Name: הדמיה של דינמיקה מיקרוביאלית של מחזור מתאן בביצות חוף (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: חקור את הדינמיקה המיקרוביאלית של מחזור מתאן בביצות חוף באמצעות שיטות PCR משופרות ומיפוי GIS. מחקר זה חושף כיצד גורמים סביבתיים כמו מליחות ועונות משפיעים על התפלגות גני mmoX ו-pmoA.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>צינורות PCR 0.2 מ"ל</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>צינורות PCR 0.5 מ"ל</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 &mu; טיפים L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip קצה פיפט טיפים למערכת מתלה או טעינה מחדש טבעי; 10&mu; L; | </td></tr><tr><td>צינור צנטריפוגה פישר סיינטיפיק 15 מ"ל</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 &mu; טיפים L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip קצה פיפט טיפים למערכת מתלה או טעינה מחדש טבעי; 200&mu; L; | פישר סיינטיפיק</td></tr><tr><td>1000 &mu; טיפים</td><td>L ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402____715434303113_1555 377385658230343& ev_chn=sh op& s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!! g!2366517300713!& gad_source=1</td></tr><tr><td>Applied Biosystem Power SYBR Green Master Mix&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4368577</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4368577</td></tr><tr><td>ArcGIS Pro&nbsp;</td><td>Esri</td><td></td><td>https://www.esri.com/en-us/arcgis/products/arcgis-pro/overview?srsltid=AfmBOopatJ4 JvHJfscHRcAaDx0Jz5_Jrl8l5 vYkkBvfOqE-uNSsMghN1</td></tr><tr><td>CFX Duet מערכת PCR בזמן אמת&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>12016265</td><td></td></tr><tr><td>https://www.bio-rad.com/en-us/product/cfx-duet-real-time-pcr-system?ID=97722926-9ed9-16a4-1d83-c92f587e427a Corning Lambda בתוספת פיפטטור חד ערוצי נפח 0.5-10 &mu; L</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>CLS4071-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4071</td></tr><tr><td>קורנינג&nbsp; למבדה&nbsp; בתוספת נפח פיפטור חד ערוץ 100-1000&nbsp; &mu; L</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>CLS4075-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4075</td></tr><tr><td>קורנינג&nbsp; למבדה&nbsp; בתוספת נפח פיפטור חד ערוץ 20-200&nbsp; &mu; L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4074-1EA</td><td></td></tr><tr><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4074 FastDNA ערכת ספין לאדמה</td><td>MP ביו-רפואי</td><td>116560200-CF</td><td>https://www.mpbio.com/us/116560000-fastdna-spin-kit-for-soil-samp-cf?srsltid=AfmBOoqOxxGilzY3IHNIZR ajegGTr9MoX1oMZUh 3dcbJqe0UvvukY128</td></tr><tr><td>העתקת גנים&nbsp; מחשבון</td><td>פריימר</td><td></td> <td>מדעיhttps://scienceprimer.com/copy-number-calculator-for-realtime-pcr&nbsp;.</td></tr><tr><td>צנטריפוגה ספסל במהירות גבוהה</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>75004241</td><td>https://newlifescientific.com/products/thermo-scientific-sorvall-st16-high-speed-benchtop-centrifuge-75004241?gad_source=1&gclid=Cj0KCQiApN W6BhD5ARIsACmEbkVC_-cCIN9j 20TvYq8iDsBlUR5cPK_1_wN OBEcjMdv-CYVoGCfeOLYaAv enEALw_wcB</td></tr><tr><td>מיקרוצנטריפוגה במהירות גבוהה</td><td>VWR</td><td>75838-336</td><td></td></tr><tr><td>https://us.vwr.com/store/product/20546590/null Lysing Matrix E tube&nbsp;</td><td></td><td></td><td>חרוז זכוכית/צינור המכיל כדור קרמי</td></tr><tr><td>צינור מיקרוצנטריפוגה</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-681-320</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-low-retention-microcentrifuge-tubes-8/02681320?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACm EbkWbG4_o3oUiGk HJPU-_31-CuexDwQ fmWPnfyhBOf2BHXsy K3fFW1toaAgJbEALw_ wcB& ef_id=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kWbG4_o3oUiGkHJPU- _31-CuexDwQfmWPnfy hBOf2BHXsyK3fFW1toa AgJbEALw_wcB:G:s& ppc _id=PLA_goog_21757693 617_171052169911_0268 1320__715434303113_10 349826094968484711& ev _chn=חנות& s_kwcid=AL!4 428!3!715434303113!!! g!23 66517300713!& gad_source=1</td></tr><tr><td>מיקס PCR מאסטר&nbsp;</td><td>Promega</td><td>M7502</td><td>https://www.promega.com/products/pcr/taq-polymerase/master-mix-pcr/?catNum=M7502</td></tr><tr><td>מערכת קוונטיפלור ONE dsDNA&nbsp;</td><td>Promega</td><td>E4871</td><td>https://www.promega.com/products/rna-analysis/dna-and-rna-quantitation/quantifluor-one-dsdna-system/?gad_source=1&gbraid=0AAAAAD _rg189yJTY3cxeVqMdu8RPx10 Ma& gclid=CjwKCAjwxNW2BhAk EiwA24Cm9FUgViPNyWq7UfZL VeeoroLAZ5JIP6w07RGK_4D0w oZgAqf-G1XTmxoCxm8QAvD_B wE& catNum=E4871</td></tr><tr><td>פלואורומטר קוונטי&nbsp;</td><td>Promega</td><td>E6150</td><td>https://www.promega.com/products/microplate-readers-fluorometers-luminometers/fluorometers/quantus-fluorometer/?catNum=E6150</td></tr><tr><td>YSI Pro 2030</td><td>YSI מותג קסלם</td><td>603174</td><td>https://www.ysi.com/product/id-p2030/pro2030-kits</td></tr></tbody></table>

