Name: הערכה כמותית אופטימלית של יציבות RNA משפר בתאי גזע עובריים בעכבר (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T14:45:00.000+00:00
Duration: 3 min 34 s
Description: למד הערכה כמותית של יציבות RNA משפר בתאי גזע עובריים בעכבר באמצעות טיפול ב-Actinomycin D, RT-qPCR וניתוח רגרסיה לא לינארית. השיטה מאפשרת מידול מדויק של דינמיקת התפוררות eRNA.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bulger, M., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+mechanistic+diversity+of+distal+transcription+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Functional and mechanistic diversity of distal transcription enhancers.</a> Cell. 144 (3), 327-339 (2011).</li>
<li>Gorbovytska, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+stimulate+Pol+II+pause+release+by+harnessing+multivalent+interactions+to+NELF%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs stimulate Pol II pause release by harnessing multivalent interactions to NELF.</a> Nat Commun. 13 (1), 2429(2022).</li>
<li>Joo, J. -Y., Schaukowitch, K., Farbiak, L., Kilaru, G., Kim, T. -K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stimulus-specific+combinatorial+functionality+of+neuronal+c-fos+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Stimulus-specific combinatorial functionality of neuronal c-fos enhancers.</a> Nat Neurosci. 19 (1), 75-83 (2016).</li>
<li>Levine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional+enhancers+in+animal+development+anfd+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptional enhancers in animal development anfd evolution.</a> Curr Biol. 20 (17), R754-R763 (2010).</li>
<li>Nord, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+and+pervasive+changes+in+genome-wide+enhancer+usage+during+mammalian+development%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Rapid and pervasive changes in genome-wide enhancer usage during mammalian development.</a> Cell. 155 (7), 1521-1531 (2013).</li>
<li>Schwalb, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TT-seq+maps+the+human+transient+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">TT-seq maps the human transient transcriptome.</a> Science. 352 (6290), 1225-1228 (2016).</li>
<li>De Santa, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large+fraction+of+extragenic+RNA+pol+II+transcription+sites+overlap+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">A large fraction of extragenic RNA pol II transcription sites overlap enhancers.</a> PLoS Biol. 8 (5), e1000384(2010).</li>
<li>Kim, T. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Widespread+transcription+at+neuronal+activity-regulated+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers.</a> Nature. 465 (7295), 182-187 (2010).</li>
<li>Songyue, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roles+of+enhancer%2C+especially+super-enhancer-driven+genes+in+tumor+metabolism+and+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">The roles of enhancer, especially super-enhancer-driven genes in tumor metabolism and immunity.</a> Int J Biol Macromol. 308 (1), 142414(2025).</li>
<li>Kim, S. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+regulation+of+IFITM1+expression+in+lipopolysaccharide-stimulated+human+mesenchymal+stromal+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cell+Res+Ther%22%5BJournal%5D)">Epigenetic regulation of IFITM1 expression in lipopolysaccharide-stimulated human mesenchymal stromal cells.</a> Stem Cell Res Ther. 11, 1-12 (2020).</li>
<li>Li, W., Notani, D., Rosenfeld, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+as+non-coding+RNA+transcription+units%3A+Recent+insights+and+future+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Enhancers as non-coding RNA transcription units: Recent insights and future perspectives.</a> Nat Rev Genet. 17 (4), 207-223 (2016).</li>
<li>Sartorelli, V., Lauberth, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+are+an+important+regulatory+layer+of+the+epigenome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs are an important regulatory layer of the epigenome.</a> Nat Struct Mol Biol. 27 (6), 521-528 (2020).</li>
<li>Lam, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rev-Erbs+repress+macrophage+gene+expression+by+inhibiting+enhancer-directed+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Rev-Erbs repress macrophage gene expression by inhibiting enhancer-directed transcription.</a> Nature. 498 (7455), 511-515 (2013).</li>
<li>Li, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+roles+of+enhancer+RNAs+for+oestrogen-dependent+transcriptional+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Functional roles of enhancer RNAs for oestrogen-dependent transcriptional activation.</a> Nature. 498 (7455), 516-520 (2013).</li>
<li>Melo, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eRNAs+are+required+for+p53-dependent+enhancer+activity+and+gene+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">eRNAs are required for p53-dependent enhancer activity and gene transcription.</a> Mol Cell. 49 (3), 524-535 (2013).</li>
<li>Mousavi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eRNAs+promote+transcription+by+establishing+chromatin+accessibility+at+defined+genomic+loci%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci.</a> Mol Cell. 51 (5), 606-617 (2013).</li>
