Split-e-pool Sintesi e caratterizzazione di peptidi Terziario Ammide Biblioteca

Summary

Peptide ammidi terziarie (PTA) sono una superfamiglia di peptidomimetici che includono ma non sono limitate a peptidi, peptoids e peptidi N-metilato. Qui si descrive un metodo sintetico che combina split-e-pool e le strategie sub-monomeri per sintetizzare un one-tallone biblioteca un composto di PTA.

Abstract

Peptidomimetici sono grandi fonti di leganti proteici. La natura oligomerica di questi composti in grado di accedere a grandi librerie sintetiche su fase solida utilizzando la chimica combinatoriale. Una delle classi più ben studiati di peptidomimetici è peptoids. Peptoids sono facili da sintetizzare e hanno dimostrato di essere resistente alla proteolisi e cellula-permeabile. Negli ultimi dieci anni, molte leganti proteici utili sono stati identificati attraverso lo screening di librerie peptoid. Tuttavia, la maggior parte dei ligandi identificati dalle biblioteche peptoid non vengono visualizzati alta affinità, con rare eccezioni. Ciò può essere dovuto, in parte, alla mancanza di centri chirali e vincoli conformazionali nelle molecole peptoid. Recentemente, abbiamo descritto una nuova via sintetica per accedere peptidi ammidi terziarie (PTA). PTA sono una superfamiglia di peptidomimetici che includono ma non sono limitate a, peptidi peptoids e peptidi N-metilati. Con catene laterali su entrambi α-carbonio e atomi di azoto catena principale,la conformazione di queste molecole sono notevolmente limitata dalla impedimento sterico e allilico 1,3 ceppo. (Figura 1) Il nostro studio suggerisce che queste molecole PTA sono altamente strutturate in soluzione e possono essere utilizzati per identificare ligandi proteici. Crediamo che queste molecole possono essere una futura fonte di ligandi ad alta affinità della proteina. Qui si descrive il metodo di sintesi che unisce la potenza di entrambi split-e-pool e le strategie sub-monomeri per sintetizzare un campione unico tallone di un composto (OBOC) biblioteca di PTA.

Introduction

Peptidomimetici sono composti che imitano la struttura di peptidi naturali. Essi sono progettati per mantenere la bioattività mentre superare alcuni dei problemi associati con peptidi naturali, tra cui la permeabilità cellulare e stabilità contro proteolisi ^1-3. A causa della natura oligomerica di questi composti, grandi librerie sintetiche possono essere facilmente accessibili attraverso vie sintetiche monomeriche o sub-monomerici ^4-7. Una delle classi più studiati di peptidomimetici è peptoids. Peptoids sono oligomeri di glicine N-alchilati, che possono essere sintetizzati facilmente usando una strategia sub-monomero ^{8, 9.} Molti lig....

Protocol

1. Nozioni di base di Split-e-pool sintesi

Al fine di generare in modo efficiente un gran numero di composti in fase solida, sintesi split-e-pool è spesso impiegato come strategia generale. Come mostrato in Figura 4, tentagel perle sono prima divisa in tre porzioni. Ciascuna porzione viene fatto reagire con un reagente diverso, generando il primo residuo su perline. Dopo la prima reazione, tutte e tre le porzioni sono raggruppate, mescolati, e poi nuovamente suddivise in tre porzioni. Ciascuna porzione verrà nuovamente reagire con un reagente diverso, generando il secondo residuo su perline. Dopo due passi split-and-piscina....

Results

Qui vi mostriamo tre spettri rappresentativi MALDI da un trimero PTA con linker. Come mostrato nella Figura 6A, quando spaccati a temperatura ambiente utilizzando il 50% di soluzione di TFA / DCM, degradazione significativa si osserva. In Figura 6A, picco 593 e 484 corrispondono al linker e il trimero PTA, rispettivamente, mostrano che l'intera molecola è stato sintetizzato con successo sul tallone ma degradato durante scissione. Quando spaccati in condizioni di bassa temperatura come d.......

