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1. Immunofluorescenza
Il seguente protocollo è eseguita su criosezioni cerebrali coronali ottenuti da topi transcardially perfusi (20 ml di PBS, 0,1 mol / l, pH 7,4, seguita da 50 ml di paraformaldeide refrigerate 4% in PBS). Dopo perfusione, i cervelli sono accuratamente rimossi e trasferiti al 30% di saccarosio in PBS a 4 ° C per una notte per crioprotezione. I cervelli sono poi rapidamente congelati per immersione in isopentano a - 45 ° C per 3 minuti prima di essere sigillato in fiale e conservato a -70 ° C fino all'utilizzo. Criosezioni cerebrali coronali (20 micron) sono tagliati in serie e sottoposti a protocollo immunofluorescenza 11, 6.
Portare tutti i reagenti ed i campioni a temperatura ambiente prima dell'uso. Si prega di notare che le diluizioni di lavoro presentati di anticorpi e siero risultato di studi effettuati al fine di ottenere le migliori prestazioni. Quando vengono utilizzati diversi anticorpi e siero, il protocollo deve essere convalidato.
Nota che, poiché gli anticorpi primari sia anti-CD11b e anti-CD68 sono realizzati nel ratto, per evitare segnale cross dalla destra anti-ratto Alexa 546, abbiamo usato una elevata diluizione di anti-CD11b seguita da amplificazione del segnale fluorescente con kit TSA (Cy5 Tyramide). Abbiamo istituito la diluizione di lavoro ottimale per anti-CD11b eseguendo il protocollo descritto tranne passo 1.17 e utilizzando almeno 7 diverse diluizioni di anti-CD11b come riportato in tabella 1. Come risultato, 1:30.000 è stata scelta essendo l'unico diluizione conseguire: 1) segnale visibile con Cy5 alla lunghezza d'onda di eccitazione 646 nm, 2) nessun segnale con Alexa 546 a lunghezza d'onda di eccitazione 532 nm. In questo modo, il segnale fluorescente Alexa 546 è selettivamente associata con l'espressione di CD68.
Le diluizioni ottimali per anti-CD11b e anticorpi anti-CD68 possono variare a seconda del tipo di tessuto e devono essere definiti prima di iniziare il protocollo co-etichettatura.
- Lavare criosezioni cervello due volte con PBS.
- Incriosezioni cubate per 5 min in PBS contenente 1% H 2 O 2 (passo richiesto, poiché l'amplificazione fluorescente bisogno incubazione con perossidasi di rafano, streptavidina-HRP, vedere il passo 1.12).
- Criosezioni Lavare 2x con PBS.
- Incubare criosezioni per 60 min in PBS contenente il 10% NGS e 0,3% Triton.
- Incubare criosezioni a 4 ° C per una notte in PBS contenente primario Ab Rat anti-CD11b [1:30.000], il 10% NGS e 0,3% Triton.
- Lavare criosezioni 2x (5 min) con PBS.
- Incubare criosezioni per 60 min in PBS contenente biotinilato secondario anti-Rat Ab [1:200] e 1% NGS.
- Criosezioni Lavare 2x con PBS.
- Lavare criosezioni con TNT (Tris-HCl, NaCl, Tween: 0,1 M Tris-HCl, pH 7,4, 0,15 M NaCl, 0,05% Tween 20).
- Incubare criosezioni per 1,5 ore a TNB (tampone Tris-HCl-NaCl-Blocking: 0.1 M TRIS-HCl, pH 7.4, 0.15 M NaCl, 0,5% Blocco reagente da apposito kit (vedi tabella dei reagenti)).
- Wash criosezioni 3x volte con TNT.
- Incubare criosezioni in TNB contenente streptavidina-HRP [1:100].
- Criosezioni Lavare 3x con TNT.
- Incubare criosezioni per 8 minuti in Amplification diluente contenente Cyanine 5 Tyramide [1:300].
- Criosezioni Lavare 3x con PBS.
- Incubare criosezioni per 60 min in PBS contenente il 10% NGS e 0,1% Triton.
- Incubare criosezioni a 4 ° C per una notte in PBS contenente primario Ab Rat anti-CD68 [1:200], 3% NGS e 0,3% Triton.
