Riparazione dell'escissione della base a patch lungo

Nei mammiferi, si osserva un secondo tipo di BER, che viene spesso usato preferenzialmente durante la carenza di ATP, long-patch BER. Invece di rimuovere solo la singola base danneggiata, BER long-patch ripara una porzione lunga diversi nucleotidi. Al fine di ottenere questo risultato, una diversa DNA polimerasi, delta-epsilon, aggiunge diversi nucleotidi che sostituiscono i nucleotidi originali.

Questo comporta una sporgenza di oligonucleotidi chiamato flap o lembo, contenente la base danneggiata. In presenza di un fattore di replicazione chiamato antigene nucleare cellulare proliferante, o PCNA, un'endonucleasi speciale, definita flap endonucleasi, FEN, rimuove questo flap prima che una DNA ligasi riempia il gap residuo. Il meccanismo di Long-patch BER è particolarmente utile per riparare i danni derivanti da radiazioni ionizzanti.