<li>Schaukowitch, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+facilitates+NELF+release+from+immediate+early+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA facilitates NELF release from immediate early genes.</a> Mol Cell. 56 (1), 29-42 (2014).</li>
<li>Göttgens, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishing+the+transcriptional+programme+for+blood%3A+The+SCL+stem+cell+enhancer+is+regulated+by+a+multiprotein+complex+containing+Ets+and+GATA+factors%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Establishing the transcriptional programme for blood: The SCL stem cell enhancer is regulated by a multiprotein complex containing Ets and GATA factors.</a> The EMBO J. 21 (12), 3039-3050 (2002).</li>
<li>Wang, H. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Defining+essential+enhancers+for+pluripotent+stem+cells+using+a+features-oriented+CRISPR-Cas9+screen%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Defining essential enhancers for pluripotent stem cells using a features-oriented CRISPR-Cas9 screen.</a> Cell Rep. 33 (4), 108309(2020).</li>
<li>Cinghu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intragenic+enhancers+attenuate+host+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Intragenic enhancers attenuate host gene expression.</a> Mol Cell. 68 (1), 104-117.e106 (2017).</li>
<li>Hobson, D. J., Wei, W., Steinmetz, L. M., Svejstrup, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+polymerase+II+collision+interrupts+convergent+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">RNA polymerase II collision interrupts convergent transcription.</a> Mol Cell. 48 (3), 365-374 (2012).</li>
<li>Moon, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Embryonic+stem+cell-specific+intragenic+enhancer+RNA+essential+for+NSUN2-mediated+stem+cell+fate+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Embryonic stem cell-specific intragenic enhancer RNA essential for NSUN2-mediated stem cell fate regulation.</a> Int J Biol Macromol. 319, 145470(2025).</li>
<li>Tata, P. R., Tata, N. R., Kühl, M., Sirbu, I. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+novel+epigenetic+regulatory+region+within+the+pluripotency+associated+microRNA+cluster%2C+EEmiRC%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Identification of a novel epigenetic regulatory region within the pluripotency associated microRNA cluster, EEmiRC.</a> Nucleic Acids Res. 39 (9), 3574-3581 (2011).</li>
<li>Sohni, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+switching+of+active+promoter+and+enhancer+domains+regulates+Tet1+and+Tet2+expression+during+cell+state+transitions+between+pluripotency+and+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Dynamic switching of active promoter and enhancer domains regulates Tet1 and Tet2 expression during cell state transitions between pluripotency and differentiation.</a> Mol Cell Biol. 35 (6), 1026-1042 (2015).</li>
<li>Borsari, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+with+tissue-specific+activity+are+enriched+in+intronic+regions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Enhancers with tissue-specific activity are enriched in intronic regions.</a> Genome Res. 31 (8), 1325-1336 (2021).</li>
<li>Bressin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-sensitive+nascent+transcript+sequencing+reveals+BRD4-specific+control+of+widespread+enhancer+and+target+gene+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High-sensitive nascent transcript sequencing reveals BRD4-specific control of widespread enhancer and target gene transcription.</a> Nat Commun. 14 (1), 4971(2023).</li>
<li>Heintzman, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinct+and+predictive+chromatin+signatures+of+transcriptional+promoters+and+enhancers+in+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Distinct and predictive chromatin signatures of transcriptional promoters and enhancers in the human genome.</a> Nat Genet. 39 (3), 311-318 (2007).</li>
<li>Pérez-Molina, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+intronic+Alu+element+attenuates+the+transcription+of+a+long+non-coding+RNA+in+human+cell+lines%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">An intronic Alu element attenuates the transcription of a long non-coding RNA in human cell lines.</a> Front Genet. 11, 928(2020).</li>
<li>Djebali, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+transcription+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Landscape of transcription in human cells.</a> Nature. 489 (7414), 101-108 (2012).</li>
<li>Rada-Iglesias, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+unique+chromatin+signature+uncovers+early+developmental+enhancers+in+humans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A unique chromatin signature uncovers early developmental enhancers in humans.</a> Nature. 470 (7333), 279-283 (2011).</li>
<li>Atlasi, Y., Stunnenberg, H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+interplay+of+epigenetic+marks+during+stem+cell+differentiation+and+development%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">The interplay of epigenetic marks during stem cell differentiation and development.</a> Nat Rev Genet. 18 (11), 643-658 (2017).</li>
<li>Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+the+embryonic+stem+cell+state%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Control of the embryonic stem cell state.</a> Cell. 144 (6), 940-954 (2011).</li>
