Name: מגמות מחקר עולמיות ועכשוויות של ריצוף תאים בודדים בסרטן: מחקר ביבליומטרי וויזואליזציה (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T13:50:00.000+00:00
Duration: 7 min 50 s
Description: חקור מגמות ריצוף תאים בודדים בסרטן באמצעות ניתוח ביבליומטרי. המחקר מזהה מונחים חדשים כמו הטרוגניות תוך-גידולית ואבולוציה קלונלית המכוונים מחקר עתידי.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Kocarnik, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+incidence%2C+mortality%2C+years+of+life+lost%2C+years+lived+with+disability%2C+and+disability-adjusted+life+years+for+29+cancer+groups+from+2010+to+2019%3A+A+systematic+analysis+for+the+global+burden+of+disease+study+2019%5BTitle%5D)+AND+%22JAMA+Oncol%22%5BJournal%5D)">Cancer incidence, mortality, years of life lost, years lived with disability, and disability-adjusted life years for 29 cancer groups from 2010 to 2019: A systematic analysis for the global burden of disease study 2019.</a> JAMA Oncol. 8 (3), 420-444 (2022).</li>
<li>Soerjomataram, I., Bray, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Planning+for+tomorrow%3A+Global+cancer+incidence+and+the+role+of+prevention+2020-2070%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Clin+Oncol%22%5BJournal%5D)">Planning for tomorrow: Global cancer incidence and the role of prevention 2020-2070.</a> Nat Rev Clin Oncol. 18 (10), 663-672 (2021).</li>
<li>Bray, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+cancer+statistics+2022%3A+Globocan+estimates+of+incidence+and+mortality+worldwide+for+36+cancers+in+185+countries%5BTitle%5D)+AND+%22CA+Cancer+J+Clin%22%5BJournal%5D)">Global cancer statistics 2022: Globocan estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries.</a> CA Cancer J Clin. 74 (3), 229-263 (2024).</li>
<li>Zhang, Y., Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+history+and+advances+in+cancer+immunotherapy%3A+Understanding+the+characteristics+of+tumor-infiltrating+immune+cells+and+their+therapeutic+implications%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Immunol%22%5BJournal%5D)">The history and advances in cancer immunotherapy: Understanding the characteristics of tumor-infiltrating immune cells and their therapeutic implications.</a> Cell Mol Immunol. 17 (8), 807-821 (2020).</li>
<li>Xu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming+and+epigenetic+modifications+in+cancer%3A+From+the+impacts+and+mechanisms+to+the+treatment+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming and epigenetic modifications in cancer: From the impacts and mechanisms to the treatment potential.</a> Exp Mol Med. 55 (7), 1357-1370 (2023).</li>
<li>Hanahan, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hallmarks+of+cancer%3A+New+dimensions%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Hallmarks of cancer: New dimensions.</a> Cancer Discov. 12 (1), 31-46 (2022).</li>
<li>Kashyap, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+tumor+heterogeneity%3A+From+data+acquisition+to+metric+generation%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Quantification of tumor heterogeneity: From data acquisition to metric generation.</a> Trends Biotechnol. 40 (6), 647-676 (2022).</li>
<li>Vredevoogd, D. W., Peeper, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+in+functional+genetic+screens%3A+Friend+or+foe%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity in functional genetic screens: Friend or foe.</a> Front Immunol. 14, 1162706(2023).</li>
<li>Jovic, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+technologies+and+applications%3A+A+brief+overview%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview.</a> Clin Transl Med. 12 (3), e694(2022).</li>
<li>Hong, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+sequencing%3A+New+technologies+and+applications+in+cancer+research%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hematol+Oncol%22%5BJournal%5D)">RNA sequencing: New technologies and applications in cancer research.</a> J Hematol Oncol. 13 (1), 166(2020).</li>
