Una tecnologia di microarray peptidici per la profilazione della specificità degli anticorpi

Abstract

Fonte: Cornett, E. M., et al. Analisi della specificità degli anticorpi istonici con microarray di peptidi. J. Vis. Exp. (2017).

Questo video mostra una tecnica che applica la tecnologia dei microarray di peptidi per profilare la specificità degli anticorpi che riconoscono le modifiche post-traduzionali (PTM) sui peptidi istonici. Un vetrino di microarray contenente peptidi istonici immobilizzati coniugati con fluorofori con combinazioni note di PTM viene trattato con anticorpi specifici per PTM target. Questo processo aiuta a identificare la specificità dell'anticorpo per il bersaglio e la sua potenziale reattività crociata con PTM non bersaglio.

Protocol

1. Progettare il layout della diapositiva dell'array e della piastra sorgente

1. Sotto l'intestazione "Pianifica un layout di diapositiva" nell'interfaccia di ArrayNinja, fai clic sul collegamento che corrisponde alla stampante di microarray in uso.
   nota: ArrayNinja è stato programmato per imitare il movimento robotico di due stampanti microarray di uso comune (vedi Tabella 1). La compatibilità con gli altri arrayer può essere configurata su richiesta.
2. Fare clic all'interno della finestra di dialogo "Carica piastra", digitare "vuoto" e fare clic su "invio". Vedere la Figura 1 p....

Results

Figura 1: Modulo di progettazione ArrayNinja. Nella linea tratteggiata viene visualizzata una schermata del modulo di progettazione ArrayNinja. Il pannello di controllo (in alto) mostra tutti i parametri che possono essere modificati sulla stampante per microarray. Man mano che questi parametri vengono regolati, l'immagine del cartone animato del layout della diapositiva (in basso a sinistra) si aggi.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Buffer di stampa	ArrayIt	Ppb
Bsa	Omnipuro	Codice: 2390
Vetrini per microscopio in vetro rivestiti di streptavidina	Greiner Bio-one	Codice 439003-25
in polipropilene a 384 pozzetti	Greiner Bio-one	784201
Biotina-fluoresceina	sigma	Codice: 53608
Stampante Microarray a contatto	Aushon	2470	Stampante per microarray Aushon 2470
Stampante Microarray a contatto	Macchine genetiche	OmniGrid 100	Stampante per microarray OmniGrid
Pbs	Invitrogen	Codice: 14190
Buffer di blocco	ArrayIt	FFS
Penna in cera idrofobica	Laboratori vettoriali	H-4000	Penna PAP con barriera idrofobica ImmEdge
Guarnizione in silicone	Bio-laboratori Grace	622511
Recipiente di ibridazione	Termo Scientifico	267061	o nave simile
Anticorpo secondario coniugato con colorante fluorescente	Tecnologie per la vita	A-21244	Alexa Fluor 647 (anti-coniglio)
Anticorpo secondario coniugato con colorante fluorescente	Tecnologie per la vita	Codice A-21235	Alexa Fluor 647 (anti-mouse)
Stampante per cera	ArrayIt	MSI48
Interpolazione-20	Omnipuro	Codice: 9490
Scanner per microarray	Innocusi	InnoScan 1100AL	o scanner microarray equivalente
Microarray di peptidi istonici EipTitan	Epicipe	112001
AbSurance Pro Microarray di peptidi istonici	Millipore	Codice: 16668
Matrice di peptidi istonici MODificata	Motivo attivo	Codice: 13001
Microarray di peptidi con codice istonico	JPT	His_MA_01
cera	Quercia Reale	GulfWax	per impastatrice di cera
Camera di ibridazione a vetrino per microarray umidificata	VWR	97000-284
Camera di lavaggio vetrini per microscopio ad alta produttività	ArrayIt	HTW
Centrifuga per vetrini per microscopio	VWR	93000-204
Anticorpo 1	Abcam	Codice: 8898
Anticorpo 2	Millipore	07-473
Peptide istonico biotinilato	Epicifrario	12-2001	Esempio peptide. Peptidi simili con varie modifiche sono disponibili da diverse fonti commerciali.
ImageMagick			https://www.imagemagick.org/script/index.php
ArrayNinja			https://rothbartlab.vai.org/tools/