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Misure COPAS di pellet Streptomyces
Streptomycetes formano pellets miceliali in colture liquide che hanno una vasta gamma di formati. Per analizzare distribuzione dimensionale pellet, un liquido di 2 giorni di età coltivate cultura Streptomyces coelicolor è stato sottoposto a grande flusso di particelle citometria utilizzando un COPAS Plus. Profiler munita di un ugello ad 1 mm. Un tipico output COPAS è un grafico a dispersione, come visualizzato in figura 2A. L'asse x rappresenta il tempo di volo (TOF), che è correlato con la dimensione pellet (cioè ci vuole più tempo per pellet di grandi dimensioni per passare il raggio laser). L'asse y indica l'estinzione, che rappresenta la densità ottica dell'oggetto. Ogni punto nel diagramma di dispersione corrisponde ad un singolo evento, cioè un singolo pellet passare il raggio laser. È importante sottolineare che, quando il campione è troppo concentrato (cioè quando il laser rileva più di 100 eventi / sec), il COPAS spesso non riesce a rilevare singole pellets. Questo porta a valori TOF falsi troppo elevati. Diluizione del campione riduce i valori medi TOF, fino ad un punto in cui un'ulteriore diluizione fa alcun impatto più TOF. Questo punto è raggiunto quando circa 100 pellets / sec stati analizzati.
Rappresentare i punti di dati in un istogramma indica che le dimensioni non sono distribuiti normalmente (Figura 2B). La distribuzione sembra essere inclinato verso destra. Entra trasformando il set di dati, inoltre, non ha portato ad una distribuzione normale (Figura 2C). Per valutare se la distribuzione delle dimensioni può essere spiegato assumendo una miscela di due distribuzioni normali i dati sono stati matematicamente modellato 12,15. Modeling infatti indicato che la distribuzione delle dimensioni può essere spiegato assumendo l'esistenza di due distinte popolazioni di pellets. La frazione di piccole palline consisteva di 92% di tutti i pellet con una dimensione media di 248 micron, mentre la popolazione di grande pelconsente (8% di tutte le pellet) ha una dimensione media di 319 micron (notare che due popolazioni si presume sussistere quando la frazione di partecipazione è compresa tra 2,5-97,5%).
Ordinamento di pellet Streptomyces in base alle dimensioni
Micro-colonie delle popolazioni di grandi e piccoli pellet sono stati ordinati. A tal fine, le dimensioni medie pellet delle due popolazioni sono stati usati per definire i confini per l'ordinamento. Pellets di dimensioni inferiori a 248 micron sono stati considerati dalla piccola popolazione pellet, mentre pellets di dimensioni superiori a 319 micron sono stati considerati dal grande popolazione pellet (Figura 3), in modo da limitare l'ordinamento di pellets dalla sovrapposizione delle due dimensioni distribuzioni. Analisi microscopica di pellet ordinati mostrato le loro dimensioni distinte (Figura 3). I pellets raccolti possono essere ulteriormente utilizzati per DNA, RNA, proteine o isolamenti.
Figura 1. Rappresentazione schematica del setup sperimentale per misurare e analizzare pellets Streptomyces utilizzando COPAS. Per dettagli, vedere le procedure sperimentali. Clicca qui per vedere l'immagine ingrandita.

Figura 2. Dimensione Pellet eterogeneità di culture Streptomyces liquido cresciuto. Analisi COPAS di un 2-day-old S. cultura coelicolor YEME (A) indica che le dimensioni pellet (indicati come Time of Flight) sono valori normalmente non distribuired (B), e non diventi così quando log-trasformato (C). Invece, sono stati rilevati due popolazioni di pellet che si differenziano per TOF (e quindi di dimensioni). Clicca qui per vedere l'immagine ingrandita.

Figura 3. Frazionamento di pellet Streptomyces a seconda delle dimensioni. Pellet con dimensioni inferiori a 248 micron (indicata in rosa) sono stati considerati piccoli pellet, che pellet con una dimensione maggiore di 319 micron (indicato in blu) sono stati considerati grandi pellet. Analisi microscopica confermato la differenza di dimensioni. Si noti che queste misure sono state calcolate a partire dai dati di log-trasformati utilizzando la relazione descritta tra TOF e il diameter di un pellet Streptomyces, che equivale a 0,57 × TOF + 159 micron. Clicca qui per vedere l'immagine ingrandita.