<li>Moed, H. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+developments+in+the+use+of+citation+analysis+in+research+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Immunol+Ther+Exp+%28Warsz%29%22%5BJournal%5D)">New developments in the use of citation analysis in research evaluation.</a> Arch Immunol Ther Exp (Warsz). 57 (1), 13-18 (2009).</li>
<li>Ninkov, A., Frank, J. R., Maggio, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bibliometrics%3A+Methods+for+studying+academic+publishing%5BTitle%5D)+AND+%22Perspect+Med+Educ%22%5BJournal%5D)">Bibliometrics: Methods for studying academic publishing.</a> Perspect Med Educ. 11 (3), 173-176 (2022).</li>
<li>Li, X., Wang, L., Wang, L., Feng, Z., Peng, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+of+hepatocellular+carcinoma+reveals+cell+interactions+and+cell+heterogeneity+in+the+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Gen+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing of hepatocellular carcinoma reveals cell interactions and cell heterogeneity in the microenvironment.</a> Int J Gen Med. 14, 10141-10153 (2021).</li>
<li>Li, Y., Jin, J., Bai, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+biology+deciphered+by+single-cell+transcriptomic+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Cancer biology deciphered by single-cell transcriptomic sequencing.</a> Protein Cell. 13 (3), 167-179 (2022).</li>
<li>Bai, X., Li, Y., Zeng, X., Zhao, Q., Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+technology+in+tumor+research%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing technology in tumor research.</a> Clin Chim Acta. 518, 101-109 (2021).</li>
<li>Zhang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Worldwide+research+trends+on+tumor+burden+and+immunotherapy%3A+A+bibliometric+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Surg%22%5BJournal%5D)">Worldwide research trends on tumor burden and immunotherapy: A bibliometric analysis.</a> Int J Surg. 110 (3), 1699-1710 (2024).</li>
<li>Ghorbani, B. D. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGhorbani%2C+BD+%22A+scientometrics+research+perspective+in+applied+linguistics%22">A scientometrics research perspective in applied linguistics</a>. Meihami, H., Esfandiari, R. , Springer Nature. Switzerland, Cham. 197-234 (2024).</li>
<li>Chen, C. M., Leydesdorff, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patterns+of+connections+and+movements+in+dual-map+overlays%3A+A+new+method+of+publication+portfolio+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Assoc+Inf+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Patterns of connections and movements in dual-map overlays: A new method of publication portfolio analysis.</a> J Assoc Inf Sci Technol. 65 (2), 334-351 (2014).</li>
<li>Shen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+and+mapping+the+research+status%2C+hotspots%2C+and+frontiers+of+biological+wound+dressings%3A+An+in-depth+data-driven+assessment%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pharm%22%5BJournal%5D)">Analyzing and mapping the research status, hotspots, and frontiers of biological wound dressings: An in-depth data-driven assessment.</a> Int J Pharm. 629, 122385(2022).</li>
<li>Small, H., Sweeney, E., Greenlee, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clustering+the+science+citation+index+using+co-citations+.2.+Mapping+science%5BTitle%5D)+AND+%22Scientometrics%22%5BJournal%5D)">Clustering the science citation index using co-citations .2. Mapping science.</a> Scientometrics. 8 (5-6), 321-340 (1985).</li>
<li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions%2C+technologies%2C+and+species%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nat Biotechnol. 36 (5), 411-420 (2018).</li>