הדמיה של דינמיקה מיקרוביאלית של מחזור מתאן בביצות חוף

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

כדי להבין את התפוצה והשפע של גנים הקשורים למחזור CH4 (mcrA, pmoA1, pmoA2 ו-mmoX) בביצות החוף של דרום טקסס, ה-eDNA המופק מכל דגימה נותח על ידי cPCR ו-qPCR. פריימרים אוניברסליים עבור כל סמן ביולוגי נבחרו להפעלת cPCR ממחקרים קודמים (טבלה 1)22,34,35,36,37, ונעשו שינויים כדי לייעל את טמפרטורות החישול והריכוזים על סמך מאפייני הדגימה ותנאי הסביבה.<sup class="xre...

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

visualizing-methane-cycling-microbial-dynamics-in-coastal-wetlands

Research

JoVE Journal

Environment

סביבה

ניתוח תזרים cytometric הוכיח יקר עבור חוקרים תרבויות טהור וניטור dynamics הקהילה מיקרוביאלי. אנו מציגים שלוש זרימות עבודה מקיפה, מן הדגימה כדי ניתוח נתונים, עבור טהור תרבויות וקהילות מורכבים כמו גם ברורה בינוני כמו מטריצות מאתגר, בהתאמה.

אפיון Microbiome Dynamics – Cytometry זרימה מבוסס זרימות עבודה מתרבויות טהור לקהילות טבעי

פרוטוקול זה מתאר תפוקת יחיד של שיטות אנליטיות, טכנולוגיות משלימים לשיאה אפיון מלא-זוגי של חומר אורגני טבעי, פרוטאומיקס מיקרוביאלית של מערכות אקולוגיות. גישה זו מאפשרת השוואות חזקים לזיהוי מסלולים מטבוליים והעתקות חשוב המתאר הפקת גז חממה, חיזוי תגובות השינוי הסביבתי.

יחיד-תפוקה משלימים שיטות אנליטיות ברזולוציה גבוהה עבור אפיון תערובות מורכבות חומר אורגני טבעי

פרוטוקול לדור של נופים כימיים דינמיים על ידי פוטוליזה בתוך microfluidic והגדרות מיליפלואידיג מוצג. מתודולוגיה זו מתאימה לחקר תהליכים ביולוגיים מגוונים, כולל התנהגות נעים, ספיגת מזינים, או הסתגלות לכימיקלים של מיקרואורגניזמים, הן בתא יחיד ברמת האוכלוסייה.