<li>Ratnadiwakara, M., Änkö, M. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mRNA+stability+assay+using+transcription+inhibition+by+actinomycin+D+in+mouse+pluripotent+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">mRNA stability assay using transcription inhibition by actinomycin D in mouse pluripotent stem cells.</a> Bio Protoc. 8 (21), e3072-e3072 (2018).</li>
<li>Kim, S. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+coordination+of+BET+family+proteins+underlies+altered+transcription+associated+with+memory+impairment+in+fragile+X+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Functional coordination of BET family proteins underlies altered transcription associated with memory impairment in fragile X syndrome.</a> Sci Adv. 7 (21), eabf7346(2021).</li>
<li>Peterson, S. M., Freeman, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+Isolation+from+Embryonic+Zebrafish+and+cDNA+Synthesis+for+Gene+Expression+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis.</a> J Vis Exp. (30), e1470(2009).</li>
<li>Ye, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primer-BLAST%3A+A+tool+to+design+target-specific+primers+for+polymerase+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction.</a> BMC Bioinformatics. 13 (1), 134(2012).</li>
<li>Kim, S. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SET7%2F9+methylation+of+the+pluripotency+factor+LIN28A+is+a+nucleolar+localization+mechanism+that+blocks+let-7+biogenesis+in+human+ESCs%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">SET7/9 methylation of the pluripotency factor LIN28A is a nucleolar localization mechanism that blocks let-7 biogenesis in human ESCs.</a> Cell Stem Cell. 15 (6), 735-749 (2014).</li>
<li>Lugowski, A., Nicholson, B., Rissland, O. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DRUID%3A+A+pipeline+for+transcriptome-wide+measurements+of+mRNA+stability%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">DRUID: A pipeline for transcriptome-wide measurements of mRNA stability.</a> RNA. 24 (5), 623-632 (2018).</li>
<li>Lugowski, A., Nicholson, B., Rissland, O. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determining+mRNA+half-lives+on+a+transcriptome-wide+scale%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Determining mRNA half-lives on a transcriptome-wide scale.</a> Methods. 137, 90-98 (2018).</li>
<li>Tsai, P. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+muscle-specific+enhancer+rna+mediates+cohesin+recruitment+and+regulates+transcription+in+trans%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">A muscle-specific enhancer rna mediates cohesin recruitment and regulates transcription in trans.</a> Mol Cell. 71 (1), 129-141.e128 (2018).</li>
<li>Woolley, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Full-length+mRNA+sequencing+resolves+novel+variation+in+5%27+UTR+length+for+genes+expressed+during+human+CD4+T-cell+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Immunogenetics%22%5BJournal%5D)">Full-length mRNA sequencing resolves novel variation in 5' UTR length for genes expressed during human CD4 T-cell activation.</a> Immunogenetics. 77 (1), 14(2025).</li>
<li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algorithm+for+optimized+mRNA+design+improves+stability+and+immunogenicity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Algorithm for optimized mRNA design improves stability and immunogenicity.</a> Nature. 621 (7978), 396-403 (2023).</li>
<li>Kim, T. -K., Shiekhattar, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Architectural+and+functional+commonalities+between+enhancers+and+promoters%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Architectural and functional commonalities between enhancers and promoters.</a> Cell. 162 (5), 948-959 (2015).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>2-מרקפטואנול</td><td>גיבקו</td><td>21985023</td><td></td></tr><tr><td>אקטינומיצין D</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>A9415</td><td></td></tr><tr><td>כלורופורם</td><td>כימיקלים של דאג'ונג</td><td>2548-4105</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>GenDEPOT</td><td>D2680</td><td></td></tr><tr><td>סרום בקר עוברי (FBS)</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>F0392</td><td></td></tr><tr><td>ג'לטין</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>G1890-100G</td><td></td></tr><tr><td>גלאזגו' מדיום חיוני מינימלי (GMEM)</td><td>גיבקו</td><td>11710035</td><td></td></tr><tr><td>GraphPad Prism (גרסה 9)</td><td>תוכנת GraphPad</td><td></td><td></td></tr><tr><td>איזופרופנול</td><td>כימיקלים של דאג'ונג</td><td>5035-4105</td><td></td></tr><tr><td>תחליף סרום נוקאאוט (KOSR)</td><td>Gibco,&nbsp;</td><td>10828028</td><td></td></tr><tr><td>גורם מעכב לוקמיה (LIF)</td><td>מרק</td><td>ESG1106</td><td></td></tr><tr><td>תמיסת חומצות אמינו לא חיוניות MEM (MnEA)</td><td>וולג'ן</td><td>LS005</td><td></td></tr><tr><td>ערכת סינתזת m-MLV cDNA &nbsp;</td><td>אנזינומיקה</td><td>EZ006S</td><td></td></tr><tr><td>OPTIZEN NanoQ Plus&nbsp;</td><td>KLAB</td><td>01-QI685-M-16-C</td><td></td></tr><tr><td>פניצילין-סטרפטומיצין</td><td>וולג'ן</td><td>LS202-02</td><td></td></tr><tr><td>Power SYBR-Green PCR מיקס מאסטר&nbsp;</td><td>מערכות ביולוגיות יישומיות</td><td>4368708</td><td></td></tr><tr><td>QuanStudio1 מערכת PCR בזמן אמת&nbsp;</td><td>מערכות ביולוגיות יישומיות</td><td>A40425</td><td></td></tr><tr><td>נתרן פירובט</td><td>וולג'ן</td><td>LS013</td><td></td></tr><tr><td>טריזול&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>15596018</td><td></td></tr></tbody></table>