<li>Stuart, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+integration+of+single-cell+data%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive integration of single-cell data.</a> Cell. 177 (7), 1888-1902.e21 (2019).</li>
<li>Baysoy, A., Bai, Z., Satija, R., Fan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+technological+landscape+and+applications+of+single-cell+multi-omics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The technological landscape and applications of single-cell multi-omics.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 24 (10), 695-713 (2023).</li>
<li>Macosko, E. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+parallel+genome-wide+expression+profiling+of+individual+cells+using+nanoliter+droplets%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Highly parallel genome-wide expression profiling of individual cells using nanoliter droplets.</a> Cell. 161 (5), 1202-1214 (2015).</li>
<li>Tirosh, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+multicellular+ecosystem+of+metastatic+melanoma+by+single-cell+RNA-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%28New+York%2C+N.Y.%29%22%5BJournal%5D)">Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq.</a> Science (New York, N.Y.). 352 (6282), 189-196 (2016).</li>
<li>Martinez-Simon, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Covid-19+publications+in+anaesthesiology+journals%3A+A+bibliometric+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Anaesth%22%5BJournal%5D)">Covid-19 publications in anaesthesiology journals: A bibliometric analysis.</a> Br J Anaesth. 128 (3), e239-e241 (2022).</li>
<li>Wen, L., Tang, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+in+stem+cell+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing in stem cell biology.</a> Genome Biol. 17, 71(2016).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+in+cancer+research%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing in cancer research.</a> J Exp Clin Cancer Res. 40 (1), 81(2021).</li>
<li>Tang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MRNA-seq+whole-transcriptome+analysis+of+a+single-cell%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">MRNA-seq whole-transcriptome analysis of a single-cell.</a> Nat Methods. 6 (5), 377-382 (2009).</li>
<li>Navin, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumour+evolution+inferred+by+single-cell+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Tumour evolution inferred by single-cell sequencing.</a> Nature. 472 (7341), 90-94 (2011).</li>
<li>Tang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+exome+sequencing+reveals+multiple+subclones+in+metastatic+colorectal+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell exome sequencing reveals multiple subclones in metastatic colorectal carcinoma.</a> Genome Med. 13 (1), 148(2021).</li>
<li>Song, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+of+human+primary+prostate+cancer+reveals+the+heterogeneity+of+tumor-associated+epithelial+cell+states%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis of human primary prostate cancer reveals the heterogeneity of tumor-associated epithelial cell states.</a> Nat Commun. 13 (1), 141(2022).</li>
<li>Zheng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomic+profiling+unravels+the+adenoma-initiation+role+of+protein+tyrosine+kinases+during+colorectal+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Signal+Transduct+Target+Ther%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomic profiling unravels the adenoma-initiation role of protein tyrosine kinases during colorectal tumorigenesis.</a> Signal Transduct Target Ther. 7 (1), 60(2022).</li>
