Name: ניתוח ביטוי אונקוגנים עם שינויים ב-pH בקו תאי צינור הלבלב (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: חקור את השפעת pH מופחת על ביטוי אונקוגנים בתאי צינור הלבלב באמצעות ניתוח RNA-seq. המחקר מגלה עלייה בביטוי של שלושה אונקוגנים ומספק תובנות חשובות לגבי הקשר בין סביבה חומצית לסרטן לבלב.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
<li>Kong, X., Sun, T., Kong, F., Du, Y., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gastrointest+Tumors%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis and pancreatic cancer.</a> Gastrointest Tumors. 1 (3), 123-134 (2014).</li>
<li>Jura, N., Archer, H., Bar-Sagi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pancreatic+adenocarcinoma+and+the+black+box+in-between%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pancreatic adenocarcinoma and the black box in-between.</a> Cell Res. 15 (1), 72-77 (2005).</li>
<li>Kloppel, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pseudotumors+and+other+tumor-like+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Mod+Pathol%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pseudotumors and other tumor-like lesions.</a> Mod Pathol. 20 (Suppl 1), S113-S131 (2007).</li>
<li>Schneider, A., Whitcomb, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hereditary+pancreatitis%3A+a+model+for+inflammatory+diseases+of+the+pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Best+Pract+Res+Clin+Gastroenterol%22%5BJournal%5D)">Hereditary pancreatitis: a model for inflammatory diseases of the pancreas.</a> Best Pract Res Clin Gastroenterol. 16 (3), 347-363 (2002).</li>
<li>Boedtkjer, E., Pedersen, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+acidic+tumor+microenvironment+as+a+driver+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Physiol%22%5BJournal%5D)">The acidic tumor microenvironment as a driver of cancer.</a> Annu Rev Physiol. 82, 103-126 (2020).</li>
<li>Coussens, L. M., Werb, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer.</a> Nature. 420 (6917), 860-867 (2002).</li>
<li>Balkwill, F., Mantovani, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%3A+back+to+Virchow%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer: back to Virchow.</a> Lancet. 357 (9255), 539-345 (2001).</li>
<li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((At+the+crossroads+of+inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">At the crossroads of inflammation and cancer.</a> Cell. 118 (6), 671-674 (2004).</li>
<li>Kato,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidic+extracellular+microenvironment+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell+Int%22%5BJournal%5D)">Acidic extracellular microenvironment and cancer.</a> Cancer Cell Int. 13 (1), 89(2013).</li>
<li>Hegyi, P., Maléth, J., Venglovecz, V., Rakonczay, Z. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pancreatic+ductal+bicarbonate+secretion%3A+challenge+of+the+acinar+acid+load%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Physiol%22%5BJournal%5D)">Pancreatic ductal bicarbonate secretion: challenge of the acinar acid load.</a> Front Physiol. 2, 36(2011).</li>
<li>Ibrahim-Hashim, A., Estrella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidosis+and+cancer%3A+from+mechanism+to+neutralization%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Metastasis+Rev%22%5BJournal%5D)">Acidosis and cancer: from mechanism to neutralization.</a> Cancer Metastasis Rev. 38 (1-2), 149-155 (2019).</li>
<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
<li>Fang, Z. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+identification+and+functional+characterization+of+a+novel+ARF6+GTPase-activating+protein%2C+ACAP4%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic identification and functional characterization of a novel ARF6 GTPase-activating protein, ACAP4.</a> Mol Cell Proteomics. 5 (8), 1437-1449 (2006).</li>
<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>צינורות צנטריפוגה מדורגים 15 מ"ל (פלקון)&nbsp;</td><td>טרסונס&nbsp;</td><td>500031</td><td>משמש להכנת דגימות&nbsp;</td></tr><tr><td>צינורות צנטריפוגה מדורגים 50 מ"ל (פלקון)</td><td>טרסונים&nbsp;</td><td>500041</td><td>משמש להכנת דגימה&nbsp;</td></tr><tr><td>מכשיר Agilent 2100 Bioanalyzer</td><td>Agilent</td><td>Agilent G2938A</td><td>Instrment להערכת איכות RNA&nbsp;</td></tr><tr><td>תמיסה אנטיביוטית אנטי-פטריית 100x נוזלית</td><td>Himedia</td><td>A002-100 מ"ל</td><td>משמשת למניעת זיהום&nbsp;</td></tr><tr><td>מגרד תאים עם להב מסתובב</td><td>Himedia&nbsp;</td><td>TCP223</td><td>גירוד ואיסוף התאים</td></tr><tr><td>CO2 incubator&nbsp;</td><td>ניו ברונסוויק</td><td>גלקסי 170 S</td><td>משמש לדגירת התרבות&nbsp;</td></tr><tr><td>מדיום הנשר המותאם (DMEM) של Dulbecco, גלוקוז גבוה&nbsp;</td><td>Himedia</td><td>AL007S-500 מ"ל</td><td>מדיום המשמש לתרבית התאים</td></tr><tr><td>תמיסת מלח פוספט חוצץ של Dulbecco 1x</td><td>Himedia</td><td>TL1006-500mL</td><td>שטיפת תאים</td></tr><tr><td>גלקסי&nbsp;</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td><td>כלי מקוון לעיבוד נתוני NSG&nbsp;</td></tr><tr><td>HI FBS (מקור: אוסטרליה)</td><td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>משמש לגידול תאים&nbsp;</td></tr><tr><td>קו תאי אפיתל צינור הלבלב האנושי (HPDEC / H6C7)</td> <td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>קו תאים צינור הלבלב</td></tr><tr><td>ערכת RNA-Seq כוללת ערכת v2</td> ערכת <td>הכנת דגימת RNA</td><td>4475936 תרמו פישר זרימת</td><td></td></tr><tr><td>אוויר</td><td></td><td></td><td></td>למינרית</tr><tr><td>Na2HPO4 Diabasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3264-250G</td><td>נתרן פוספט הכנת חוצץ&nbsp;</td></tr><tr><td>NaH2PO4 Monobasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3139-250G</td><td>הכנת בופר נתרן פוספט&nbsp;</td></tr><tr><td>NovaSeq 6000</td><td>Illumina</td><td>3376672</td><td>סיקוונסר&nbsp;</td></tr><tr><td>משטח דלתא Nunclon (צלחת 6 בארות)</td><td>Thermo Scientific</td><td>140675</td><td>תרבית התאים&nbsp;</td></tr><tr><td>צנטריפוגה ספסלית בקירור</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Sorvall ST 8R</td><td>משמש לצנטריפוגה</td></tr><tr><td>RiboMinus Eukaryote System v2</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A15026</td><td>rRNA Depletion Kit&nbsp;</td></tr><tr><td>ערכת Rneasy Mini&nbsp;</td>ערכת <td>Qiagen</td><td>74104</td><td>לבידוד סה"כ RNA מהתאים&nbsp;</td></tr><tr><td>המחזור התרמי</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025</td><td>תגובת PCR&nbsp;</td></tr><tr><td>אמבט מים&nbsp;</td><td>Equitron</td><td>#8406M</td><td>הפשרת דגימה</td></tr></tbody></table>

