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Patterning di diversi tipi di cellule in embrioni è un meccanismo chiave dello sviluppo metazoi. Comunità di microrganismi, come colonie e biofilm anche visualizzare modelli di tipi di cellule. Per esempio, nel lievito S. cerevisiae, le cellule e le cellule pseudohyphal sporigeni non sono distribuite uniformemente in colonie. L'importanza funzionale di patterning e dei meccanismi molecolari che sono alla base di questi modelli sono ancora poco conosciuti.
Una sfida rispetto a indagare i modelli di tipi di cellule in colonie fungine è che a differenza dei tessuti metazoi, le cellule in colonie sono relativamente debolmente attaccati l'uno all'altro. In particolare, le colonie fungine non contengono lo stesso livello ampia di matrice extracellulare trovano nella maggior parte dei tessuti. Qui riportiamo un metodo per l'integrazione e sezionamento colonie di lievito che rivela i modelli interni di tipi di cellule in queste colonie. Il metodo può essere utilizzato per preparare sezioni spesse (0,5 μ) utile per la microscopia ottica e di sezioni sottili (0,1 μ) adatto per la microscopia elettronica a trasmissione. Cellule aschi e pseudohyphal può essere facilmente distinto da cellule di lievito ovoidale al microscopio ottico, mentre la struttura interna di queste cellule possono essere visualizzati da EM.
Il metodo si basa su colonie circostanti con agar, infiltrandosi con media Spurr, e poi sezionamento. Colonie con un diametro nel range di 1-2 mm sono adatte per questo protocollo. Oltre a visualizzare l'interno delle colonie, il metodo consente la visualizzazione della regione della colonia che invade l'agar sottostante.