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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Forniamo un protocollo dettagliato per l'induzione del potenziamento a lungo termine nella regione CA1 dell'ippocampo e il successivo isolamento di frazioni arricchite nucleari dalla zona tetanized della fetta. Questo approccio può essere utilizzato per determinare l'attività dipendente di importazione proteina nucleare in modelli cellulari di apprendimento e memoria.
Studiare attività di espressione della proteina dipendente, traslocazione subcellulare, o fosforilazione è essenziale per comprendere i meccanismi cellulari alla base della plasticità sinaptica. Il potenziamento a lungo termine (LTP) e depressione a lungo termine (LTD) indotta in fettine di ippocampo acute sono ampiamente accettati come modelli cellulari di apprendimento e memoria. Ci sono numerosi studi che utilizzano approcci di imaging cellulare o immunoistochimica dal vivo per visualizzare l'attività dinamica delle proteine dipendenti. Tuttavia questi metodi si basano sulla idoneità degli anticorpi per immunoistochimica o sovraespressione di proteine fluorescenza-tagged in singoli neuroni. Immunoblotting di proteine è un metodo alternativo che fornisce una conferma indipendente dei risultati. Il primo fattore limitante nella preparazione di frazioni subcellulari di singoli fettine di ippocampo tetanized è la bassa quantità di materiale. In secondo luogo, la procedura di gestione è fondamentale perché manipolazioni, anche molto brevi e minori di living fette potrebbe indurre l'attivazione di alcune cascate di segnalazione. Qui si descrive un flusso di lavoro ottimizzato al fine di ottenere un quantitativo sufficiente della frazione arricchita nucleare di purezza sufficiente dalla regione CA1 di fettine di ippocampo acute di cervello di ratto. Come esempio rappresentativo mostriamo che la ERK1 / 2 forma fosforilata della proteina messaggero Synapto-nucleare Jacob trasloca attivamente al nucleo dopo induzione di LTP e può essere rilevato in una frazione arricchita nucleare dai neuroni CA1.
Synaptic N-metil-D-aspartato-recettori (NMDARs) svolgono un ruolo cruciale nella plasticità sinaptica e la sopravvivenza delle cellule di segnalazione, mentre l'attivazione di NMDARs extrasinaptica può innescare neurodegenerazione e la morte cellulare. Questi cambiamenti dipendono da / attività regolamentata espressione genica dipendente strettamente controllata e, quindi, richiedono una costante comunicazione tra sinapsi e dendriti attivati e il nucleo 7. Il MAP chinasi ERK1 / 2 sono effettori a valle di NMDARs sinaptiche segnalazione e sono coinvolti nella espressione genica NMDAR-attivazione-indotta, considerando che la segnalazione via NMDAR extrasinaptica non ha o un effetto inibitorio sulla ERK1 / 2 attività di 8,11.
Ci sono certo numero di proteine che hanno dimostrato di navetta tra dendriti distali e il nucleo. Molte di queste proteine contengono un segnale di localizzazione nucleare e sono attivamente trasportati lungo microtubuli in un dineina e modo importina-dipendente al nucleo 6,9. Interestingly, alcuni di questi messaggeri solo transito al nucleo in risposta a specifici stimoli sinaptici. Ad esempio, il trasporto retrogrado di ciclico elemento di risposta AMP binding protein 2 (CREB2) è indotta da LTD chimica, ma non LTP 12. Stimolazione sinaptica NMDAR-dipendente localizzata guida coactivator trascrizionale CREB-regolata (CRTC1) nel nucleo, un processo di traslocazione, che è coinvolto nel lungo termine plasticità ippocampale 4. E 'stato recentemente dimostrato che la proteina messaggero Giacobbe trasloca al nucleo dopo che entrambi, l'attivazione NMDAR sinaptica e extrasinaptica e regola gene CREB dipendente trascrizione 5. L'origine sinaptica o extrasinaptica del segnale è codificato in una modificazione post-traslazionale di Giacobbe. Attività sinaptica induce ERK1 / 2 fosforilazione dipendente di Giacobbe a serina cruciale alla posizione 180 (pJacobS 180), che è un requisito per la successiva traslocazione al nucleo nella cultura ippocampale primaria. Inoltre, in CA1 neuroni di acuta fettine di ippocampo pJacobS 180 trasloca nel nucleo dopo Schaffer collaterale LTP ma non LTD 1,10. pS180 Jacob porta ad un aumento dell'espressione dei geni legati plasticità e l'espressione genica feed torna alla funzione sinaptica. In netto contrasto, Giacobbe che trasloca nel nucleo dopo l'attivazione NMDARs extrasinaptica non è fosforilata in Ser180 e può essere associata a complesso proteico diverso nel nucleo causando 'CREB spento' e una ritrattazione di contatti sinaptici 10.
