Name: מדריך מדורג לבידוד וניתוח של משטח העלים ו-RNA אפופלסטי באמצעות רוזטות Arabidopsis (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: למדו שיטה לבידוד RNA אפופלסטי ומשטח עלים ב-Arabidopsis באמצעות אלקטרופורזת מעטפת וריצוף Illumina. השיטה מאפשרת חקר אינטראקציות צמח-מיקרוב ותגובות ללחץ ביוטי.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>סמן סולם 14-30 nt ssRNA</td><td>טאקארה</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>צינורות מיקרו-צנטריפוגה 1.5 מ"ל</td><td>VWR</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>מזרק ללא מחט 10 מ"ל</td><td>ב.ד.</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>15 מ"ל צינורות בז</td><td>VWR</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>15% ג'ל Mini-PROTEAN TBE-Urea, 10 בארות/12 בארות, 30 ומיקרו; ליטר/20 ומיקרו; L</td><td>ביו-ראד</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>תוספות מגש ל-36 תאים</td><td>True Leaf שוק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>תמיסת 40% אקרילאמיד וביס-אקרילאמיד, 37.5:1</td><td>ביו-ראד</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>סירים עגולים בגודל 4 אינץ'</td><td>True Leaf שוק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>50 מ"ל צינורות בז</td><td>VWR</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>מזרק ללא מחט 50 מ"ל</td><td>ב.ד.</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>96 צלחת באר תחתית שחורה</td><td>גרנייה</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.22 &mu; מסנן מזרק M</td><td>פאל</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.45 &mu; מסנן מזרק M</td><td>פאל</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>אמוניום פרסולפט (APS)&nbsp;</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>א3678</td><td></td></tr><tr><td>סידן כלורי&nbsp;</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>ג1016</td><td></td></tr><tr><td>כלורופורם (ללא RNase)</td><td>מקרון פיין כימיקלים</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>כיפות פלסטיק שקופות</td><td>האמרט אינטרנשיונל</td><td>11 3348</td><td>ניתן להשתמש בכל כיפת פלסטיק לכיסוי הצמחים ולשמירה על לחות</td></tr><tr><td>מקל כותנה בדרגה רפואית</td><td>Uline</td><td>ס-21102</td><td></td></tr><tr><td>אתנול (ללא רנאז)</td><td>מעבדות דקון בע"מ</td><td>ברקוד 2716גאה</td><td></td></tr><tr><td>מכונת קפה פרנץ' פרס, 24 אונקיות נוזל</td><td>פסגת השלג</td><td>CS-111</td><td></td></tr><tr><td>מגש גידול ללא חורים 10X20</td><td>True Leaf שוק</td><td></td><td></td></tr><tr><td>דלי קרח&nbsp;</td><td>Schuett-Biotech, ספוג</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>איזופרופנול</td><td>תרמו סיינטיפיק</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>רוטור JA-14 בזווית קבועה</td><td>בקמן קולטר; דגם: JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>קימוויפס</td><td>KCWW, קימברלי-קלארק</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>מצע ssRNA לטווח נמוך</td><td>נב</td><td>N0364S</td><td></td></tr><tr><td>הידרט MES</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>M8250</td><td></td></tr><tr><td>קורא מיקרו-פלטות</td><td>ביוטק</td><td>&nbsp; סינרגיה H1</td><td></td></tr><tr><td>מירקל-גרו</td><td>מירקל-גרו</td><td>24-8-16</td><td>זהו מזון צמחי לכל מטרה. בהתאם למקור האדמה המשמש לגידול הצמחים, ניתן להתאים את היישום.</td></tr><tr><td>בקבוק צנטיפוגה של Nalgene 250 מ"ל (ללא מכסה)</td><td>נלג'ן</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>מגבות נייר</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ParaFilm&nbsp; סרט מעבדה M</td><td>פרפילם</td><td>ס-25929</td><td></td></tr><tr><td>פלסטיק (500 מ"ל)</td><td>Uline</td><td>ס-21658</td><td></td></tr><tr><td>גליקוגן נטול RNase (20 מ"ג/מ"ל)</td><td>תרמו סיינטיפיק</td><td>₪0561</td><td></td></tr><tr><td>RootShield Plus WP קוטל פטריות ביולוגי</td><td>ביווורקס</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>מספריים</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>סילווט L-77</td><td>מעבדות פיטוטק</td><td>S7777</td><td>ניתן להשתמש בכל מותג Silwet L-77. עם זאת, סילווט מאבד מיעילותו לאורך זמן. אידיאלי להחליף אותו פעם בשנה.</td></tr><tr><td>נתרן כלורי</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>מברשת צבע שיער ניילון רכה</td><td>אותנו. אספקת אמנות</td><td>מס' 6</td><td></td></tr><tr><td>בקבוק ריסוס</td><td>Uline</td><td>S-7272</td><td>ניתן להשתמש בכל בקבוק ריסוס, אך הגדרות ההתזה צריכות להיות במקלחת.</td></tr><tr><td>תערובת גידול מקצועית של Sungro</td><td>סונגרו</td><td></td><td></td></tr><tr><td>תערובת ריבוי Sungro</td><td>סונגרו</td><td></td><td></td></tr><tr><td>כתם ג'ל חומצת גרעין זהב SYBR (תרכיז פי 10,000 ב-DMSO)</td><td>תרמו סיינטיפיק</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>תמד</td><td>תרמו סיינטיפיק</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>מגיב טריזול</td><td>Invitrogen</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>מים נטולי דנאז/רנאז טהורים במיוחד</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>אוריאה</td><td>סיגמא-אולדריץ'</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>תא ואקום, 0.20 מ"ק. רגל</td><td>SP Scienceware - מוצרי בל-ארט - מכשיר H-B</td><td>פ42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>משאבת ואקום, 3.5 CFM</td><td>מוצרי ואקום אידיאליים</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>משקל שקילה</td><td>אסקלי</td><td>WBB480535</td><td>זו רק דוגמה. ניתן להשתמש בכל סולם שקילה.</td></tr></tbody></table>

