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Articolo metodologico

Ibridazione con sonda e amplificazione del segnale nell'ibridazione in situ dell'RNA: una tecnica per rilevare specifiche sequenze di RNA in sezioni di tessuto

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30 aprile 2023

In questo articolo

Abstract

Fonte: Outh-Gauer, S. et al. Ibridazione cromogenica in situ come strumento per la diagnosi del cancro della testa e del collo correlato all'HPV. J. Vis. Exp. (2019)

Questo video descrive una strategia di ibridazione sequenziale che prevede l'ibridazione di sonde di mRNA su mRNA target specifici. Dopo l'ibridazione della sonda, viene eseguita l'amplificazione del segnale per migliorare la risoluzione attraverso la riduzione del rapporto segnale/rumore durante l'RNA-CISH dei campioni istologici.

Protocollo

Tutte le procedure che coinvolgono partecipanti umani sono state eseguite in conformità con le linee guida istituzionali, nazionali e internazionali per il benessere umano e sono state esaminate dal comitato di revisione istituzionale locale.

1. Esecuzione del test

NOTA: Non lasciare che le sezioni si asciughino tra le fasi di incubazione.

  1. Ibridazione della sonda HPV
    NOTA: Assicurarsi che le sonde siano preriscaldate per sciogliere eventuali precipitazioni prima dell'uso. Per questa fase, al posto della sonda HPV, può essere utilizzata anche la peptidil-prolil isomerasi B (PPIB) per il controllo positivo o la diidrodipicolinato reduttasi (DAPB) per il controllo negativo (vedere la Tabella dei materiali).
    1. Toccare e/o scorrere i vetrini per rimuovere il liquido in eccesso e posizionarli nel rack dei vetrini. Aggiungere ~4 gocce di sonda HPV per coprire completamente ogni sezione.
    2. Coprite la teglia con un coperchio e inseritela nel forno per 2 h a 40 °C.
      NOTA: Per evitare l'evaporazione, assicurarsi che la manopola sia completamente ruotata in posizione di blocco.
    3. Togliere la teglia dal forno e rimuovere la griglia scorrevole.
    4. Un vetrino alla volta, rimuovere rapidamente il liquido in eccesso e posizionare il vetrino in un rack per vetrini immerso in una piastra per la colorazione riempita con 1x tampone di lavaggio.
    5. Lavare i vetrini in 1 tampone di lavaggio per 2 minuti a temperatura ambiente agitando costantemente. Ripetere l'operazione con 1 tampone di lavaggio fresco.
  2. Ibridazione di AMP1, AMP2, AMP3 e AMP4
    NOTA: Questi passaggi includono l'ibridazione nel forno di ibridazione e AMP1–AMP4 dal kit acquistato (vedere la Tabella dei materiali).
    1. Toccare e/o scorrere per rimuovere il liquido in eccesso dai vetrini e posizionarli nel rack per vetrini. Aggiungi ~4 gocce di AMP1 per coprire completamente ogni sezione.
    2. Coprite la teglia con un coperchio e inseritela nel forno per 30 minuti a 40 °C.
    3. Togliere la teglia dal forno e rimuovere la griglia scorrevole.
    4. Un vetrino alla volta, rimuovere rapidamente il liquido in eccesso e posizionare il vetrino in un rack per vetrini immerso in una piastra per la colorazione riempita con 1x tampone di lavaggio.
    5. Lavare i vetrini in 1 tampone di lavaggio per 2 minuti a temperatura ambiente agitando costantemente. Ripetere l'operazione con 1 tampone di lavaggio fresco.
    6. Ripetere i passaggi 1.2.1–1.2.5, ma utilizzare ~4 gocce di AMP2 invece di AMP1 e incubare per 15 minuti a 40 °C. Lavare i vetrini 2 volte per 2 minuti, entrambe le volte in tampone di lavaggio fresco.
    7. Ripetere i passaggi 1.2.1–1.2.5, ma utilizzare ~4 gocce di AMP3 invece di AMP1 e incubare per 30 minuti a 40 °C. Lavare i vetrini 2 volte per 2 minuti, entrambe le volte in tampone di lavaggio fresco.
    8. Ripetere i passaggi da 1.2.1 a 1.2.5, ma utilizzare ~4 gocce di AMP4 invece di AMP1 e incubare per 15 minuti a 40 °C. Lavare i vetrini 2 volte per 2 minuti, entrambe le volte in tampone di lavaggio fresco.
  3. Ibridazione di AMP5 e AMP6
    NOTA: Questi passaggi non includono l'ibridazione in forno ma l'ibridazione a temperatura ambiente. AMP5 e AMP6 provengono dal kit acquistato (vedi Tabella dei Materiali).
    1. Toccare e/o scorrere i vetrini per rimuovere il liquido in eccesso e posizionarli nel rack dei vetrini. Aggiungi ~4 gocce di AMP5 per coprire completamente ogni sezione.
    2. Coprire la teglia con un coperchio e incubare per 30 minuti a temperatura ambiente.
    3. Un vetrino alla volta, rimuovere rapidamente il liquido in eccesso e posizionarlo in una griglia per vetrini immersa in una vaschetta per colorare riempita con 1x tampone di lavaggio.
    4. Lavare i vetrini in 1 tampone di lavaggio per 2 minuti a temperatura ambiente agitando costantemente. Ripetere l'operazione con 1 tampone di lavaggio fresco.
    5. Ripetere i passaggi 1.3.1–1.3.4, ma utilizzare ~4 gocce di AMP6 invece di AMP5 e incubare per 15 minuti a temperatura ambiente. Lavare i vetrini 2 volte per 2 minuti, entrambe le volte in tampone di lavaggio fresco.

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Dichiarazioni

Nessun conflitto di interessi dichiarato.

Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo
NomeAziendaNumero di catalogoCommenti
Forno HybEZ (110v) Diagnostica cellulare avanzata Inc. Codice 321710
Scaffale per vetrini HybEZ Diagnostica cellulare avanzata Inc. 300104
Reagenti di rilevamento RNAscope 2.5 HD-BROWNDiagnostica cellulare avanzata Inc.Codice 322310Questo kit include i reagenti di amplificazione AMP1, AMP2, AMP3, AMP4, AMP5 e AMP6 e i reagenti di rilevamento DAB-A e DAB-B
Sonda di controllo negativo RNAscope 3-plex Diagnostica cellulare avanzata Inc.320871DAPB
Sonda a controllo positivo RNAscope 3-plex Diagnostica cellulare avanzata Inc.320861PPIB
Sonda RNAscope - HPV16/18 Diagnostica cellulare avanzata Inc.311121
Reagenti tampone per lavaggio RNAscopeDiagnostica cellulare avanzata Inc.310091Tampone di lavaggio 50X x4

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Sonde a RNA a forma di Zsoluzione di pre amplificazionemiscela di reagenti per l amplificazionetampone di ibridazionesoluzione di lavaggioanalisi di sezioni tissutalirilevamento della sonda HPV