הערכה כמותית אופטימלית של יציבות rna משפר בתאי גזע עובריים בעכבר

Optimized Quantitative Assessment of Enhancer RNA Stability in Mouse Embryonic Stem Cells

הערכה כמותית אופטימלית של יציבות RNA משפר בתאי גזע עובריים בעכבר

Enhancer RNAs (eRNAs) are non-coding transcripts produced from transcriptionally active enhancer regions and are increasingly recognized as key regulators ...

optimized-quantitative-assessment-enhancer-rna-stability-mouse

Research

JoVE Journal

Biochemistry

ביוכימיה

אנו מתארים assay כתב הקרינה במהירות לזהות ולאפיין את הגנים המווסתים גזע עובריים של עכברים תא תחזוקה עצמית והתחדשות.

Oct4GiP Assay כתב ללמוד גנים המווסתים גזע עובריים עכבר נייד תחזוקה עצמית והתחדשות

assay ביטוי גני תא הבודד שדרוש להבנת heterogeneities בתאי גזע.

אפיון תאי גזע עוברי האנושי על ידי הפרט כמותי RT-PCR

אימות ניסיוני של פעילות משפר ניגש בצורה הטובה ביותר על ידי ניתוח אובדן תפקוד. מוצג כאן פרוטוקול יעיל המשתמש במחיקה בתיווך CRISPR/Cas9 כדי לחקור ויסות ספציפי לאלל של שעתוק גנים בתאי F1 ES המכילים גנום היברידי (Mus musculus129 x Mus castaneus).