Maggior parte degli studi pubblicati sulla importazione nucleare di Synapto-nucleare proteina messenger sono stati condotti in colture primarie neuronali dissociate. Pertanto, sarebbe interessante vedere se questi risultati possono essere riprodotti in fisiologicamente più rilevanti condizioni con fettine di ippocampo in cui la connettività e la funzione neuronale sono molto meglio conservati. Qui vi presentiamo un protocollo ottimizzato per la valutazione LTP-dependent traslocazione nucleare di messaggeri della proteina mediante immunoblotting. Questo metodo è adatto per analizzare l'attività dipendente fosforilazione di proteine in una frazione nucleare rudimentale anche. In particolare, l'attuale protocollo prevede la preparazione di acuta fettine di ippocampo CA1, induzione, e la registrazione di LTP. Avanti, regione CA1 viene sezionato al microscopio per isolare la regione stimolata. Abbiamo combinato e modificato il protocollo per l'isolamento nucleare fornito da CellLytic nucleare Extraction Kit con le modifiche introdotte dal Zhao e colleghi 17. La procedura di ottimizzazione comprende la lisi delle regioni CA1 sezionati in tampone ipotonico permettendo rigonfiamento delle cellule e il rilascio di nuclei. Lisi cellulare e la morfologia nuclei possono essere determinati mediante esame microscopico. Arricchimento nucleare viene raggiunto da una breve fase di centrifugazione. Immunoblotting con anticorpi contro NeuN e NSE2, marcatori specifici delle frazioni nucleari e citosoliche, indica che questo approccio può essere utilizzato come un velocee il protocollo riproducibile per isolare queste frazioni subcellulari e studiare molto labili modificazioni post-traduzionali come fosforilazione proteica. Inoltre, questo metodo è vantaggioso per piccoli campioni di tessuto provenienti da regioni CA1 sezionati di fettine ippocampali e può essere usato in combinazione per immunoistochimica di fettine ippocampali.
1 Preparazione di acuta fettine di ippocampo di adulti Rat Brain
2 Posizionamento Elettrodi, Baseline registrazione, e induzione di LTP
3 Raccolta di fette dopo induzione di LTP e Snap congelamento
4 Isolamento di frazioni nucleari arricchiti dalla regione CA1 dell'ippocampo
5. Immunoblotting semiquantitativa di proteine Synapto-nucleari
Analisi 6. Dati
| Nome del buffer | Reagente | Concentrazione (mM) | Quantità | Commenti / Descrizione |
| Di Gey soluzione (pH: 7.3 ~ 7.4) | NaCl | 130 | 7.6 g | filtrazione sterile |
| 1.000 ml | KCl | 4.9 | 0.37 g | |
| CaCl 2 · 2H 2 O | 1.5 | 0.22 g | ||
| MgSO 4 · 2H 2 O | 0.3 | 0,0739 g | ||
| MgCl 2 · 6H 2 O | 11 | 2.24 g | ||
| KH 2 PO 4 | 0.23 | 0,0313 g | ||
| Na 2 HPO 4 · 7H 2 O | 0.8 | 0,2145 g | ||
| Glucosio · H 2 O | 5 | 0,9909 g | ||
| HEPES | 25 | 5.96 g | ||
| NaHCO3 | 22 | 1.85 g | ||
| ACSF (pH: 7.3 ~ 7.4) | NaCl | 110 | 6,428 g | filtrazione sterile |
| 1.000 ml | KCl | 2.5 | 0,1865 g | |
| CaCl 2 · 2H 2 O | 2.5 | 0,368 g | ||
| MgSO 4 · 2H 2 O | 1.5 | 0,370 g | ||
| KH 2 PO 4 | 1.24 | 0,169 g | ||
| Glucosio · H 2 O | 10 | 1,9817 g | ||
| NaHCO3 | 27.4 | 2.3 g | ||
| 1x ipotonico tampone (pH: 7,9) | HEPES | 10 | 0.23 g | |
| 100 ml | MgCl 2 · 6H 2 O | 1.5 | 0,0304 g | |
| KCl | 10 | 0,07455 g |
Tabella 1 Buffer.
Abbiamo precedentemente dimostrato che la Synapto-nucleare proteina messenger Giacobbe si accumula nel nucleo dopo l'induzione di LTP, ma non LTD 1. Inoltre, traslocazione di Giacobbe dopo stimolazione sinaptica richiede l'attivazione di MAPK ERK1 / 2 e la fosforilazione di Giacobbe a Ser180 (Figura 1). Fosforilata Jacob trasloca al nucleo in modo importina-dipendente e lo stato fosforilato può essere conservato per lunghi periodi di tempo prolungati per associazione con il filamento intermedio αinternexin 15 (Figura 1). Il fosfo-stato di Giacobbe è importante per l'espressione di geni di attività-dipendente e la sopravvivenza cellulare. È interessante notare che, attivazione di NMDARs extrasinaptica spinge anche Jacob nel nucleo, ma in questo caso Giacobbe non è fosforilata in Ser180 e l'accumulo nucleare induce CREB 'spento' 5,10. I risultati sopra descritti sono stati ottenuti da Protocols stabiliti nel nostro recente studio (vedi Karpova et al. 10 per una descrizione dettagliata del modello).
