Name: ניתוח פרוטאומי השוואתי של כליות שלמות, מדולה וצינורות קליפת המוח בפתוגנזה סוכרתית של פגיעה בכליות בעכברים (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-02T14:35:00.000+00:00
Duration: 10 min 31 s
Description: חקור ניתוח פרוטאומי השוואתי של כליות שלמות, מדולה וצינורות קליפת המוח בעכברים דיאבטיים. שיטה זו מאפשרת לזהות שינויים מולקולריים בנפרון ולהבין מנגנוני מחלת כליות סוכרתית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Ding, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epidemiological+patterns+of+chronic+kidney+disease+attributed+to+type+2+diabetes+from+1990-2019%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Endocrinol%22%5BJournal%5D)">Epidemiological patterns of chronic kidney disease attributed to type 2 diabetes from 1990-2019.</a> Front Endocrinol. 15, 1383777(2024).</li>
<li>Liu, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+trends+in+the+burden+of+chronic+kidney+disease+attributable+to+type+2+diabetes%3A+an+age-period-cohort+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes+Obes+Metab%22%5BJournal%5D)">Global trends in the burden of chronic kidney disease attributable to type 2 diabetes: an age-period-cohort analysis.</a> Diabetes Obes Metab. 26 (2), 602-610 (2024).</li>
<li>Xie, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+burden+and+influencing+factors+of+chronic+kidney+disease+due+to+type+2+diabetes+in+adults+aged+20-59+years%2C+1990-2019%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Global burden and influencing factors of chronic kidney disease due to type 2 diabetes in adults aged 20-59 years, 1990-2019.</a> Sci Rep. 13 (1), 20234(2023).</li>
<li>Giunti, S., Barit, D., Cooper, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+diabetic+nephropathy%3A+role+of+hypertension%5BTitle%5D)+AND+%22Hypertension%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of diabetic nephropathy: role of hypertension.</a> Hypertension. 48 (4), 519-526 (2006).</li>
<li>Thomas, M. C., Burns, W. C., Cooper, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tubular+changes+in+early+diabetic+nephropathy%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Chronic+Kidney+Dis%22%5BJournal%5D)">Tubular changes in early diabetic nephropathy.</a> Adv Chronic Kidney Dis. 12 (2), 177-186 (2005).</li>
<li>Thomas, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diabetic+kidney+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Dis+Primers%22%5BJournal%5D)">Diabetic kidney disease.</a> Nat Rev Dis Primers. 1, 15018(2015).</li>
<li>Nath, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tubulointerstitial+changes+as+a+major+determinant+in+the+progression+of+renal+damage%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Kidney+Dis%22%5BJournal%5D)">Tubulointerstitial changes as a major determinant in the progression of renal damage.</a> Am J Kidney Dis. 20 (1), 1-17 (1992).</li>
<li>Bonventre, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+we+target+tubular+damage+to+prevent+renal+function+decline+in+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Nephrol%22%5BJournal%5D)">Can we target tubular damage to prevent renal function decline in diabetes.</a> Semin Nephrol. 32 (5), 452-462 (2012).</li>
<li>Powell, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Renal+tubulointerstitial+fibrosis+in+OVE26+type+1+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nephron+Exp+Nephrol%22%5BJournal%5D)">Renal tubulointerstitial fibrosis in OVE26 type 1 diabetic mice.</a> Nephron Exp Nephrol. 111 (1), e11-e19 (2008).</li>
<li>Cummins, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+mass+spectrometry+of+diabetic+kidney+tubules+identifies+GRAP+as+a+novel+regulator+of+TGF-beta+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Quantitative mass spectrometry of diabetic kidney tubules identifies GRAP as a novel regulator of TGF-beta signaling.</a> Biochim Biophys Acta. (4), 653-661 (2010).</li>
<li>Barati, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+expression+of+endoplasmic+reticulumstress-response+proteins+in+different+renal+tubule+subtypes+of+OVE26+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stress+Chaperones%22%5BJournal%5D)">Differential expression of endoplasmic reticulumstress-response proteins in different renal tubule subtypes of OVE26 diabetic mice.</a> Cell Stress Chaperones. 21 (1), 155-166 (2016).</li>
<li>Zheleznova, N. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mitochondrial+proteomic+analysis+reveals+deficiencies+in+oxygen+utilization+in+medullary+thick+ascending+limb+of+Henle+in+the+Dahl+salt-sensitive+rat%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Genomics%22%5BJournal%5D)">Mitochondrial proteomic analysis reveals deficiencies in oxygen utilization in medullary thick ascending limb of Henle in the Dahl salt-sensitive rat.</a> Physiol Genomics. 44 (17), 829-842 (2012).</li>
<li>Nordquist, L., Palm, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diabetes-induced+alterations+in+renal+medullary+microcirculation+and+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Diabetes+Rev%22%5BJournal%5D)">Diabetes-induced alterations in renal medullary microcirculation and metabolism.</a> Curr Diabetes Rev. 3 (1), 53-65 (2007).</li>
