July 24th, 2026
תוכנת מיפוי פרמטרים מיקרוגליאליים (MMPS) היא צינור ניתוח ידידותי למשתמש שאינו דורש מומחיות בקידוד ומבצע ניתוח מורפולוגיה מיקרוגליאלית חד-תאית מתמונות אימונופלואורסנציה. מאומת במודל דלקת עצבית המושרה על ידי ליפופוליסכרידים, MMPS מזהה באופן שכפולי שינויים מורפולוגיים הקשורים להפעלה ומאפשר פנוטיפינג מיקרוגליאלי סטנדרטי וניתן להרחבה.
תוכנת מפת מדדי מיקרוגליה, או MMPS, מאפשרת לנו לחקור כיצד פרפטוזיס משנה את תת-אוכלוסיות המיקרוגליה לאחר שבץ איסכמי. MMPS מטפלת בחסימות מרכזיות בתחום ניתוח המיקרוגליה, ועוקפת דרישות תוכנה מסובכות וידע קודם בתכנות. כדי להתחיל, פתח את מאגר ה-GitHub במחשב והורד את החבילה העצמאית של תוכנת Mapping Microglial Parameters או MMPS.
בתיקית ההורדות, לחץ פעמיים כדי להפעיל את כלי התמצות הקבצים כדי לחלץ אוטומטית את התיקיה הדחוסה. לחץ פעמיים על סמל היישום MMPS שחולץ כדי לאמת ולפתוח את חבילת MMPS. לחץ על אפשרות בחר תיקית תמונה ועבור דרך הספריה של המחשב כדי לאתר את קבצי הפרויקט.
הענק הרשאות גישה לתיקיה ובחר את ספריית אחסון התמונות. לאחר מכן, לחץ על בחר תיקית יציאה, ואז בחר את תיקית הפלט. בחר את התמונה לעיבוד, ואז בחר סימון תמונות.
הקצה מזהי בעלי חיים וקבוצות טיפול לתמונה ושמור את הקלטים. כדי לחשב את גודל הפיקסל של התמונה, בחר באפשרות כיול מסרגל קנה מידה. בחר את נקודות התחלה והסיום של סרגל הקנה מידה, והזן את מרחק סרגל הקנה מידה הידוע במיקרומטרים ולחץ על יישום.
בחר את ערוץ הפלואורסצנציה המכיל את האות המיקרוגליאלי. בחר תמונות לעיבוד על ידי סימון התיבה שליד שם כל תמונה, ועיבד אותן בנפרד אם יש הבדל בפלואורסצנציה הרקע בין התמונות. עיין בכרטיסיות המקור, התצוגה המקדימה, התמונה המעובדת והמסכות כדי להשוות בין שלבי עיבוד התמונות.
בחר הצגה תמונה נוכחית כדי להתאים את הגדרות עיבוד התמונות הנוספות. לגבי חיסור רקע, הגדר את ערך כדור הגלגול בין חמישה ל-150 פיקסלים. כדי להפחית את תופעות האור, השתמש בערך פילוס רעש של שלושה, והגדר את ערכי החידוד בין אחד לשניים כדי לשפר את הגדרת הקצוות.
לאחר אופטימיזציה של הגדרות עיבוד התמונות, לחץ על עיבד תמונות שנבחרו. לאחר מכן, בחר חלץ סומות, כל התמונות. לחץ על הצג צבע C להצגת תצוגה מורכבת RGB.
בחר ערוצים, ולאחר מכן בטל את הסימון של ערוצים שאינם בשימוש אם התמונה נראית מעוותת בצבע. לחץ על התאמות תצוגה כדי להתאים את בהירות הערוץ בתצוגת RGB. בחר סומות מיקרוגליה המציגות DAPI ומולקולת מתאם סידן מיוני, או IBA1 קו-לוקליזציה.
הסר סומה שנבחרה בצורה לא נכונה באמצעות מקש מחיקה או מקש מחיקה לאחור. לחץ על אישור או חזור כדי להמשיך לתמונה הבאה. בחר מתאר סומות הכל לאחר השלמת בחירת הסומה.
שרטט את היקף הסומה של כל תא מיקרוגליה שנבחר עם לפחות שמונה נקודות מתאר, למעט התהליכים התאיים. הסר נקודות מתאר שהושמו בצורה לא נכונה באמצעות בטל נקודה אחרונה, מחק או מקש מחיקה לאחור. לחץ על אישור, חזור, לחץ כפול או לחץ ימני כדי לסיים כל מתאר סומה.
לחץ על צור את כל המסכות לאחר השלמת שרטוט הסומה. בהגדרות יצירת מסכה, התאם את עוצמת המינימום כדי להפחית פיקסלים ברקע ולאזן בין דיכוי רקע ושימור ענפים. בחר בדיקת איכות כל המסכות כדי להתחיל באבטחת איכות המסכה, ובדוק את כל המסכות שהוצגו מהגדולות לקטנות ביותר.
השווה כל מסכה למיקרוגליה המתאימה באמצעות כרטיסיות התמונה המעובדת והמסכה. כדי לקבל מסכות, השתמש בקיצור מקלדת A. כדי לדחות מסכות, השתמש בקיצור מקלדת R.
כדי לבטל קבלה או דחייה, לחץ על B. השתמש במקשי החצים במקלדת כדי לנווט בין גדלי המסכה. בחר את המסכה המקובלת הגדולה ביותר שלוכדת במדויק ענפים מיקרוגליאליים מבלי לכלול תאים שכנים, רקע עודף, גבולות תמונה או סרגלי קנה מידה. אם רובם אינם מדויקים, השתמש באפשרות לנקות את כל המסכות כדי להצמיח מחדש את המסכות עם ערך סף שונה.
לאחר מכ
This article introduces the Mapping Microglial Parameters Software (MMPS), an open-source platform designed for quantitative analysis of microglial morphology. MMPS addresses accessibility and usability challenges in current analysis tools by providing a user-friendly, Python-based solution compatible with immunofluorescence workflows. The software is validated using a rodent model of neuroinflammation, demonstrating its effectiveness in detecting morphological changes associated with microglial activation.
Quantitative microglial morphology analysis is critical for de-risking neuroinflammation targets and advancing CNS drug discovery. The Mapping Microglial Parameters Software (MMPS) enables standardized, reproducible measurement of microglial activation states, supporting predictive confidence in early discovery and translational research. Its accessibility and cross-laboratory compatibility address key bottlenecks in neuroimmune target validation and portfolio triage.
MMPS integrates into the discovery-to-preclinical continuum by enabling standardized, quantitative analysis of microglial morphology in immunofluorescence-based workflows.