<li>Chan, T. J., Zhang, X., Mak, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biophysical+informatics+reveals+distinctive+phenotypic+signatures+and+functional+diversity+of+single-cell+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Biophysical informatics reveals distinctive phenotypic signatures and functional diversity of single-cell lineages.</a> Bioinformatics. 39 (1), btac833(2023).</li>
<li>Chen, Y. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics+reveals+regulators+underlying+immune+cell+diversity+and+immune+subtypes+associated+with+prognosis+in+nasopharyngeal+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma.</a> Cell Res. 30 (11), 1024-1042 (2020).</li>
<li>Small, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-citation+in+scientific+literature+-+new+measure+of+relationship+between+2+documents%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Soc+Inf+Sci%22%5BJournal%5D)">Co-citation in scientific literature - new measure of relationship between 2 documents.</a> J Am Soc Inf Sci. 24 (4), 265-269 (1973).</li>
<li>Villani, A. -C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+new+types+of+human+blood+dendritic+cells%2C+monocytes%2C+and+progenitors%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%28New+York%2C+N.Y.%29%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors.</a> Science (New York, N.Y.). 356 (6335), eaah4573(2017).</li>
<li>Sun, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identifying+phenotype-associated+subpopulations+by+integrating+bulk+and+single-cell+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data.</a> Nat Biotechnol. 40 (4), 527-538 (2022).</li>
<li>Pe'er, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Tumor heterogeneity.</a> Cancer Cell. 39 (8), 1015-1017 (2021).</li>
<li>Liu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics+links+malignant+T+cells+to+the+tumor+immune+landscape+in+cutaneous+T-cell+lymphoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics links malignant T cells to the tumor immune landscape in cutaneous T-cell lymphoma.</a> Nat Commun. 13 (1), 1158(2022).</li>
<li>Yan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clonal+phylogeny+and+evolution+of+critical+cytogenetic+aberrations+in+multiple+myeloma+at+single-cell+level+by+qm-fish%5BTitle%5D)+AND+%22Blood+Adv%22%5BJournal%5D)">Clonal phylogeny and evolution of critical cytogenetic aberrations in multiple myeloma at single-cell level by qm-fish.</a> Blood Adv. 6 (2), 441-451 (2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>חבילת bibliometrix</td><td>רשת ארכיון R מקיפה (CRAN)</td><td>bibliometrix 4.3.0</td><td>תרשים יער המאפשר מרווחי סמך מרובים לכל שורה, גופנים מותאמים אישית לכל אלמנט טקסט, מרווחי סמך מותאמים אישית, טקסט מעורבב עם ביטויים ועוד.</td></tr><tr><td>CiteSpace</td><td>Chaomei Chen, אוניברסיטת דרקסל</td><td>CiteSpace 6.2.R4 (64 סיביות) beta Basic</td><td>&zwnj; CiteSpace&zwnj; הוא כלי לניתוח ספרות מדעית. תפקידו העיקרי הוא לנתח את הידע הבסיסי בספרות המדעית באמצעים חזותיים, להראות את המבנה, הכללים וההפצה של הידע המדעי. הפונקציות העיקריות של CiteSpace כוללות: ניתוח שיתוף פעולה מחקרי &zwnj;, שיפוט חשוב של כתב עת &zwnj;, כריית נושאי ליבה וכן הלאה.</td></tr><tr><td>dplyr</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>dplyr 1.1.4</td><td>dbplyr הוא הקצה האחורי של מסד הנתונים עבור dplyr. זה מאפשר לך להשתמש בטבלאות מסד נתונים מרוחקות כאילו הן מסגרות נתונים בזיכרון על ידי המרה אוטומטית של קוד dplyr ל-SQL.</td></tr><tr><td>esquisse</td><td>רשת ארכיון R מקיפה (CRAN)</td><td>esquisse 2.0.1</td><td>תוספת זו מאפשרת לך לחקור באופן אינטראקטיבי את הנתונים שלך על ידי הדמיה שלהם עם חבילת ggplot2. זה מאפשר לך לצייר עלילות עמודות, עקומות, עלילות פיזור, היסטוגרמות, אובייקטים של boxplot ו-sf, ואז לייצא את הגרף או לאחזר את הקוד כדי לשחזר את הגרף.</td></tr><tr><td>forcats</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>forcats 1.0.0</td><td>R משתמש בגורמים כדי לטפל במשתנים קטגוריים, משתנים שיש להם קבוצה קבועה וידועה של ערכים אפשריים. גורמים מועילים גם לסידור מחדש של וקטורי תווים כדי לשפר את התצוגה. המטרה של חבילת forcats היא לספק חבילת כלים הפותרת בעיות נפוצות עם גורמים, כולל שינוי סדר הרמות או הערכים.