30 באוגוסט 2024
פרוטוקול זה מדגים שימוש בפינצטה מגנטית של מולקולה אחת כדי לחקור אינטראקציות בין חלבונים קושרי DNA טלומריים (Telomere Repeat-binding Factor 1 [TRF1] ו-TRF2) לבין טלומרים ארוכים שהופקו מתאים אנושיים. הוא מתאר את שלבי ההכנה לטלומרים ולגורמים קושרים חוזרים טלומריים, ביצוע ניסויים במולקולות בודדות ושיטות איסוף הנתונים וניתוחם.
שיטות של מולקולות בודדות שימשו לחקר אינטראקציה טלומרית בין חלבון לדנ"א. עם זאת, הכנת מבנים של מולקולה בודדת עם המוטיבים הטלומריים החוזרים על עצמם נותרה משימה מאתגרת. בפרוטוקול זה, אנו מתארים את השלבים לביטוי וטיהור חלבון TRF2, הכנת DNA טלומרי, הגדרת בדיקות מכניות של מולקולה בודדת וניתוח הנתונים המתקבלים.
כלים של מולקולה בודדת הם טכניקות רבות עוצמה לחקר אינטראקציות טלומריות בין חלבון לדנ"א. שיטות מכניות של מולקולה אחת, כגון פינצטה מגנטית, פינצטה אופטית ו-AFM שימשו לחקר עיוות DNA תלוי TRF2, חשיפת ערימה טורית בתיווך TRF2 של כרומטין טלומרי אנושי, וצפייה בנוכחות של קטליזה טלומראז בין יישומים אחרים. חקרנו אינטראקציות טלומריות בין דנ"א לחלבון באמצעות פינצטה מגנטית מולקולרית יחידה, שאפשרה מדידות מדויקות של שינויים בהארכה ומשכי הזמן של אינטראקציות חלבון-דנ"א תחת כוחות מופעלים.
ממדידות אלה הסקנו את קינטיקה הדיסוציאציה של קומפלקסים טלומריים של חלבוני דנ"א. יתר על כן, היווצרות לולאות בתוך קומפלקסים אלה נחשפה. מבנים רבים של חלבונים קושרי טלומרי בקומפלקס עם DNA נפתרו באמצעות cryo-EM, קריסטלוגרפיה של קרני רנטגן ו- NMR.
תובנות מבניות אלה קידמו את הבנתנו את יחסי הגומלין הטלומריים בין חלבון לדנ"א. כדי להמשיך לחקור את הדינמיקה של אינטראקציות אלה, פיתחנו שיטה מכנית של מולקולה אחת במיוחד לחקר אינטראקציות חלבון-דנ"א טלומריות. כלים חד-מולקולתיים הם טכניקות רבות עוצמה לחקר אינטראקציות חלבון-דנ"א בטלומרים.
שיטות אלה חשובות במיוחד עבור קונפורמציות טופולוגיות וניתוח הקינטיקה של קשר חלבון-דנ"א ודיסוציאציה.
פרוטוקול זה מפרט את השימוש בפינצטות מגנטיות של מולקולה אחת כדי לחקור את האינטראקציות בין החלבונים TRF1 ו-TRF2, הקושרים DNA טלומרי, לבין טלומרים אנושיים. הוא מפרט את הכנת הטלומרים והחלבונים, ביצוע הניסויים ושיטות לאיסוף וניתוח נתונים.
פינצטה מגנטית של מולקולה בודדת מאפשרת בחינה כמותית ומדויקת של אינטראקציות בין חלבונים ל-DNA טלומרי, ובכך מספקת מידע ישיר לאימות מטרות ולהפחתת סיכונים מכניסטיים בשלבים מוקדמים של גילוי תרופות אונקולוגיות. באמצעות ניתוח קינטיקת הדיסוציאציה והיווצרות לולאות של TRF1/TRF2 על DNA טלומרי אנושי באורך מלא, גישה זו מגבירה את הביטחון החזוי בממשק שבין ביולוגיה של גילוי למחקר תרגומי. השיטה תומכת בקבלת החלטות לגבי תיקי פיתוח על ידי הבהרת ההשפעה הפונקציונלית של מודולטורים מועמדים על מנגנוני התחזוקה של הטלומרים.
בדיקה מכנית של מולקולה בודדת זו מגשרת בין שלבי הגילוי המוקדמים, זיהוי מועמדים (lead identification) ומחקר תרגומי, על ידי כך שהיא מאפשרת בחינה מונחית-השערה של אינטראקציות בין חלבונים ל-DNA בטלומרים.