Come piattaforme tecnologiche, approcci come il sequenziamento di nuova generazione, il microarray e la qRT-PCR hanno un grande potenziale per ampliare la nostra comprensione dell'ampia regolazione molecolare. Approcci più recenti, come il sequenziamento dell'RNA ad alta risoluzione (RNA-Seq)1, forniscono informazioni nuove ed estese sull'espressione specifica di tessuto o di stato, quali i livelli relativi dei trascritti, lo splicing alternativo e i microRNA2-4. Le prospettive di applicazione del metodo RNA-Seq nel confronto del profilo dell'intero trascrittoma5 all'interno di tessuti distinti o tra gruppi di individui fenotipicamente diversi offrono nuove vie per chiarire i meccanismi molecolari coinvolti negli stati fisiologici sia normali che anomali. Recentemente, il profilo dell'intero trascrittoma è stato effettuato su tessuto cerebrale umano, identificando differenze nell'espressione genica associate al decorso della malattia6. Tuttavia, l'uso del sequenziamento di nuova generazione non è ancora stato ampiamente integrato negli studi su mammiferi.
Studi sull'espressione genica in modelli murini hanno riportato profili distinti all'interno di vari nuclei cerebrali, utilizzando la microscopia a cattura laser (LCM) per l'escissione del campione7,8. Sebbene la LCM consenta la raccolta di campioni con precisione a livello di singola cellula e di regioni cerebrali discrete, i rendimenti relativamente bassi di RNA totale ottenuti con questo approccio possono rappresentare un ostacolo per l'RNA-Seq e altre tecniche di profilazione nei tessuti cerebrali murini, richiedendo talvolta passaggi di amplificazione del campione subottimali. In questo lavoro viene presentato un protocollo per la microdissezione ed estrazione di RNA totale da regioni cerebrali murine discrete. Vengono utilizzati corer tissutali di diametro prefissato per isolare 13 tessuti da sezioni coronali seriali da 750 μm di un singolo cervello murino. I campioni ottenuti mediante microprelievo tissutale vengono immediatamente congelati e archiviati. L'RNA totale viene ottenuto dai campioni mediante tecnologia di isolamento di RNA totale basata su microsfere magnetiche. Gli RNA risultanti presentano resa e qualità adeguate per l'utilizzo in analisi di profilazione dell'espressione genica successive. Questa strategia di microdissezione rappresenta un'opzione praticabile rispetto alle attuali metodiche di raccolta dei campioni per ottenere RNA totale da regioni cerebrali discrete, aprendo nuove possibilità per scoperte nell'espressione genica.