</td></tr><tr><td>ggplot2</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>ggplot2 3.5.1</td><td>ggplot2 היא מערכת ליצירה הצהרתית של גרפיקה, המבוססת על הדקדוק של הגרפיקה. אתה מספק את הנתונים, אומר ל-ggplot2 כיצד למפות משתנים לאסתטיקה, באילו פרימיטיבים גרפיים להשתמש, והוא דואג לפרטים.</td></tr><tr><td>ggpmisc</td><td>רשת ארכיון R מקיפה (CRAN)</td><td>ggpmisc 0.6.1</td><td>חבילה ' ggpmisc' (הרחבות שונות ל ' ggplot2') היא קבוצה של הרחבות לחבילת R ' ggplot2' (>= 3.0.0) עם דגש על הערות ושרטוט הקשורים לדגמים מותאמים. ניתן להציג הערכות מאובייקטים המתאימים למודל ב-ggplots כטקסט, טבלאות או משוואות. ניתן לשרטט ערכים חזויים, שאריות, סטיות ומשקלים עבור פונקציות התאמת מודל שונות.</td></tr><tr><td>ggsci</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>ggsci 3.2.0</td><td>ggsci מציעה אוסף של פלטות צבעים ggplot2 בהשראת כתבי עת מדעיים, ספריות הדמיית נתונים, סרטי מדע בדיוני ותוכניות טלוויזיה.</td></tr><tr><td>openxlsx</td><td>רשת ארכיון R מקיפה (CRAN)</td><td>openxlsx 4.2.7.1</td><td>חבילת R זו מפשטת את היצירה של קבצי .xlsx על ידי מתן ממשק ברמה גבוהה לכתיבה, עיצוב ועריכה של גליונות עבודה. באמצעות השימוש ב-Rcpp, זמני הקריאה/כתיבה דומים לחבילות xlsx ו-XLConnect עם היתרון הנוסף של הסרת התלות ב-Java.</td></tr><tr><td>readxl</td><td>רשת ארכיון R מקיפה (CRAN)</td><td>readxl 1.4.3</td><td>חבילת ה-readxl מקלה על הוצאת נתונים מ-Excel ל-R. בהשוואה לרבות מהחבילות הקיימות (למשל gdata, xlsx, xlsReadWrite) ל-readxl אין תלות חיצונית, כך שהוא' קל להתקנה ולשימוש בכל מערכות ההפעלה. הוא נועד לעבוד עם נתונים טבלאיים.</td></tr><tr><td>reshape2</td><td>רשת ארכיון R מקיפה (CRAN)</td><td>reshape2 1.4.4</td><td>Reshape2 הוא אתחול מחדש של חבילת ה-reshape. עברו יותר מחמש שנים מאז השחרור הראשון של reshape, ובזמן הזה למדתי הרבה מאוד על תכנות R, ואיך לעבוד עם נתונים ב-R. Reshape2 משתמש בידע הזה כדי ליצור חבילה חדשה לעיצוב מחדש של נתונים שהיא הרבה יותר ממוקדת והרבה יותר מהירה.</td></tr><tr><td>stringr</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>stringr 1.5.1</td><td>מיתרים אינם רכיבים זוהרים ובעלי פרופיל גבוה של R, אך הם ממלאים תפקיד גדול במשימות ניקוי והכנת נתונים רבות. חבילת ה-stringr מספקת סט מגובש של פונקציות שנועדו להפוך את העבודה עם מחרוזות לקלה ככל האפשר.</td></tr><tr><td>tidytext</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>tidytext 0.4.2</td><td>שימוש בעקרונות נתונים מסודרים יכול להפוך משימות כריית טקסט רבות לקלות, יעילות יותר ותואמות לכלים שכבר נמצאים בשימוש נרחב. חלק גדול מהתשתית הדרושה לכריית טקסט עם מסגרות נתונים מסודרות כבר קיימת בחבילות כמו dplyr, broom, tidyr ו-ggplot2. בחבילה זו, אנו מספקים פונקציות ומערכי נתונים תומכים כדי לאפשר המרה של טקסט לפורמטים מסודרים ומהם, ולעבור בצורה חלקה בין כלים מסודרים לחבילות כריית טקסט קיימות. עיין בספר שלנו כדי ללמוד עוד על כריית טקסט באמצעות עקרונות נתונים מסודרים</td></tr><tr><td>tidyverse</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>tidyverse 2.0.0</td><td>ה-tidyverse הוא אוסף דעתני של חבילות R המיועדות למדעי הנתונים. כל החבילות חולקות פילוסופיית עיצוב, דקדוק ומבני נתונים בסיסיים.</td></tr><tr><td>VennDiagram</td><td>רשת ארכיון R מקיפה (CRAN)</td><td>VennDiagram 1.7.3</td><td>VennDiagram היא חבילת R ליצירת דיאגרמות Venn ברזולוציה גבוהה הניתנות להתאמה אישית עם עד ארבע קבוצות ודיאגרמות Euler עם עד שלוש קבוצות. כולל טיפול במספר מקרים מיוחדים כולל קנה מידה של שני מקרים, והתאמה אישית נרחבת של צורת ומבנה העלילה.</td></tr><tr><td>VOSviewer</td><td>&nbsp; המרכז ללימודי מדע וטכנולוגיה, אוניברסיטת ליידן, הולנד</td><td>VOSviewer גרסה 1.6.19</td><td>VOSviewer הוא כלי תוכנה לבנייה והדמיה של רשתות ביבליומטריות. רשתות אלה עשויות לכלול למשל כתבי עת, חוקרים או פרסומים בודדים, והן יכולות להיבנות על סמך ציטוט, צימוד ביבליוגרפי, ציטוט משותף או קשרי מחבר משותף. VOSviewer מציע גם פונקציונליות של כריית טקסט שניתן להשתמש בה כדי לבנות ולהמחיש רשתות של התרחשות משותפת של מונחים חשובים שחולצו מגוף של ספרות מדעית.</td></tr></tbody></table>

