A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

Myunggeun Oh; Seunghwa Jeong; Seung-Kyoon Kim

doi:10.3791/69400

צינור חישובי לכימות RNA משפר אינטרגני/תוך-גני בתאי גזע עובריים של עכבר

JoVE Journal
Genetics

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Genetics

A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

צינור חישובי לכימות RNA משפר אינטרגני/תוך-גני בתאי גזע עובריים של עכבר

Full Text

556 Views

06:02 min

October 28, 2025

DOI: 10.3791/69400-v

Myunggeun Oh*¹, Seunghwa Jeong*¹, Seung-Kyoon Kim¹

¹Department of Convergent Bioscience and Informatics, and Graduate School of Biological Sciences,Chungnam National University (CNU)

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

פרוטוקול זה מספק צינור חישובי יעיל לכימות תמלילי משפרים מתהווים. על ידי שילוב נגישות כרומטין, תכונת כרומטין ונתוני שעתוק, הוא מאפשר זיהוי מדויק וניתוח ספציפי לגדיל של פעילות משפר באזורים תוך-גניים מורכבים, תוך שהוא נשאר נגיש לחוקרים ללא הכשרה ביואינפורמטית נרחבת.

הקבוצה שלנו חוקרת אפיגנטיקה ואפיטרנסקריפטומיקה, תוך התמקדות בפיתוח שיטה מדויקת לכימות RNA מגביר כמדדים להפעלת מגבירים. מכיוון שמגבירים תוך-גניים היו עם תמלילי המארח, הבחנה בין אותות DER של משפרים וכימות מדויק שלהם היא אתגר. כדי להתחיל, פתח את הטרמינל והקלד את הפקודה להכנת הקבצים וההפניות הנדרשים לזיהוי משפרים.

הקליד את הפקודה בטרמינל כדי להיכנס לתיקיית העבודה. לאחר מכן הרץ את הפקודה שמעתיקה את סקריפטי זיהוי המשפרים לתיקייה הנוכחית. לאחר מכן הרץ את הפקודה המתאימה ליצירת קבצי BED עבור אזורי פרומוטר, גופי גנים וגנים מקודדי חלבונים באמצעות הערות קוד גנ.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos