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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Viene descritto un metodo basato su proteine fluorescenti su cellule vive per illuminare i vacuoli cellulari (inclusioni) contenenti clamidia. Questa strategia consente una determinazione rapida e automatizzata dell'infettività della clamidia nei campioni e può essere utilizzata per studiare quantitativamente le dinamiche di crescita delle inclusioni.
Il batterio intracellulare obbligato Chlamydia provoca un grande onere per la salute pubblica globale. C. trachomatis è la principale causa batterica di infezioni sessualmente trasmissibili e anche la principale causa di cecità prevenibile nel mondo. Un fattore determinante per il successo dell'infezione delle cellule ospiti da parte della clamidia è la capacità del batterio di manipolare la segnalazione delle cellule ospiti dall'interno di un nuovo compartimento vacuolare chiamato inclusione. Dall'interno dell'inclusione, i clamidia acquisiscono i nutrienti necessari per la loro crescita evolutiva di 2-3 giorni e secernono inoltre un pannello di proteine effettrici sulla faccia citosolica della membrana del vacuolo e nel citosol ospite. Le lacune nella nostra comprensione della biologia della clamidia, tuttavia, presentano sfide significative per la visualizzazione e l'analisi di questo compartimento intracellulare. Recentemente, è stata descritta una strategia di imaging inverso per visualizzare l'inclusione utilizzando cellule ospiti che esprimono GFP. Questo approccio sfrutta razionalmente l'impermeabilità intrinseca della membrana di inclusione a molecole di grandi dimensioni come la GFP. In questo lavoro, descriviamo come vengono generate cellule ospiti che esprimono GFP o mCherry per la successiva visualizzazione delle inclusioni di clamidia. Inoltre, questo metodo ha dimostrato di sostituire efficacemente i costosi metodi di enumerazione basati su anticorpi, può essere utilizzato in tandem con altre marcature fluorescenti, come la clamidia che esprime GFP, e può essere sfruttato per ricavare dati quantitativi chiave sulla crescita della membrana di inclusione da una serie di specie e ceppi di Chlamydia.
Le malattie infettive causate da specie del batterio Chlamydia intracellulare suscitare un peso importante sulla salute globale, tra cui malattia sessualmente trasmessa, malattia infiammatoria pelvica, la cecità, la polmonite e, eventualmente, l'aterosclerosi 1-4. La capacità di Chlamydia di interagire con la cellula ospite, all'interno di un vacuolo (chiamato l'inclusione), è un fattore determinante per il loro successo infezione delle cellule e l'host. L'inclusione è un compartimento patogeno romanzo che permette la crescita da Chlamydia e viene modificato dinamicamente durante l'intero ciclo di sviluppo di 2-3 giorni di Chlamydia 5. La natura obbligato intracellulare di chlamydiae presenta numerose sfide per la comunità di ricerca, in particolare per lo studio della biologia direttamente unico dell'inclusione. Un importante ostacolo è stata l'impossibilità di visualizzare in modo efficiente o Chlamydia intracellulare o la loro inclusione con approccio fluorescentees nelle cellule viventi. Una recente scoperta ha finalmente rivelato i mezzi per generare GFP che esprimono C. trachomatis 6; tuttavia, questo risultato non ha ancora portato a un'etichettatura specifica dell'inclusione. Alcune tecniche sono state descritte per l'etichettatura di batteri e inclusioni 7,8, ma soffrono di carenze quali la non specificità, transitorietà e la suscettibilità alle photobleaching. Una scoperta fondamentale per il nostro gruppo ha stabilito una nuova strategia per illuminare l'inclusione mediante GFP che esprimono cellule ospiti 9. Questa strategia sfrutta razionalmente l'impermeabilità intrinseca della membrana inclusione di molecole maggiore di 520 Da 10. Quando le cellule sono progettati per esprimere stabilmente una particolare proteina fluorescente citosolica (ad esempio, GFP o mCherry), inclusioni Chlamydia sono visibili con notevole chiarezza la loro completa esclusione di fluorescenza. Questa strategia di imaging inversa permette la visualizzazione immediata di inclusioni per tutti Chlspecie amydia e può essere facilmente adattato per la maggior parte delle cellule ospiti d'interesse. A dimostrazione della sua utilità, questo metodo è stato utilizzato in precedenza per rivelare e definire le vie di uscita per Chlamydia spp cellulari 9.