מגמות מחקר עולמיות ועכשוויות של ריצוף תאים בודדים בסרטן: מחקר ביבליומטרי וויזואליזציה

Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study

מגמת גידול שנתית של פרסומים וציטוטים בין השנים 2010 ל-2023, זוהו בסך הכל 6,767 פרסומים הקשורים לריצוף תאים בודדים בסרטן במסד הנתונים של WoSCC. בסך הכל 602 מחקרים שפורסמו בין 2010 ל-2023 לא נכללו בניתוח, ואחריהם לא נכללו חמישה מחקרים שלא פורסמו באנגלית. בנוסף, 480 מאמרים לא נכללו על סמך קריטריונים מוגדרים מראש, הכוללים 361 תקצירי פגישות, 83 חומרי עריכה ו-36 מאמרים שסווגו תחת קטגוריות אחרות. בסופו של דבר, נכללו במחקר זה 5,680 מאמרים, המורכבים מ-5,090 מאמרי מחקר ו-590 מאמרי סקירה.
<p class="jove_cont...

Cancer poses a significant challenge to human health due to its complex biological systems, necessitating in-depth analysis. Single-cell sequencing has ...

global-current-research-trends-single-cell-sequencing-cancer

Research

JoVE Journal

Cancer Research

מחקר סרטן

רצף תא בודד הוא כלי פופולרי ונגיש יותר ויותר לטיפול שינויים הגנומי ברזולוציה גבוהה. אנו מספקים פרוטוקול המשתמש רצף תא בודד לזהות שינויי מספר עותק תאים בודדים.

איתור של שינוי מספר העתקה באמצעות רצף תא יחיד

תא בודד רצף חושף הטרוגניות genotypic במערכות ביולוגיות, אך טכנולוגיות הנוכחי חוסר התפוקה הכרחי עבור פרופיל עמוק של הקהילה הרכב ותפקוד. כאן, אנו מתארים זרימת עבודה microfluidic עבור רצף &gt; הגנום בתא יחיד 50,000 מ מגוונות תא אוכלוסיות.

פלטפורמת Microfluidic על קוליים בתפוקה של רצף הגנום בתא יחיד

הטרוגניות תוך-גידולית היא תכונה אינהרנטית של גידולים, כולל גליומות. פיתחנו פרוטוקול פשוט ויעיל המשתמש בשילוב של חוצצים וצנטריפוגה הדרגתית כדי לבודד גרעינים בודדים מרקמות גליומה קפואות טריות למחקרי רצף גרעין יחיד ו- ATAC.

