יישום כימינפורמטיקה לפיתוח מאגר נתונים הניתן לחיפוש במבנה של שיטות אנליטיות

אנו רוצים ליצור דרך קלה למדעני EPA למצוא שיטות אנליטיות ממשאבים מבוזרים כך שהמדענים שלנו יוכלו להשקיע פחות זמן בסריקת האינטרנט, ובמקום זאת יהיה להם משאב אוצר משולב במערכת האינפורמטיקה הכימית הקיימת שלנו. מה שבנינו הוא בעצם מערכת ניהול מסמכים קלת משקל שממפה את המסמכים האלה לחומרים כימיים שהופקו. כתוצאה מכך, ניתן לחפש אלפי שיטות אנליטיות באמצעות מזהים כימיים שונים כדי למצוא שיטות שכבר יושמו לאיתור הכימיקלים הללו. אין מאגר מקוון אחר של שיטות אנליטיות שהקהילה יכולה לחפש כדי להשיג שיטה אנליטית קיימת לכימיקל, או סט טוב של תנאי התחלה לשיטה מסוימת. פרוטוקול זה מלמד את הקורא כיצד להשתמש ב-AMOS כדי לאסוף נתונים שימושיים כדי לתמוך בעבודת פיתוח השיטה שלהם. למדנו הרבה על איך לקצור ולשלב נתוני שיטות אנליטיות במסד הנתונים ובאפליקציה שלנו. על ידי צבירת אלפי המסמכים הללו ומיפוי לחומרים הכימיים הקשורים אליהם, יש לנו כעת מערך נתונים מצוין לחקור את השימוש במסמכים אלה ולהגדיל מודל AI בשפה גדולה שהמדענים יכולים לשאול.

[קריין] כדי להתחיל, עבור לשדה הטקסט בפינה השמאלית העליונה של סרגל הניווט או לשדה החיפוש בעמוד הראשי והזן Substance Name, CAS Registry Number, InChIKey או DSSTox Substance Identifier. לחץ על Enter או לחץ על חיפוש כדי לבצע את החיפוש. בחר שורה בטבלה שנוצרה כדי להציג את הרשומה המשויכת בצד ימין של הדף. כדי לבצע חיפוש אצווה, הזן רשימה של מזהי DSSTox Substance בשדה נתוני הקלט, והצב מזהה אחד בכל שורה. השתמש בתיבות הסימון תחת אפשרויות חיפוש כדי לסנן תוצאות או להוסיף מידע נוסף לרשומות. לחץ על חיפוש בתחתית הדף כדי ליצור ולהוריד קובץ גיליון אלקטרוני המפרט מידע על כל הרשומות במסד הנתונים המשויכות לרשימת חומרים נתונה. לאחר השלמת החיפוש, לחץ על חיפושים נוספים, ולאחר מכן על חיפוש מבנה דמיון. הזן את מזהה החומר, הגדר את הדמיון המינימלי של המסנן ל-0.8 ולחץ על חיפוש כדי לקבל טבלת כרטיסיות. לאחר מכן, בחר שורה בטבלה כדי להציג השוואה מבנית בין החומר שחיפשת לבין החומר שנבחר מהטבלה. כדי לבצע חיפוש מסווג, בחר את רמת הסיווג הראשונה באמצעות השדה בחלק העליון של הדף. לאחר מכן, לחץ על הכפתור מתחת לשדה כדי להציג את רשימת הסיווגים עבור הרמה הבאה. חזור על תהליך זה עבור הרמה השנייה והשלישית, בכל פעם בחר סיווג ולחץ על הכפתור כדי להמשיך. לאחר בחירת הרמה הרביעית, לחץ על הכפתור למטה כדי להפעיל את החיפוש ולרשום את כל החומרים השייכים לארבע הרמות שנבחרו של סיווג המסווג. חפש במסד הנתונים את כל דפי העובדות והשיטות על ידי ביצוע רשימת שיטות וחיפוש בדפי עובדות. לאחר טעינת טבלת התוצאות, השתמש בשדות הקלט בראש כל עמודה כדי לסנן את הנתונים לפי שדות ספציפיים. כדי לבצע חיפוש ספקטרום מסה, הזן טווח מסה עבור חומר היעד בדלטון, יחד עם מרווח טעות בדלטון או חלקים למיליון. הגדר את הערך עבור חלון עבור דמיון שיא ל- 0.05 Dalton. בחר מתודולוגיה, כרומטוגרפיה גזית-ספקטרומטריית מסה או כרומטוגרפיה נוזלית-ספקטרומטריית מסה. הזן את ספקטרום המסה כרשימה של זוגות מסה למטען ועוצמה. לאחר השלמת כל השדות, לחץ על כפתור החיפוש כדי לאחזר רשימה של התאמות ספקטרום מסה ממסד הנתונים בהתבסס על הספקטרום שסופק על ידי המשתמש. בחר שורה בטבלה שנוצרה לתצוגה הספקטרלית. כעת, כדי להמחיש את סיווג השימוש הפונקציונלי, השתמש בשדה מחלקות חיפוש כדי לחפש ברשימת מחלקות השימוש הפונקציונלי. רחף מעל שם מחלקה ברשימה כדי לסמן את הצומת המתאים בגרף. אם אתה חוקר את הגרף ישירות, רחף מעל צומת כדי להציג תיאור קצר של המחלקה ולהדגיש את כל מחלקות האב או הצאצא הישירות עבור צומת זה. חלקת אדמה משולשת המסווגת סוגי מרקם על סמך פרופורציות חימר, סחף וחול עם אזורים מסומנים, כגון חימר, טיט וטיט חולי, מוצגת כאן. כלי סיווג זה אפשר למשתמשי AMOS לקשר סוגי מרקמי קרקע לדפי עובדות רלוונטיים, שיטות אנליטיות וספקטרום ניסיוני, מה שמקל על זרימות עבודה יעילות מנתוני הרכב ועד לחיפושי חומרים ממוקדים המבוססים על סיווגים פונקציונליים.