RNA-seq

Il sequenziamento dell'RNA, o RNA-seq, è una tecnica di sequenziamento ad alto rendimento che identifica e quantifica le sequenze di RNA in un campione.

Può essere utilizzato per analizzare l'RNA totale o specifiche popolazioni di RNA come mRNA, tRNA, rRNA e miRNA. La tecnica ha diverse applicazioni nell'analisi del trascrittoma, nell'analisi dell'espressione genica differenziale e nell'editing dell'RNA.

Nel caso dell'analisi di popolazioni specifiche, il tipo di RNA di interesse deve essere isolato dagli altri RNA. Gli mRNA possono essere isolati utilizzando sonde oligo dT che sono complementari alle code di poli A presenti sui trascritti di mRNA. I microRNA, che di solito sono lunghi da quindici a trenta nucleotidi, vengono isolati con metodi di estrazione basati sulle dimensioni.

In alternativa, l'RNA contaminante, come l'RNA ribosomiale, può essere rimosso utilizzando oligonucleotidi complementari al contaminante e legati in modo covalente a sfere magnetiche. L'RNA ribosomiale ibridato viene separato dal campione utilizzando un magnete, lasciando dietro di sé l'RNA di interesse.

L'RNA purificato viene utilizzato come stampo dall'enzima trascrittasi inversa per creare cDNA, che