יצירת מבוקרת, נופים כימיים דינמי ללמוד התנהגות מיקרוביאלית

כאן, אנו שואפים לדמיין את הייעוד של פרודוקטיביות ביולוגית במפרץ נרגנסט, רוד איילנד, בהתבסס על מודל איזון מסת החנקן. התוצאות יסייעו לניהול חומרים מזינים באזורי החוף כדי להפחית היפוקסיה ואטרופיקציה.

תצוגה חזותית של אזורי פרודוקטיביות בהתבסס על מודל איזון מסת חנקן במפרץ נרגנסט, רוד איילנד

מחקר זה מדגים גישה למדידת ריכוזי גז מתאן בדגימות מימיות באמצעות אנלייזרים אופטיים ניידים המחוברים לתא הזרקה בלולאה סגורה. התוצאות דומות לכרומטוגרפיית גז קונבנציונלית, ומציגות חלופה מעשית ובעלות נמוכה המתאימה במיוחד למחקרי שדה מרוחקים.

מדידת מתאן מומס במערכות אקולוגיות מימיות באמצעות מנתח גז ספקטרוסקופיה אופטית

פרוטוקול מתואר להכנת מודל פשוט של מערכת אקולוגית המשחזרת את שיפוע מונה המתאן-חמצן שנמצא בבית הגידול הטבעי של חיידקים מחמצני מתאן אירוביים, ומאפשר לחקור את הפיזיולוגיה שלהם בהקשר של פתרון מרחבי. כמו כן מתוארים שינויים בבדיקות ביוכימיות נפוצות לשימוש במערכת האקולוגית של המודל מבוסס האגרוז.

מודל אקולוגי מבוסס אגרוז לטיפוח מתאנוטרופים בשיפוע מונה מתאן-חמצן

כאן אנו מציגים פרוטוקול המתאר כיצד לדגום דגימות עץ להערכה כוללת של מבני הגידול שלהן. מתוארות טכניקות הכנה והדמיה מאקרו ומיקרוסקופיות הנחוצות ליצירת מערך נתונים אנטומי ודנדרואקולוגי של עץ משוכפל היטב וברזולוציה גבוהה.

פרספקטיבה טכנית במחקר העץ-טבעת מודרנית - כיצד להתגבר על Dendroecological ואתגרי אנטומי עץ

כתב יד זה מתאר גישה אוטומטית לבחירת גודל ג'ל לטיהור מקטעי DNA לריצוף הדור הבא. טכנולוגיית הריינג'ר מספקת אוטומציה מלאה של כל תהליך העמסת ג'ל אגרוז, ניתוח אלקטרופורטי ושחזור של שברי DNA ממוקדים המאפשרים ספריות ריצוף מהדור הבא בתפוקה גבוהה ובאיכות גבוהה.

בחירת גודל האוטומטי ג&#39;ל כדי לשפר את האיכות של ספריות רצף הדור הבא הוכן מדגימות סביבתיות מים

מסופק פרוטוקול לכימות גנים ותעתיקים של חיידקים 16S rRNA ממשקעי חוף באמצעות PCR בזמן אמת. המתודולוגיה כוללת מיצוי משותף של DNA ו-RNA; הכנת RNA נטול DNA; וכימות גן rRNA 16S וכימות תעתיק באמצעות RT-q-PCR, כולל בניית עקומה סטנדרטית.

הפקת DNA-RNA סימולטני החוף משקעים וכימות של 16S rRNA גנים תעתיקי ידי בזמן אמת PCR

חומצות שומן פוספוליפידים לספק מידע על המבנה של קהילות חיידקי אדמה. אנו מציגים שיטות חילוץ מתוך דגימות קרקע בתערובת כלורופורם חד פאזיים, חלוקה של שומני חילוץ באמצעות עמודות מיצוי שלב מוצק, methanolysis לייצר אסטרים מתיל חומצות שומן, אשר מנותחים על ידי גז כרומטוגרפיה נימים.

הפקה וניתוח של פוספוליפידים מיקרוביאלית חומצות שומן בקרקעות

חקור את הדינמיקה המיקרוביאלית של מחזור מתאן בביצות חוף באמצעות שיטות PCR משופרות ומיפוי GIS. מחקר זה חושף כיצד גורמים סביבתיים כמו מליחות ועונות משפיעים על התפלגות גני mmoX ו-pmoA.

הדמיה של דינמיקה מיקרוביאלית של מחזור מתאן בביצות חוף

גלה סרטונים נוספים