יצירת CRISPR / Cas9 מתווכת Monoallelic מחיקות ללמוד לתפקד Enhancer בתאי עכבר גזע עובריים

פרוטוקול זה מציג שיטה לבצע מתחיל מתא בודד כמותי, בניתוח באתרו של ביטוי חלבון ללמוד מפרט השושלת בעוברים preimplantation העכבר. הנהלים הדרושים לאיסוף blastocysts, כל הר זיהוי immunofluorescent של חלבונים, הדמיה של דגימות על מיקרוסקופ confocal, ופילוח גרעיני וניתוח תמונה מתוארת.

ניתוח כמותי של ביטוי חלבון לחקר מפרט Lineage עכבר preimplantation עוברים

בעבודה זו אנו מספקים זרימת עבודה ניסיונית כיצד ניתן לזהות משפרים פעילים ולאמת אותם בניסוי.

חיזוי ותיקוף של גן בקרה אלמנטים הופעל במהלך החומצה הרטינואית מושרה גזע עובריים התמיינות תאים

חלבונים בדרך כלל מכילים מספר תחומים שיכולים להפעיל פונקציות סלולריות שונות. ג'ין לדפוק-outs (KO) לא מחשיב מגוון תפקודי זו. כאן, אנו מדווחים חילופי קלטת בתיווך רקומבינציה (RMCE) גישת מבנה-תפקוד מבוסס בתאי גזע עוברי KO המאפשרת דיסקציה המולקולרי של תחומים או הגירסות פונקציונליים השונים של חלבון.

מחקרי מבנה-תפקוד תאי גזע עוברי עכבר שימוש recombinase בתיווך Exchange קסטה

פרוטוקול זה מתאר את השלבים הדרושים כדי לתכנן ולבצע מיקוד מרובבת של משפרי עם החלבון פיוז'ן deactivating SID4X-dCas9-קראב, המכונה גם משפר הפרעה (משפר-i). פרוטוקול זה מאפשר זיהוי משפרי המווסתים ביטוי גנים ואסטמה ומקילה על ניתוח היחסים בין משפרי ויסות גנים מטרה משותפת.

דיסקציה של משפר תפקוד באמצעות הפרעות משפר מבוססי CRISPR מולטיפלקס בשורות תא

אנו מדווחים על היישום של לכידת כרומוזום קונפורמציה כמותי ואחריו רצף תפוקה גבוהה בגופים embryoid שנוצרו בתאי גזע עובריים. טכניקה זו מאפשרת לזהות ולכמת את אנשי הקשר בין משפרי ואזורים היזם של גן נתון במהלך הבידול תא גזע עובריים.

זיהוי אנשי קשר של משפר-יזם ב Embryoid גופים על-ידי לכידת כרומוזום קונפורמציה כמותית (4C)

פרוטוקול זה מתאר בדיקה חדשנית של משפר-כתב ארעי המבוססת על rAAV. ניתן להשתמש בבדיקה זו כדי לגרום לביטוי המונע על ידי משפר in vivo במוח העכבר.

פריסת AAV של מבני ביטוי מבוססי משפר in vivo במוח עכבר

פרוטוקול זה מספק צינור חישובי יעיל לכימות תמלילי משפרים מתהווים. על ידי שילוב נגישות כרומטין, תכונת כרומטין ונתוני שעתוק, הוא מאפשר זיהוי מדויק וניתוח ספציפי לגדיל של פעילות משפר באזורים תוך-גניים מורכבים, תוך שהוא נשאר נגיש לחוקרים ללא הכשרה ביואינפורמטית נרחבת.

צינור חישובי לכימות RNA משפר אינטרגני/תוך-גני בתאי גזע עובריים של עכבר

למד הערכה כמותית של יציבות RNA משפר בתאי גזע עובריים בעכבר באמצעות טיפול ב-Actinomycin D, RT-qPCR וניתוח רגרסיה לא לינארית. השיטה מאפשרת מידול מדויק של דינמיקת התפוררות eRNA.

הערכה כמותית אופטימלית של יציבות RNA משפר בתאי גזע עובריים בעכבר

גלה סרטונים נוספים