<li>dos Santos, E. A., Li, L. -P., Ji, L., Prasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+changes+with+diabetes+in+renal+medullary+hemodynamics+as+evaluated+by+fiberoptic+probes+and+BOLD+magnetic+resonance+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Invest+Radiol%22%5BJournal%5D)">Early changes with diabetes in renal medullary hemodynamics as evaluated by fiberoptic probes and BOLD magnetic resonance imaging.</a> Invest Radiol. 42 (3), 157-162 (2007).</li>
<li>Cummins, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+Mass+Spectrometry+Normalization+in+UrineBiomarker+Analysis+in+Nephrotic+Syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Glomerular+Dis%22%5BJournal%5D)">Quantitative Mass Spectrometry Normalization in UrineBiomarker Analysis in Nephrotic Syndrome.</a> Glomerular Dis. (3), 121-131 (2022).</li>
<li>Carlson, E. C., Audette, J. L., Klevay, L. M., Nguyen, H., Epstein, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructural+and+functional+analyses+of+nephropathy+in+calmodulin-induced+diabetic+transgenic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Anat+Rec%22%5BJournal%5D)">Ultrastructural and functional analyses of nephropathy in calmodulin-induced diabetic transgenic mice.</a> Anat Rec. 247 (1), 9-19 (1997).</li>
<li>Zheng, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+late-stage+diabetic+nephropathy+in+OVE26+diabetic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Development of late-stage diabetic nephropathy in OVE26 diabetic mice.</a> Diabetes. 53 (12), 3248-3257 (2004).</li>
<li>Wang, F., Veth, T., Kuipers, M., Altelaar, M., Stecker, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+suspension+trapping+method+for+phosphoproteomics+sample+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Optimized suspension trapping method for phosphoproteomics sample preparation.</a> Anal Chem. 95 (25), 9471-9479 (2023).</li>
<li>Mather, A., Pollock, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glucose+handling+by+the+kidney%5BTitle%5D)+AND+%22Kidney+Int+Suppl%22%5BJournal%5D)">Glucose handling by the kidney.</a> Kidney Int Suppl. 120, S1-S6 (2011).</li>
<li>Ross, B. D., Espinal, J., Silva, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glucose+metabolism+in+renal+tubular+function%5BTitle%5D)+AND+%22Kidney+Int%22%5BJournal%5D)">Glucose metabolism in renal tubular function.</a> Kidney Int. 29 (1), 54-67 (1986).</li>
<li>Roger, F., Martin, P. Y., Rousselot, M., Favre, H., Féraille, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+shrinkage+triggers+the+activation+of+mitogen-activated+protein+kinases+by+hypertonicity+in+the+rat+kidney+medullary+thick+ascending+limb+of+the+Henle%27s+loop%3A+requirement+of+p38+kinase+for+the+regulatory+volume+increase+response%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Cell shrinkage triggers the activation of mitogen-activated protein kinases by hypertonicity in the rat kidney medullary thick ascending limb of the Henle's loop: requirement of p38 kinase for the regulatory volume increase response.</a> J Biol Chem. 274 (48), 34103-34110 (1999).</li>
<li>Yang, J., Lane, P. H., Pollock, J. S., Carmines, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PKC-dependent+superoxide+production+by+the+renal+medullary+thick+ascending+limb+from+diabetic+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Renal+Physiol%22%5BJournal%5D)">PKC-dependent superoxide production by the renal medullary thick ascending limb from diabetic rats.</a> Am J Physiol Renal Physiol. 297 (5), F1220-F1228 (2009).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>קולגנאז מסוג 1A&nbsp;</td><td>Millipore Signal</td><td>C9891</td><td></td></tr><tr><td>Exploris 480 Orbitrap&nbsp;</td><td>Thermofisher</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/BRE725539</td><td></td></tr><tr><td>מסננת תאי פלקון MS, 100 ומיקרו; m</td><td>VWR</td><td>21008-950</td><td></td></tr><tr><td>מסננת תאי פלקון, 70 ומיקרו; m</td><td>VWR</td><td>21008-952</td><td></td></tr><tr><td>Gibco PBS pH 7.4&nbsp;</td>קוקטייל <td>מעכב תרמו</td><td>1001023</td><td></td></tr><tr><td>הפסקת פרוטאז ופוספטאז</td><td>VWR</td><td>PI78440</td><td></td></tr><tr><td>יודואצטמיד</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>I1149</td><td></td></tr><tr><td>MetaboAnalyst 6.0&nbsp;</td><td>MetaboAnalyst 6.0&nbsp;</td><td>https://www.metaboanalyst.ca/</td> <td>פלטפורמת ניתוח נתונים מטבולומיקה</td></tr><tr><td>NanoDrop 2000&nbsp;</td><td>תרמופישר</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/ND-2000</td><td></td></tr><tr><td>טור אואזיס HLB&nbsp;</td><td>Waters</td><td>186002034</td><td></td></tr><tr><td>PEAKS 12.0</td><td>Bioinformatics Solutions Inc</td><td></td><td>LC-MS/MS תוכנת ניתוח נתונים</td></tr><tr><td>Pestle for 1.5 מ"ל Microtube</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC0782485</td><td></td></tr><tr><td>מלכודת השעיה (S-trap)</td><td>Protifi</td><td>C02-micro-10</td><td></td></tr><tr><td>TCEP</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>20490</td><td></td></tr><tr><td>TEABC</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td></td></tr><tr><td>טריפסין פרוטאז, MS-Grade</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>90057</td><td></td></tr><tr><td>מנקה אולטרסאונד</td><td>Cole-Parmer&nbsp; &nbsp;</td><td>דגם: 0884900</td><td></td></tr></tbody></table>

