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La diversità antigenica del virus HIV-1 è stato a lungo un ostacolo per la progettazione di vaccini, e questa variabilità è particolarmente pronunciata nel ciclo V3 della glicoproteina di superficie del virus 'busta. Abbiamo già proposto che la corona del ciclo V3, anche se variabile dinamica e la sequenza, è vincolata per tutta la popolazione del virus HIV-1 ad un immunologicamente rilevanti β-tornante struttura terziaria. Importante, ci sono migliaia di diverse sequenze V3 anello corona in circolazione virus HIV-1, rendendo 3D caratterizzazione strutturale di tendenza attraverso la diversità dei virus difficili o impossibili da cristallografia e NMR. I nostri studi precedenti di successo con la piegatura della corona V3 1, 2 utilizzato l'algoritmo ab initio 3 accessibile nel ICM-Pro pacchetto software di modellazione molecolare (Molsoft LLC, La Jolla, CA) e ha suggerito che la corona del ciclo V3, in particolare da posizioni 10 a 22, i benefici a sufficienza dalla flessibilità e della durata di steli di accompagnamento a comportarsi in larga misura, come se si trattasse di un peptide liberamente senza vincoli pieghevole in soluzione. Come tale, rapido ripiegamento ab initio di appena questa parte del ciclo V3 di qualsiasi sforzo individuale di 60.000 + circolanti ceppi HIV-1 può essere informativo. Qui, abbiamo piegato il loop V3 del ceppo R2 al fine di conoscere la base strutturale delle sue proprietà uniche. R2 ha una rara sequenza ciclo V3 ritenuti responsabili per la squisita sensibilità di questo ceppo di neutralizzazione con sieri dei pazienti e gli anticorpi monoclonali 4, 5. La media tensione CD4 indipendente infezione e sembra suscitare anticorpi ampiamente neutralizzanti. Noi dimostrare come la valutazione dei risultati del pieghevole informativo può essere per l'associazione di strutture osservate nel pieghevole con le attività immunologiche osservate per R2.