Discussion

Peptide ammidi terziarie (PTA) sono una superfamiglia di oligomeri peptidomimetici. Oltre ai peptidi ben studiato, peptoids e peptidi N-metilati, una gran parte di composti all'interno di questa famiglia rimane understudied, majorly a causa della mancanza di metodo sintetico per accedere generali peptidi N-alchilati. Qui si descrive un metodo efficace per sintetizzare PTA con blocchi chirali derivati ​​da amminoacidi. In precedenza, abbiamo riportato di utilizzare un nuovo percorso sub-monomero di librerie di sintes.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2,4,6 trimetilpiridina	ACROS	161950010	CAS:108-75-8
2-morfolinoetanamina	Sigma-Aldrich	06680	CAS:2038-03-1
Soluzione acquosa HBr al 48%	ALFA AESAR	AA14036AT	CAS:10035-10-6
Acetaldeide	Sigma-Aldrich	402788	CAS:75-07-0
Acetonitrile	Fisher	SR015AA-19PS	CAS:75-05-8
Tetraidrofurano anidro (THF)	EMD	EM-TX0277-6	CAS:109-99-9
Benzilammina	Sigma-Aldrich	185701	CAS:100-46-9
bis(triclorometil)carbonato (BTC)	ACROS	258950050	CAS:32315-10-9
Acido bromoacetico	ACROS	106570010	CAS:79-08-3
Clorano	Sigma-Aldrich	23290	CAS:118-75-2
Cicloesanemetilammina	Sigma-Aldrich	101842	CAS:3218-02-8
D2O	Cambridge Isotopo	DLM-4-99.8-1000	CAS:7789-20-0
D-Alanina	Anaspec	61387-100	CAS:338-69-2
Diclorometano (DCM)	Fisher	BJ-NS300-20	CAS:75-09-2
Dimetilformammide (DMF)	Fisher	BJ-076-4	CAS:68-12-2
Glicole etilenico	Oakwood	44710	CAS:107-21-1
Isopentilammina	Sigma-Aldrich	W321907	CAS:107-85-7
KBr	ACROS	424070025	CAS:7758-02-3
L-Alanina	Anaspec	61385-100	CAS:56-41-7
3-Metossipropilammina	Sigma-Aldrich	M25007	CAS:5332-73-0
2-Metossietilammina	Sigma-Aldrich	143693	CAS:109-85-3
N-(3-Aminopropil)-2-pirrolidinone	Sigma-Aldrich	136565	CAS:7663-77-6
N,N'-Diisopropilcarbodiimmide (DIC)	ACROS	115211000	CAS:693-13-0
N,N-Diisopropiletilamina (DIPEA)	Sigma-Aldrich	D125806	CAS:7087-68-5
NaNO2	ACROS	424340010	CAS:7631-99-4
NAOD soluzione al 40% in acqua	ACROS	200058-506	CAS:7732-18-5
Piperidina	ALFA AESAR	A12442-AE	CAS:110-89-4
Piperonilammina	Sigma-Aldrich	P49503	CAS:2620-50-0
Propilammina	Sigma-Aldrich	240958	CAS:107-10-8
Acido trifluoroacetico	Sigma-Aldrich	299537	CAS:76-05-1
&alfa;-Acido ciano-4-idrossicinnamico	Sigma-Aldrich	39468	CAS:28166-41-8
&alfa;-chetoglutarato	ALFA AESAR	AAA10256-22	CAS:328-50-7
Resina Tentagel con linker RINK	Rapp-Polymere	S30023
Alanina transaminasi	Roche	10105589001	AKA: Glutammato-Piruvato Transaminasi (GPT)
Incubatore	New Brunswick Scientific	Innova44
NMR	Bruker	400 MHz
Spettrometro di massa MALDI	Applied Biosystems	4800 LIOFILIZZATORE BALDI-TOF/TOF
	SP Scientific	VirTis reattore
	INTAVIS	Colonna di reazione	3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml
Collettore per vuoto	Promega	A7231	Vac-Man