ניתוח פרוטאומי השוואתי של כליות שלמות, מדולה וצינורות קליפת המוח בפתוגנזה סוכרתית של פגיעה בכליות בעכברים

Comparative Proteomic Analysis of Whole Kidney, Medulla, and Cortical Tubules in Diabetic Pathogenesis of Kidney Injury in Mice

בסך הכל, זיהויי החלבון הכוללים מכל סוג דגימה היו 1) כליה שלמה (1438) 2) מדולה (2145) וצינורות קליפת המוח (1859). לאחר עיבוד נתונים ב-MetaboAnalyst 6.0, סינון נתונים וחישוב, זיהויי חלבון שנותחו לבסוף עבור כל תא כליה היו: כליה שלמה (455), מדולה (997) וצינורות קליפת המוח (896). איור 4 מראה שינויים פרוטאומיים גלובליים בכליות עכבר סוכרתי OVE26. ניתוח כמותי ללא תוויות (LFQ) מאפשר כיסוי פרוטאום מעמיק תוך הצגת שונות רבה יותר במערך הנתונים הכולל בהשוואה לתיוג יונים מדווח (TMT, iTRAQ וכו'). גישה אחת ל...

Defining the sequence of events in renal disease is the cornerstone of clinical practice in the nephrologist toolkit. Tissue proteomic analyses are a ...

comparative-proteomic-analysis-whole-kidney-medulla-cortical-tubules

Research

JoVE Journal

Biochemistry

ביוכימיה

כלית perfused העכבר המבודדת (MIPK) היא טכניקה לשמירת כלית עכבר בתנאי vivo לשעבר perfused ופונקציונלי עבור שעה 1. החוצצים טכניקה כירורגית מתוארים בפירוט.

טכניקת כלית עכבר המבודדת perfused

פרוטוקול זה מתאר של הכליה מלא עבודה מעלה כי צריך להתבצע במודלים של העכבר של מחלת glomerular. השיטות מאפשרים ניתוח פונקציונלי, מבניים מכניסטית מפורט של הפונקציה glomerular, אשר ניתן להחיל על כל הדגמים העכבר של המחלה glomerular.

הערכה של תפקוד כליות במודלים של העכבר של מחלת Glomerular

מודל שונה של 2 כליות 1 קליפ (2K1C) עכבר גולדבלט פותח תוך שימוש בצינורות פוליאוריתן כדי ליזום היצרות של עורק הכליה, מה שגרם לעלייה בביטוי הרנין ובפגיעה בכליות. כאן אנו מתארים הליך מפורט של הכנה והנחת השרוול על עורק הכליה כדי ליצור מודל עכבר 2K1C הניתן לשחזור ועקבי.