Qui, abbiamo ulteriormente dimostra come si esegue questo metodo, e può essere sfruttata per ricavare dati quantitativi chiave su dinamiche di crescita inclusione. Inoltre, si può effettivamente sostituire costosi metodi di enumerazione base di anticorpi e può essere utilizzato in tandem con altre etichette fluorescenti, come mKate2 esprimono Chlamydia 11. Questa potente combinazione di strumenti consente l'esplorazione delle proprietà fisiche della membrana inclusione chlamydial all'interno delle cellule ospiti vivente.
1. Generazione di linee cellulari Host fluorescente
2. Generazione di GFP che esprimono Chlamydia trachomatis
3. infettare le cellule con Chlamydia
4. Visualizzazione cellulare dal vivo di Chlamydia Inclusioni
5. La quantificazione dei parametri di crescita di inclusione in cellule vive
Le cellule di mammiferi che esprimono proteine fluorescenti citosoliche (ad esempio, GFP) possono essere progettati per consentire l'illuminazione di inclusioni Chlamydia nelle colture cellulari, vivi infetti. Al momento l'infezione da Chlamydia, inclusioni sono facilmente visibili come macchie nere nelle cellule ospiti (Figura 1). La chiarezza di inclusioni-fluorescenza carente può essere sfruttata per l'identificazione automatizzata di inclusioni in numerosi campi di vista e / o trattamenti (Figura 1). Una volta che sono state generate cellule ospiti fluorescenti, un nuovo e potente flusso di lavoro è attivato per una rapida, analisi quantitativa dei livelli di infezione da Chlamydia nei campioni sperimentali. Un'applicazione importante è la determinazione della Chlamydia inclusione unità formanti (IFU) in cellule vivi infetti (Figura 2). Questa strategia sperimentale evita la necessità di procedure di immunofluorescenza che vengono abitualmente utilizzati nel settore, che sono sia in termini di tempo ecostosa.
Un'altra caratteristica fondamentale dell'approccio di imaging descritto è che può essere facilmente applicato a qualsiasi specie Chlamydia o ceppo, e, inoltre, può essere sfruttato per la derivazione di importanti caratteristiche biologiche di inclusioni clamidia. Come esempio, un tempo di analisi corso di cellule GFP-HeLa infettate con C. trachomatis LGV sierotipo L2, C. trachomatis sierotipo D, C. muridarum, e C. pneumoniae è stata eseguita a 16, 24, e 48 HPI (Figura 3). Per ciascuna di queste specie e ceppi Chlamydia, inclusioni sono stati segnalati e analizzati per calcolare la loro posizione media, il perimetro di lunghezza, e per cellula, a volte indicato (Figura 4). Questi attributi forniscono importanti informazioni sulla biologia delle inclusioni clamidiali e informare come interagiscono con la cellula ospite. Il metodo descritto fornisce un approccio facile per questo tipo di informazione in modo che su rpasses ciò che può essere realizzato con altre tecniche sperimentali. Un programma di utilità finale della strategia di etichettatura inversa è in tempo reale di immagini di inclusioni Chlamydia nelle cellule viventi. Un esempio di questo è mostrato in Film 1.

Figura 1. automatizzata rilevamento di C. inclusioni trachomatis. cellule (A) GFP-HeLa sono state infettate con (B) mKate2 esprimono C. trachomatis L2 e ripreso dal vivo in 24 HPI. Un algoritmo basato su software di imaging è stato usato per identificare automaticamente le inclusioni clamidia da (C) selezionando buchi neri in cellule GFP-HeLa, segnate in arancione. È anche mostrato (D) una immagine composita di cellule infette da pannelli A e B. Barra della scala = 20 micron. .jove.com / files / ftp_upload / 51131 / 51131fig1large.jpg "target =" _ blank "> Clicca qui per vedere una versione più grande di questa figura.