בידוד גרעינים מגידולים טריים במוח קפוא ל-RNA-seq חד-גרעיני ו-ATAC-seq

כאן, המחברים מציגים את התועלת של MULTI-seq עבור פנוטיפ והצמד הבא scRNA-seq ו- scATAC-seq באפיון פרופילי הנגישות של תעתיק וכרומטין ברשתית.

ניתוח מרובב של ביטוי גנים ברשתית ונגישות כרומטין באמצעות scRNA-Seq ו- scATAC-Seq

כאן מוצג פרוטוקול שבו משולבים כלים ביואינפורמטיים מרובים כדי לחקור את הפונקציות הביולוגיות של TMEM200A בסרטן. בנוסף, אנו גם מאמתים באופן ניסיוני את תחזיות הביואינפורמטיקה.

ניתוח מולטיומיקס של TMEM200A כסמן ביולוגי פאן-סרטני

פרוטוקול זה מתאר את ההליך לניתוק מהיר של דגימות גידולים אנושיים ועכברים לצורך ריצוף RNA חד-תאי.

דיסוציאציה של דגימות רקמת גידול בבני אדם ובעכברים לצורך ריצוף RNA חד-תאי

פרוטוקול זה מתאר שיטות לתרבות, מניפולציה וניתוח CAFs של עכברים, כולל מבחנים פונקציונליים במבחנה/in vivo , טרנסקריפטומיקה וניתוח חישובי. יתר על כן, הוא מתאר פלטפורמה מבוססת אינטרנט שפותחה כדי לנתח את הטרנסקריפטומים הזמינים לציבור של רכיבי סטרומה ואפיתל של לכידת לייזר מאוסף של גידולי סרטן שד אנושיים.

פיברובלסטים הקשורים לסרטן מגידולי חלב של עכברים ככלים למחקרים מולקולריים וחישוביים

תאי גידול במחזור (CTC) הם קריטיים לחקר התקדמות הסרטן והגרורות. מאמר זה מציג פרוטוקול משולב בעל תפוקה גבוהה להעשרת CTC וריצוף CTC יחיד, המשפר את יעילות הלכידה וטוהר ה-CTC תוך הפחתת עלויות הזיהום והריצוף, ובכך מקדם מחקר אונקולוגי מדויק ויישומים קליניים.

טכנולוגיית מיון תאי גידול במחזור וריצוף תאים בודדים מבוססת מיקרופלואידיקה

פרוטוקול זה מציג שיטה מפורטת לבידוד תליות חד-תאיות איכותיות הן מרקמת ריאות עכברית בריאה והן מגידולים. פרוטוקול זה יכול להיות מיושם על scRNA-seq, ניתוח ציטומטריית זרימה, ובידוד תאים ראשוניים.

הכנה אופטימלית של רקמת ריאה נושאת גידול עכברוניים שלמים לצורך ציטומטריית זרימה וריצוף RNA חד-תאי

כתב יד זה מתאר פרוטוקולים קליניים עבור שני לוחות ריצוף מהדור הבא. פאנל אחד חוקר ממאירויות המטולוגיות ואילו הפאנל השני מתמקד בגנים שעברו מוטציה בדרך כלל בגידולים מוצקים. סיווג מולקולרי של מוטציות מניעות בגידולים ממאירים אנושיים מציע מידע פרוגנוסטי וחיזוי רב ערך.

רצף הדור הבא לצורך זיהוי של מוטציות שניתן לפעול ב מוצק לנוזל גידולים

חקור מגמות ריצוף תאים בודדים בסרטן באמצעות ניתוח ביבליומטרי. המחקר מזהה מונחים חדשים כמו הטרוגניות תוך-גידולית ואבולוציה קלונלית המכוונים מחקר עתידי.

מגמות מחקר עולמיות ועכשוויות של ריצוף תאים בודדים בסרטן: מחקר ביבליומטרי וויזואליזציה

גלה סרטונים נוספים