Macrodissezione del tessuto tumorale FFPE: una tecnica per ottenere tessuto tumorale specifico da campioni non colorati

Abstract

Fonte: Sugimoto, K. et al. Analisi dell'intero genoma della metilazione del DNA nel cancro gastrointestinale. J. Vis. Exp. (2020)

Questo video descrive un metodo per la macrodissezione manuale del tessuto tumorale da campioni di tessuto non colorati per ottenere un tessuto tumorale specifico. La sezione di tessuto può essere ulteriormente elaborata per ottenere il DNA per studi sull'intero genoma sui tumori gastrointestinali.

Protocollo

1. Raschiare le diapositive

1. Preparare il tampone di digestione/lisi con 650 mL di acqua trattata con dietilpirocarbonato (DEPC), 100 mL di acido etilendiamminotetraacetico (EDTA), 50 ml di Tris cloridrato (Tris-HCL) 2 M pH 8,8 e 200 mL di dodecil solfato di sodio al 10% (SDS) (vedere la Tabella dei materiali).
2. Riempire una provetta in polipropilene monouso da 1,5 mL con 80 μL di tampone per digestione/lisi (vedere la Tabella dei materiali).
3. Inserire un puntale della pipetta pulito nel tampone.
4. Identificare i tessuti tumorali dell'area tumorale più adatta alla macrodissezione in base alla sezione colorata con H&E appropriata.
5. Macrodissezionare il tessuto tumorale in base alla sezione contrassegnata con H&E.
   1. Prendi una lama di rasoio pulita e raschia delicatamente il tessuto tumorale dal vetrino, cercando di tenerlo tutto d'un pezzo in modo che sia più facile da lavorare.
   2. Estrarre il puntale della pipetta da una provetta monouso in polipropilene contenente tampone e utilizzarlo per trasferire il tessuto rottamato nel flaconcino del tampone (vedere Tabella dei materiali).
      NOTA: La punta bagnata dovrebbe attirare il tessuto, il che facilita il trasferimento.
6. Ripeti il passaggio 1.5 con il resto delle diapositive.
7. Dopo che tutto il fazzoletto è nel tubo di polipropilene monouso, usa la punta per assicurarti che il fazzoletto sia completamente immerso e non sia attaccato alla parete del tubo.
8. Aggiungere 20 μl di una serina proteasi correlata alla subtilisina al flaconcino e mescolare delicatamente (vedere la Tabella dei materiali).
9. Immergere il flaconcino in un blocco termico a 55 °C per almeno 4 ore o durante la notte. Assicurati di vorticare leggermente dopo 2 ore.

Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo

Nome	Azienda	Numero di catalogo	Commenti
10% di sodio dodecil solfato (SDS)	Qualità Biologica	351-032-721 EA
Acqua trattata con DEPC	Qualità Biologica	351-068-131
Acido etilendiamminotetraacetico (EDTA)	Corning	46-034-CL
Tris cloridrato (Tris-HCL) 2 M pH 8,8	Qualità Biologica	351-092-101
proteinasi K	Biolaboratori del New England	P8107S
Tubo monouso in polipropilene (Eppendorf)	Eppendorf	24533495