Figura 2. La determinazione quantitativa di Chlamydia unità di inclusione formatura (IFU) in GFP-HeLa cellule. Le cellule GFP-HeLa sono state infettate con C. trachomatis L2 a due diverse molteplicità di infezione e ripreso a 24 HPI. Inclusioni per 10 campi per l'infezione sono stati rilevati e enumerati utilizzando software automatici ed i risultati sono riportati (n = 3). Le barre di errore rappresentano l'errore standard della media. Cliccate qui per vedere una versione più grande di questa figura.
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Figura 3. Naturalmente il tempo di C. trachomatis sierotipo L2, C. trachomatis sierotipo D, C. muridarum, e C. pneumoniae infezione in cellule GFP-HeLa. cellule GFP-HeLa sono state infettate con C. trachomatis LGV sierotipo L2 e ripreso al microscopio a fluorescenza dal vivo al (A) 16 HPI, (B) 24 HPI, e (C) 48 HPI. Cellule GFP-HeLa infettate con C. trachomatis sierotipo D sono state ripreso a (D) 16 HPI, (E) 24 HPI, e (F) 48 HPI. Cellule GFP-HeLa infettate con C. muridarum sono state ripreso a (G) 16 HPI, (H) 24 HPI, e (I) 48 HPI. Cellule GFP-HeLa infettate con C. pneumoniaesono stati ripreso a (J) 16 HPI, (K) 24 HPI, e (L) 48 HPI. Immagini rappresentative sono indicati per tutte le infezioni e tempi. Barre di scala = 20 micron. Clicca qui per vedere una versione più grande di questa figura.

Figura 4. dati quantitativi rappresentativi derivati dagli esperimenti del corso di tempo. Inclusioni dalle cellule GFP-HeLa infettati con (A) C. trachomatis LGV sierotipo L2, (B) C. trachomatis sierotipo D, (C) C. muridarum, e (D) C. pneumoniae sono stati rilevati e enumerato a 16, 24, e 48 HPI (5 campi per intervallo di tempo, n = 3). Caratteristiche fisiche del chlaminclusioni ydial stati quantificati per l'area superficiale inclusione, inclusione perimetro lunghezza e numero di inclusioni per cella. Barre di errore rappresentano il SEM. Cliccate qui per vedere una versione più grande di questa figura.

Cliccate qui per vedere il video. Filmato 1. Tempo lapse video di cellule HeLa mCherry-infettati con GFP C. trachomatis L2, scattata al 48 HPI. Il video è stato compilato da una serie di time-lapse immagini scattate a intervalli di 5 min per 125 min. Alterna il video in loop attraverso cellule mCherry-HeLa (rosso), C. trachomatis L2 (verde) e una fusione di entrambi i campi.
Gli autori dichiarano di non avere interessi finanziari in competizione.
Viene descritto un metodo basato su proteine fluorescenti su cellule vive per illuminare i vacuoli cellulari (inclusioni) contenenti clamidia. Questa strategia consente una determinazione rapida e automatizzata dell'infettività della clamidia nei campioni e può essere utilizzata per studiare quantitativamente le dinamiche di crescita delle inclusioni.
Gli autori ringraziano Ian Clarke e P. Scott Hefty per i plasmidi pGFP-SW2 e pASK-GFP-mKate2-L2, rispettivamente. Ringraziamo Paul Miller per l'assistenza tecnica e Richard Stephens per le altre risorse. Questo lavoro è stato finanziato dalla sovvenzione NIH AI095603 (KH).
| Lipofectamina 2000 | Invitrogen | 11668 | |
| Opti-Mem | Invitrogen | 31985 | |
| Polybrene | Sigma | H9268 | |
| 0.45 &; m filtri | Fisher | 09-719D | |
| G418 | Invitrogen | 10131 | |
| HBSS | Invitrogen | 14025 | |
| DMEM | Invitrogen | 11995 | |
| RPMI 1640 | Invitrogen | 11875 | |
| RPMI 1640 senza rosso fenolo | Cellgro | 17-105-CV | |
| Penicillina G | Sigma | 13752 | |
| Cycloheximide | Sigma | C7698 | |
| Piastre con fondo in vetro | MatTek | P35G-1.5-14-C | |
| Vetrini per camera, Lab-Tek II | Nunc | 154526, 154534 |