ניתוח ביטוי אונקוגנים עם שינויים ב-ph בקו תאי צינור הלבלב

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

שינויים מורפולוגיים הדגירה של תאי צינור הלבלב האנושיים בתווך חומצי שינתה את המורפולוגיה של התאים. דפוס תאים צפוף ודחוס הביא לתאים מפוזרים בתנאים חומציים, ומוות תאים הופך בולט עם הזמן. בהשוואה לתאים רגילים המכילים מדיום, תאי צינור התכווצו וקטנו בגודלם. שינוי דרסטי בשיעור התמותה נצפה לאחר 6 שעות של דגירה. אחרי 24 שעות, מספר התאים ירד, והתאים נראו במצב סטרס (איור 1, איור 2 ואיור 3). לפיכך, תקופת הדגירה הוארכה ל-6 שע...

ניתוח ביטוי אונקוגנים עם שינויים ב-pH בקו תאי צינור הלבלב

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

oncogene-expression-analysis-with-alterations-ph-pancreatic-ductal

Research

JoVE Journal

Cancer Research

מחקר סרטן

הבנה משופרת של ביולוגיה של סרטן הלבלב היא צורך קריטי כדי לאפשר הפיתוח של אפשרויות טיפוליות טובות יותר לטיפול בסרטן הלבלב. כדי לענות על צורך זה, אנו מדגימים מודל orthotopic של סרטן הלבלב המאפשר ניטור בלתי פולשני של התקדמות הסרטן...

דגם orthotopic bioluminescent של התקדמות סרטן הלבלב

כאן, אנו מתארים שיטה לבידוד של תאים במייקרו-הסביבה של הלבלב עוברי, רקמת עכבר בילוד ומבוגרים, תוך התמקדות הבידוד של תאי mesenchymal. שיטה זו מאפשרת יצירת פרופיל של ביטוי גני התא והפרשת חלבון על מנת להבהיר את האותות החיצוניים המווסתים פיתוח לבלב, פונקציה, tumorigenesis.

בידוד וניתוח תאים של mesenchyme הלבלב ידי cytometry הזרימה

בידוד תא acinar הראשית, אפנון ביטוי או פעילות החלבון, תרבות ויישומים למטה-נחל הם בשפע שימושי לשעבר מחקר vivo של acinar-כדי-ductal מטפלזיה (ADM), אירוע מוקדם בהתפתחות של סרטן הלבלב.