מודל שונה של שתי כליות קליפ אחד של ויסות רנין בהיצרות עורק הכליה

מאמר זה מציג פרוטוקול לזיהוי ביטוי מיקרו-רנ"א בכליות של מודל עכברי פגיעה כלייתית חריפה באמצעות תגובת שרשרת פולימראז כמותית בזמן אמת. פרוטוקול זה מדגיש מודל עכבר של פגיעה כלייתית איסכמית ומיצוי זהיר של דגימות מיקרו-RNA.

שיטת זיהוי כמותית למיקרו-רנ"א בכליה של מודל עכבר פגיעה כלייתית איסכמית

פרוטוקול זה מתאר שיטה לגרימת חסימת שופכן חד צדדית (UUO) בעכברים כדי לחקור את התקדמות פיברוזיס ברקמות בנפרופתיה חסימתית. הוא כולל הליכים כירורגיים, טיפול לאחר ניתוח ושיטות להערכת פיברוזיס.

מודל חסימת שופכה חד צדדית לחקירת פיברוזיס אינטרסטיציאלי בכליות

מאמר זה מציג מודל CKD איסכמי המשתמש ב-IRI כלייתי חד-צדדי עם נפרקטומיה נגדית שבוצעה יום לפני איסוף הדגימה; פרוטוקול זה מאפשר הערכה פונקציונלית מבוססת סרום, הישרדות גבוהה ופתולוגיה של CKD ניתנת לשחזור ב-28 ו-42 ימים, ומספק פלטפורמה גמישה למחקרים מכניים והתערבותיים.

מודל העכבר של מעבר ממחלת כליות חריפה לכרונית שנגרם מאיסכמיה כליתית/פגיעה ברפרפוזיה

כאן אנו מציגים פרוטוקולים לטיהור זיקה של קומפלקסי חלבונים והפרדה שלהם לפי דף ילידי כחול, ואחריו פרופיל מתאם חלבון באמצעות ספקטרומטריית מסה כמותית בחינם תווית. שיטה זו שימושית כדי לפתור interactomes לתוך מתחמי חלבון ברורים.

פתרון מתחמי פרוטאין טהור זיקה לפי דף Native הכחול פרופיל מתאם חלבון

הרשתית האנושית מורכבת מולקולרי ושאיכות אזורים הנבדלים זה מזה, לרבות fovea, macula, הרשתית ההיקפית. כאן, אנו מתארים שיטה באמצעות ניקוב ביופסיות להסרה ידנית של רקמות שכבות מן העין האנושית כדי לנתח ולאסוף אלה אזורים הנבדלים זה מזה ברשתית לניתוח פרוטיאומיה מבנית במורד הזרם.

דיסקציה של הרשתית האנושית ואת RPE-Choroid לניתוח פרוטיאומיה מבנית

המטרה של הפרוטוקול היא להכין את hydrolysate קרטין מן נוצות העוף הידרוליזה אלקליין אנזימטיות, כדי לבדוק אם הוספת hydrolysate קראטין לתוך משחה קוסמטיקה הבסיס משפר את תפקוד מחסום העור (מגביה הידרציה ו צמצום איבוד המים transepidermal). הבדיקות נערכות על גברים ואישה מתנדבים.

הכנת קרטין Hydrolysate של נוצות העוף ויישומו בתחום הקוסמטיקה

אי-התאמות לויקוציטים אנושיים רצפים אנטיגן (הלע) בין תורם איברים זוגות הנמענים הם הגורם העיקרי של דחיות בתיווך נוגדנים השתלת איברים. כאן אנו מציגים את השימוש מערכים אנטיגן מותאמות אישית המבוססות על רצפים התורמים הבודדים הלע כדי לחקור התורם אנטי alloantibodies הלע ב עוגב נמענים.

אישית פפטיד מערכים גילוי של Alloantibodies הלע בהשתלת איברים

חקור ניתוח פרוטאומי השוואתי של כליות שלמות, מדולה וצינורות קליפת המוח בעכברים דיאבטיים. שיטה זו מאפשרת לזהות שינויים מולקולריים בנפרון ולהבין מנגנוני מחלת כליות סוכרתית.

ניתוח פרוטאומי השוואתי של כליות שלמות, מדולה וצינורות קליפת המוח בפתוגנזה סוכרתית של פגיעה בכליות בעכברים

גלה סרטונים נוספים