מדריך מדורג לבידוד וניתוח של משטח העלים ו-rna אפופלסטי באמצעות רוזטות arabidopsis

A Stepwise Guide to the Isolation and Analysis of Leaf Surface and Apoplastic RNA Using Arabidopsis Rosettes

מדריך מדורג לבידוד וניתוח של משטח העלים ו-RNA אפופלסטי באמצעות רוזטות Arabidopsis

The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

a-stepwise-guide-to-isolation-analysis-leaf-surface-apoplastic-rna

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

וידאו זה מציג את נוהל בידוד protoplasts שלם מרקמות של 14 יום בן שתילים של ארבידופסיס. בהתחשב בכך protoplasts מבודדים נותרו על כנן לפחות 96h והם מבודדים שתילים במקום אחד בן חודש צמחים בוגרים, הליך זה מזרז מבחני המחייב protoplasts ללא פגע.

בידוד של Protoplasts מרקמות של 14 יום בן שתילים של ארבידופסיס thaliana</em

ניתוח ספציפי של תא<em&gt; ארבידופסיס</em&gt; עלים באמצעות מיון תא הופעל פלואורסצנטי

אנו מדווחים שיטה יעילה ופשוטה לבודד את העוברים בשלבים מוקדמים של פיתוח...

בידוד יעיל ומהיר של עוברים משלבים מוקדמים<em&gt; Thaliana ארבידופסיס</em&gt; זרעים

פרוטוקול זה מתאר שיטה קלה לחילוץ ופיצול תעתיקים מרקמות צמחים על בסיס מספר הריבוזומים הקשורים. הוא מאפשר הערכה גלובלית של פעילות התרגום וקביעת סטטוס התרגום של mRNAs ספציפיים.

שיטה קלה הצמח Polysome Profiling

כאן, אנו מציגים פרוטוקול האינטראקציה ללכוד להחיל על Arabopopsis thaliana עלה mesophyll protoplasts. שיטה זו מסתמכת באופן קריטי על vivo UV crosslinking ומאפשר בידוד וזיהוי של חלבונים mRNA מחייב הצמח מסביבה פיזיולוגית.

MRNA Interactome ללכוד מן Protoplasts הצמח

כאן, אנו מציגים פרוטוקול ללמוד התנהגות גידול הצמח, במיוחד פנוטיפים באופן לשחזור. אנו מראים כיצד לספק משתנה ועל הזמן אותו יציבים לתנאי תאורה. ניתוחים נכונה תלויה מספיקים מדגם והערכות סטטיסטיות בתוקף.

ניתוח התנהגות גדילה תודרנית לבנה באיכויות שונות אור

כאן, אנו מציגים שיטת הקרנה שונה שניתן להשתמש בהרחבה כדי להקרין במהירות RNA השתקה דכאי במחלות צמחים.

הקרנה וזיהוי של רנ א השתקה דכאי מ מופרש העריקים של פתוגנים צמח

מתרגם הריבוכמה אהדה (מלכודת) מציעה את האפשרות לנתח תוכניות התפתחותיות עם עיבוד מינימלי של איברים ורקמות. הפרוטוקול מניב RNA באיכות גבוהה מתאים המיועדים עם חלבון פלורסנט ירוק (GFP)-יחידת משנה ריבוזומבית. כלים לניתוח במורד הזרם, כגון רביעיית-PCR או RNA-seq, חושפים פרופילי ביטויים ספציפיים לסוג תאים.

מתרגם הריבוכמה אהדה לטיהור (מלכודת) כדי לחקור את התפתחות השורש של הספר הבסיסי בקנה מידה ספציפי לסוג תא

ההיתכנות והיעילות של שיטות scRNA-seq בעלות תפוקה גבוהה מבשרות על עידן חד-תאי בחקר צמחים. מוצג כאן הליך חזק ומלא לבידוד סוגי תאי שורש ספציפיים של Arabidopsis thaliana ובנייה וניתוח של ספריית שעתוק לאחר מכן.

בידוד וניתוח שעתוק של סוגי תאי צמח

פרוטוקול זה מתאר שיטה אופטימלית לבידוד וזיקולות חוץ-תאיות (EVs) מעלי Arabidopsis thaliana לתמיכה בניתוחים מולקולריים ותפקודיים במורד הזרם.

בידוד וטיהור של וזיקולות חוץ-תאיות של צמחים מעלי ארבידופסיס באמצעות שיטת איסוף אופטימלית של שטיפה אפופלסטית

למדו שיטה לבידוד RNA אפופלסטי ומשטח עלים ב-Arabidopsis באמצעות אלקטרופורזת מעטפת וריצוף Illumina. השיטה מאפשרת חקר אינטראקציות צמח-מיקרוב ותגובות ללחץ ביוטי.

מדריך מדורג לבידוד וניתוח של משטח העלים ו-RNA אפופלסטי באמצעות רוזטות Arabidopsis

גלה סרטונים נוספים