- Criosezioni Lavare 3x con PBS.
- Incubare criosezioni per 60 min in PBS contenente fluorconjugated secondario Ab Alexa 546 anti-Rat [1:500] e 1% NGS.
- Criosezioni Lavare 3x con PBS.
- Incubare criosezioni per 10 min in PBS contenente Hoechst 1 ug / ml.
- Criosezioni Lavare 3x con PBS.
- Montare criosezioni in Prolungare oro.
2. Acquisizione di immagini tridimensionali per Microscopia confocale
Il microscopio utilizzato qui è stato un microscopio IX81 dotato di FV500 confocale unità di scansione con 3 linee laser: Ar-KR (488nm), He-Ne rosso (646nm), e He-Ne verde (532nm) e un diodo UV.
- Selezionare i laser di eccitazione a seconda delle lunghezze d'onda dei coloranti fluorescenti per essere entusiasti (He-Ne rosso per Cy5, CD11b, He-Ne verde per Alexa546, CD68 e il diodo UV per la Hoechst, nuclei).
- Selezionare la migliore combinazione specchio dicroico per la raccolta segnale luminoso.
- Impostare la risoluzione delle immagini ad un minimo di 800 x 600 pixel.
- Individuare una zona di interesse utilizzando epi-fluorescenza e progressivamente aumentare l'ingrandimento con l'obiettivo 40X.
- Passare a Laser Scanning Microscopy (LSM) modalità.
- Eseguire scansioni ripetitive per regolare il fotomoltiplicatore (PMT) e il guadagno per ogni canale. I laser possono essere attivati individualmente per facilitare il set up. Mantenere guadagno più basso possibile per evitare segnali non specifici indesiderati.
- Con repetitivo scansione in esecuzione, spostare il controllo del fuoco per definire gli estremi inferiore e superiore della z (lunghezza totale asse z = 10 micron).
- Smettere di scansione ripetitiva.
- Definire passo. Dovrebbe essere il più vicino possibile alla dimensione dei pixel (0,225 micron) per ottenere un rapporto 1:1 formato standard sopra l'asse z.
- Attivare filtro di Kalman almeno 2 volte.
- Attivare la modalità di scansione sequenziale per evitare effetti sanguinare-through.
- Vai a metà strada lungo l'asse z ed eseguire una scansione sequenziale xy. Controllare il set-up di PMT e di guadagno (buon rapporto segnale / rumore). Se non è soddisfacente, ripetere il punto 2.6.
- Eseguire acquisizione xyz.
- Esportare dati come file multitiff. Ogni file multitiff genere contiene tre canali di colore (blu, verde e rosso) e 44 piani focali.
3. Tridimensionale Vista Acquisizioni confocale e rendering tridimensionale
Caricare file multitiff al software Imaris ed elaborarli come segue:
- Software Open.
- Selezionare la vista sorpassare.
- Caricare il file multitiff.
- Selezionare il colore desiderato per ogni canale.
- Rimuovere il rumore di fondo da aumentando il valore minimo sul pannello di regolazione del display. Regolare singolarmente ciascun canale.
- Vai alla vista di sezione. Muovetevi lungo l'asse z in cerca di co-localizzazione (pixel giallo).
- Istruzioni su un'area gialla per vedere se la colocalizzazione è presente lungo l'asse z (cioè appartiene ad un oggetto solido). Proiezioni asse Z sono visibili nella parte destra e inferiore della figura.
- Prendete uno snapshot.
- Torna a superare vista.
- Raccolto 3D per isolare una cella o un gruppo di celle.
- Selezionare un canale sul pannello di regolazione del display.
- Selezionare la sorpassare / superfici algoritmo costruttore. Passi algoritmo:
- Selezionare il canale.
- Definire soglia (utilizzare lo stesso valore minimo in tegli visualizzare pannello di regolazione).
- Definire ridimensionamento.
- Definire smoothing (migliore = 0,200).
- Definire l'aspetto del colore.
- Fine algoritmo.
- Ripetere passo 3.12 per ogni canale.
- Deselezionare i canali di fluorescenza sul pannello di regolazione del display e selezionare tutte le tre superfici.
- Spostare il volume di trovare la migliore vista.
- Prendete uno snapshot.