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Imaging multicolore simultaneo di strutture biologiche con microscopia di localizzazione con fotoattivazione a fluorescenza

DOI:

10.3791/50680

December 9th, 2013

In This Article

Summary

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Dimostriamo l'uso della microscopia di localizzazione per fotoattivazione a fluorescenza (FPALM) per visualizzare simultaneamente più tipi di molecole marcate in fluorescenza all'interno delle cellule. Le tecniche descritte producono la localizzazione di migliaia o centinaia di migliaia di singole proteine marcate con fluorescenza, con una precisione di decine di nanometri all'interno di singole cellule.

Abstract

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La microscopia a super risoluzione basata sulla localizzazione può essere applicata per ottenere una mappa spaziale (immagine) della distribuzione di singole molecole marcate in fluorescenza all'interno di un campione con una risoluzione spaziale di decine di nanometri. Utilizzando proteine fluorescenti fotoattivabili (PAFP) o fotocommutabili (PSFP) fuse a proteine di interesse, o coloranti organici coniugati ad anticorpi o altre molecole di interesse, la microscopia di localizzazione della fotoattivazione della fluorescenza (FPALM) può visualizzare simultaneamente più specie di molecole all'interno di singole cellule. Utilizzando il seguente approccio, popolazioni di grandi numeri (da migliaia a centinaia di migliaia) di singole molecole vengono visualizzate in singole cellule e localizzate con una precisione di ~10-30 nm. I dati ottenuti possono essere applicati alla comprensione delle distribuzioni spaziali su scala nanometrica di più tipi di proteine all'interno di una cellula. Uno dei principali vantaggi di questa tecnica è il notevole aumento della risoluzione spaziale: mentre la diffrazione limita la risoluzione a ~200-250 nm nella microscopia ottica convenzionale, FPALM può visualizzare scale di lunghezza più piccole di un ordine di grandezza. Poiché molte ipotesi biologiche riguardano le relazioni spaziali tra diverse biomolecole, la migliore risoluzione di FPALM può fornire informazioni su questioni di organizzazione cellulare che in precedenza erano inaccessibili alla microscopia a fluorescenza convenzionale. Oltre a descrivere in dettaglio i metodi per la preparazione del campione e l'acquisizione dei dati, descriviamo qui la configurazione ottica per FPALM. Un'ulteriore considerazione per i ricercatori che desiderano eseguire la microscopia a super-risoluzione è il costo: le configurazioni interne sono significativamente più economiche della maggior parte delle macchine di imaging disponibili in commercio. I limiti di questa tecnica includono la necessità di ottimizzare l'etichettatura delle molecole di interesse all'interno dei campioni cellulari e la necessità di software di post-elaborazione per visualizzare i risultati. Descriviamo qui l'uso di PAFP e dell'espressione di PSFP per visualizzare due specie proteiche in cellule fissate. Viene anche descritta l'estensione della tecnica alle cellule viventi.

Introduction

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Sebbene esistano strutture cellulari su un'ampia gamma di scale spaziali, l'imaging a fluorescenza dell'organizzazione cellulare su scale di lunghezza inferiori a ~250 nm è limitato nella microscopia convenzionale a causa del vincolo fisico del limite di diffrazione. Questo limite è stato superato con l'avvento della microscopia di localizzazione per fotoattivazione a fluorescenza (FPALM1) e tecniche simili2,3, in grado di localizzare un gran numero di singole molecole con precisione di ~10 nm, per generare immagini con risoluzione di poche decine di nanometri. FPALM si basa sull'utilizzo del controllo ottico per attivare e inattivare sottoinsiem....

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Protocol

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Nota: una rappresentazione schematica dei componenti ottici a cui si fa riferimento in questo protocollo può essere trovata nella Figura 1.

1. Preparazione del Campione di Cellule

  1. Piastre di celle a una densità ottimizzata (per le celle NIH-3T3, questa è di circa 2-5 x 104 cellule/cm2) in pozzetti di una camera a 8 pozzetti. Le cellule devono essere piastrate in terreni completi e adeguati al tipo di cellula, anche se i terreni devono essere prodotti senza antibiotici e senza rosso fenolo, che contribuisce alla fluorescenza di fondo. Si noti che le condizioni per la sperimentazione cellular....

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Results

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L'emoagglutinina dell'influenza (HA) forma cluster dell'ordine di decine di nanometri a micrometri, e questi cluster colocalizzano in modo variabile con l'actina (Figura 5). Queste distribuzioni spaziali corroborano l'imaging su scala più grossolana di queste due proteine28 e la dipendenza delle distribuzioni spaziali HA dall'actina19. Le immagini FPALM multicolore possono essere ulteriormente utilizzate per descrivere la densità, l'area e il perimetro di questi cluster e il grado d.......

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Discussion

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L'imaging a super-risoluzione basato sulla localizzazione offre molte potenti funzionalità per l'imaging biologico. Il percorso dai singoli componenti ottici posizionati sul tavolo a un microscopio funzionale a super-risoluzione in grado di visualizzare simultaneamente più specie fluorescenti in un campione biologico presenta una serie di sfide. Alcuni aspetti dell'allineamento sono più critici di altri; Di seguito ci sforziamo di fornire una guida ai potenziali utenti che affrontano gli aspetti più difficili del percors.......

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Disclosures

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S.T.H. e M.J.M. detengono brevetti nel campo della microscopia a super-risoluzione. S.T.H. fa parte del comitato consultivo scientifico di Vutara, Inc.

Acknowledgements

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Gli autori desiderano ringraziare Philip Andresen, Matthew Parent e Sean Carter per la programmazione informatica, l'assistenza tecnica e le utili conversazioni e Pat Byard per l'assistenza amministrativa. Questo lavoro è stato finanziato dal NIH Career Award K25-AI65459, NIH R15 GM094713, NSF MRI CHE-0722759, Maine Technology Institute MTAF 1106 e 2061 e dal Maine Economic Improvement Fund.

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
Camere LabTek IINunc
Perline fluorescentiInvitrogenF-8801Perline per calibrazione
Perline TetraspeckInvitrogenT-7279Perline a quattro colori per la calibrazione
Olio da immersione per obiettivoZeiss518FOlio da immersione per obiettivo ad alta NA (a seconda della scelta dell'obiettivo)
Acqua HPLCFisher ScientificW5-4
MediaATCC30-2003O Cellgro 10-090
AntibioticiGIBCO15070-063
sieroThermo ScientificSH30087.03
LipofectamineInvitrogen52887
Optimem IGIBCO11058-021
TripsinaMPBiomedicals
paraformaldeideFisher ScientificAA433689MATTENZIONE: Tossico
1689149

References

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  1. Hess, S. T., Girirajan, T. P., Mason, M. D. Ultra-high resolution imaging by fluorescence photoactivation localization microscopy. Biophys. J. 91, 4258-4272 (2006).
  2. Rust, M. J., Bates, M., Zhuang, X. Sub-diffraction-limit imaging by stochastic Opt.....

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