</td>
			<td>1.82</td>
		</tr></tbody></table>טבלה 3: Angelica sinensis (אוליב.) דיזלים חילצו איכות DNA.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>דגימות</td>
			<td>אורך רצף מיושר (bp)</td>
			<td>אורך רצף שחבור (bp)</td>
			<td>GC(%)</td>
			<td>NCBI:אחוז פיצוץ (%)</td>
			<td>GPGD:אחוז זיהוי מינים (%)</td>
		</tr><tr><td>AS-1</td>
			<td>500 נ"ב</td>
			<td>229bp</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr><tr><td>AS-2</td>
			<td>504bp</td>
			<td>229bp</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr><tr><td>AS-3</td>
			<td>499bp</td>
			<td>229bp</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr></tbody></table>טבלה 4: השוואת מסד נתונים של תוצאות רצף.

יישום ברקוד DNA לזיהוי צמחי מרפא

Medicinal plants are valuable resources globally and are used worldwide to maintain health and treat disease; however, the presence of adulteration ...

application-of-dna-barcoding-to-identify-medicinal-plants

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

אנו מספקים פרוטוקול חסכונית ומהירה genotyping מולקולרי מעסיקה מגוון ספציפיים primers ה-PCR כי ה-DNA היעד רצף ההבדלים בתוך אזור trnL-F הכלורופלסט spacer להבחין בין סוגים שונים...

PCR מבוסס genotyping שיטה להבחין בין זנים wild-type ו נוי של Imperata cylindrica</em

בחיפוש יסודי ביולוגיה של התא היא להגדיר את המנגנונים העומדים בבסיס זהותה של האברונים המרכיבים התאים האיקריוטים. כאן אנו מציעים שיטה לזהות את הגנים האחראים על תקינות מורפולוגית ופונקציונלית של אברונים צמחים באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי ואת הדור הבא של כלים רצף.

פלואורסצנטי, מיקרוסקופ הקרנת ואת הדור הבא הרצף: כלים שימושיים לזיהוי גנים המעורבים אברון Integrity

שיטה לזיהוי מינים של חומר בוטני על ידי ניתוח ישיר ב ספקטרומטריית מסה ברזולוציה זמן-גבוה אמיתי ניתוח סטטיסטי רב משתני מוצג.

ראפיד תפוקה גבוהה זיהוי מינים של חומר הבוטני באמצעות ניתוח ישיר בזמן אמת רזולוציה גבוהה ספקטרומטריית מסה

מאמר זה מדגים פרוטוקול מפורט DNA בידוד ובניה ספריית תפוקה גבוהה רצף מחומר עשבייה כולל חילוץ של ה-DNA בצורה יוצאת דופן באיכות ירודה.

DNA חזקים בידוד ובנייה ספריית רצף תפוקה גבוהה עבור דגימות עשבייה

מוצג כאן פרוטוקול לזיהוי שדה של קמומילה מטריקריה באמצעות מערכת qPCR ניידת. פרוטוקול קל לביצוע זה אידיאלי כשיטה לאמת את זהותו של מין בוטני במקומות שבהם הגישה לציוד מעבדה ומומחיות מוגבלת, כגון חוות ומחסנים.

זיהוי שדה של קמומילה מטריקריה באמצעות מערכת qPCR ניידת

מוצרים טבעיים מייצגים נקודות התחלה מבטיחות לפיתוח תרופות חדשות וסוכנים טיפוליים. עם זאת, בשל המגוון הכימי הגבוה, מציאת תרכובות טיפוליות חדשות מצמחים היא משימה מאתגרת וגוזלת זמן. אנו מתארים גישה פשוטה לזיהוי מולקולות מיקרוביאלית ואנטיביופילם מתמציות צמחים ושברים.

גישה שיטתית לזיהוי מולקולות אנטי-מיקרוביאליות ואנטיביופילם חדשניות מתמציות ושברים של צמחים למניעת עששת שיניים

כאן אנו מתארים פרוטוקול פשוט כדי ליצור פרופילי טביעת אצבע DNA על ידי הגברת VNTR לוקוס D1S80 מ- DNA תא אפיתל.

יישום של טביעת אצבע DNA באמצעות לוקוס D1S80 בשיעורי מעבדה

המאמר הנוכחי נועד לספק פרוטוקולים מפורטים ונאותים לבידוד פטריות אנדופיטיות הקשורות לצמחים, שימור ארוך טווח של מבודדים, אפיון מורפולוגי ומיצוי DNA כולל לצורך זיהוי מולקולרי וניתוחים מטאגנומיים לאחר מכן.

בידוד, אפיון ומיצוי DNA כולל לזיהוי פטריות אנדופיטיות בצמחים מיקוהטרוטרופיים

מחקר זה משתמש בטכנולוגיה דו-ממדית בעלת ביצועים גבוהים של ספקטרומטריית מסה של כרומטוגרפיה נוזלית (2D-HPLC-MS) בשילוב עם רשתות מולקולריות כדי לפענח את ההרכב הכימי המורכב של צמח המרפא הטיבטי Aconitum pendulum Busch (APB). המאמר מספק פרוטוקול מפורט לחקירה שיטתית וזיהוי של רכיבים כימיים מורכבים של תרופות צמחיות.

טכנולוגיית 2D-HPLC-MS בשילוב רשת מולקולרית לזיהוי רכיבים ברפואה הטיבטית מטוטלת אקוניטום

השיטה שפותחה של תיוג 13C6-Glucose בשילוב עם כרומטוגרפיה נוזלית ברזולוציית מסה ברזולוציה גבוהה היא רב-תכליתית ומניחה את הבסיס למחקרים עתידיים על האיברים והמסלולים העיקריים המעורבים בסינתזה של מטבוליטים שניוניים בצמחי מרפא, כמו גם ניצול מקיף של מטבוליטים שניוניים אלה.

13C6-תיוג גלוקוז הקשור LC-MS: זיהוי של איברים ראשוניים צמחיים בסינתזת מטבוליטים משנית

חקור שיטת ברקוד DNA לזיהוי מדויק של צמחי מרפא, תוך שימוש ב-Angelica sinensis כמקרה בוחן. הפרוטוקול מספק הנחיות מקיפות לאימות איכות ושימור משאבי טבע.

יישום ברקוד DNA לזיהוי צמחי מרפא

גלה סרטונים נוספים