מחקה וטיפול מטפלזיה Acinar-כדי-Ductal הלבלב בתרבות תלת-ממדי תא

פרוטוקול זה משתמש ב-החללית מבוסס בזמן אמת בתגובת שרשרת פולימראז (PCR), שיטת sulforhodamine B (SRB), 3 ' אזורים לא מתורגמים (3 ' UTR) שיבוט, ושיטת לוציפראז לאמת את הגנים היעד של miRNA עניין ולהבין את הפונקציות של Mirna.

פרוטוקול מחוץ לגופית להערכת רמות מיקרוארנה, פונקציות, וגנים היעד הקשורים בתאי הגידול

מאמר זה מתאר שיטה לזהות שינויים של שבטים ושבטים תת-שבטיים בין דגימות שונות ממטופל נתון. למרות שהניסויים המתוארים כאן מתמקדים בסוג גידול מסוים, הגישה ישימה באופן כללי לגידולים מוצקים אחרים.

ניתוח נגעים השוואתית באמצעות גישה ממוקדת רצף

כאן אנו מציגים פרוטוקול כדי לבדוק את היעילות של טיפולים ייעודיים שנבחרו על בסיס האיפור גנומית של הגידול. הפרוטוקול מתאר זיהוי ואימות של הסדרים מבניים של ה-DNA, חרט גידולים של חולים לתוך עכברים והתגובות בדיקה לתרופות המתאימות.

בדיקת טיפולים ייעודיים בסרטן באמצעות ניתוח שינוי DNA מבנית והמטופל נגזר Xenografts

מיץ לבלב הוא מקור יקר של סמנים ביולוגיים לסרטן הלבלב האנושי. אנו מתארים כאן שיטה להליך איסוף תוך ניתוחי. כדי להתגבר על האתגר של אימוץ הליך זה במודלים של מורין, אנו מציעים דגימה חלופית, נוזל אינטרסטיציאלי של הגידול, ומתארים כאן שני פרוטוקולים לבידודו.

בידוד של נוזלים פרוקסימליים כדי לחקור את המיקרו-סביבה של הגידול של אדנוקרצינומה של הלבלב

תאים מטאפלסטיים של הלבלב הם מבשרי תאים ממאירים המעוררים גידולים בלבלב. עם זאת, בידוד תאי לבלב שלמים הוא מאתגר. כאן, אנו מציגים שיטה יעילה לדיסוציאציה של רקמת הלבלב. התאים יכולים לשמש לריצוף רנ"א חד-תאי (scRNA-seq) או לתרבית משותפת דו-ממדית או תלת-ממדית.

דיסקציה של רקמת הלבלב לבידוד תאים בודדים בני קיימא

מטרת פרוטוקול זה היא לקבוע רמות אוטופגיות בסרטן הלבלב ובתאי אסינר בלבלב באמצעות אימונופלואורסנציה LC3 וכימות נקודות LC3.

הערכת רמות אוטופגיה בשני מודלים שונים של תאי לבלב באמצעות LC3 immunofluorescence

הפרוטוקול הנוכחי מתאר תכנות מחדש של אדנוקרצינומה צינורית לבלב (PDAC) ותאי אפיתל צינור לבלב נורמליים לתאי גזע פלוריפוטנטיים מושרים (iPSCs). אנו מספקים הליך אופטימלי ומפורט, שלב אחר שלב, החל מהכנת lentivirus ועד הקמת קווי iPSC יציבים.

תכנות מחדש של אדנוקרצינומה של צינור הלבלב לפלוריפוטנציה

סרטן הלבלב נותר אחד מסוגי הסרטן הקשים ביותר לטיפול. לכן, קריטי שמודלים פרה-קליניים להערכת יעילות הטיפול יהיו ניתנים לשחזור ורלוונטיים קלינית. פרוטוקול זה מתאר הליך תרבית משותפת פשוט ליצירת ספרואידים דמופלסטיים הניתנים לשחזור, רלוונטיים קלינית.

גידול ספרואידים תלת מימדיים של סרטן הלבלב הדסמופלסטי מבית Co-Culture

חקור את השפעת pH מופחת על ביטוי אונקוגנים בתאי צינור הלבלב באמצעות ניתוח RNA-seq. המחקר מגלה עלייה בביטוי של שלושה אונקוגנים ומספק תובנות חשובות לגבי הקשר בין סביבה חומצית לסרטן לבלב.

ניתוח ביטוי אונקוגנים עם שינויים ב-pH בקו תאי צינור הלבלב

גלה סרטונים נוספים