Per dimostrare che Giacobbe trasloca nel nucleo dopo induzione di LTP, abbiamo indotto e misurato l'induzione di Schaffer collaterale fEPSP potenziamento in fettine di ippocampo acute e successivamente isolati nuclei neuronali da neuroni CA1 (figure 2 e 3). Abbiamo confrontato due diversi punti di tempo dopo l'applicazione della stimolazione ad alta frequenza (2 min e 30 min) e registrato l'induzione di LTP per ogni fetta che è stata successivamente trattati per l'isolamento nucleare e Western blotting (figure 2 e 3). Arricchimento del marcatore nucleare neuronale NeuN può essere visto nella frazione arricchita nucleare preparata dalla regione CA1 sezionato, mentre citosolica marcatore enolase2 neurone specifica (NSE) è presente soprattutto nella frazione surnatante ottenuto dopo centrifugazione del lisato cells (Figura 4A). La specificità di anticorpi pS180 Jacob è stato caratterizzato in precedenza (per i dettagli vedi Karpova et al. 10). livelli pS180 Jacob è rimasto inalterato in totale omogenati di proteine CA1 e nel arricchito frazione di 2 min nucleare dopo tetanization (Figura 4B), ma abbiamo trovato un aumento significativo pJacobS 180 immunoreattività 30 minuti dopo l'induzione di LTP (Figura 4C), confermando che Jacob translocating al nucleo in questo modello plasticità cellulare è fosforilata in Ser180.

Figura 1 Jacob fosforilata in S180 codifica all'origine sinaptica di segnali NMDARs. Stimolazione tetanica delle fibre collaterali di Schaffer dell'ippocampo risultati in attivazione di NMDARs sinaptiche e la successiva attivazione di MAPKERK1 / 2 cascata di segnalazione. Attivato ERK1 / 2 si lega e fosforila Giacobbe a serina 180 e Jacob-ERK1 complesso / 2 trasloca nel nucleo e questo correla con l'attività CREB maggiore e l'attivazione della plasticità legati espressione genica.

Figura 2 Attrezzature e strumenti utilizzati per l'induzione LTP e sezionare la regione CA1 di fettine di ippocampo. A) Vibratome usato per la preparazione di fettine di ippocampo acute (1 - Vibratome) B1-2) Elettrofisiologia e configurazione di imaging (2 - microscopio; 3 - Micromanipolatore e sistema di perfusione; 4 - elettrodi Ricodifica; 5 - elettrodo di stimolazione; 6 - Acqua lente obiettiva ; 7 - Fetta supporto con fetta dell'ippocampo) C) Impianti utilizzati per la dissezione della regione CA1 di fettine di ippocampo (8 Stereomicroscope; 9 - Siringa con aghi; 10 - Piccole forbici chirurgiche; 11 - bisturi; 12 - plastica pipetta Pasteur, 13 - spatola sottile; 14-100 mm piatto cultura di plastica riempito di ghiaccio-acqua, e 40 millimetri piatto cultura plastica utilizzata per la dissezione di fette.

Figura 3 Cartoon dimostrare la procedura sperimentale. Numeri indicano passi nel protocollo. 2,1-2,8) Una fetta dell'ippocampo acuta nella camera sommersa con elettrodi di vetro posizionati nella radiatum falda per il potenziamento di Schaffer collaterale-CA1 Sinapsi. L'inserto rappresenta le tracce analogiche campione fEPSP, la barra orizzontale indica 5 msec e la barra verticale indica 0,5 mV. 3.3) Le fette sono stati raccolti in provette da 1,5 ml dopoRegistrazione LTP e Snap congelato. 4.3) Dissezione della regione CA1 da adulti fettine di ippocampo di ratto. 4,4-4,5) regioni CA1 omogeneizzati in tampone di lisi ipotonica, che causa rigonfiamento osmotico delle cellule e il rilascio di nuclei. 4.8) Centrifugazione di lisati a 11.000 rpm per 1 min. 4.10) Raccolta delle frazioni arricchite citoplasmatici e nucleari per immunoblotting. 5.3) Caricamento di frazioni arricchite citoplasmatici e nucleari su SDS-PAGE e successiva occidentale-blotting standard.

Figura 4 induzione di LTP CA1 porta all'accumulo di pJacS180 nel nucleo. A) immunoblot per omogenato, citosolica e frazioni arricchite nucleari di CA1 lisato sondato con citosolica e marcatori nucleari. B) immunoblot analisi del livello di pJac-S180 in omogenato 2 min e 30 min dopo induction di tetanization. C) immunoblot analisi del livello pJacS180 nel nucleare arricchito frazione 2 min e min dopo tetanization. Questi risultati fanno parte del grafico quantificazione pubblicato nella Karpova et al 10. Questi immunoblot rappresentativi non sono incluse nel alla pubblicazione originale.
Gli autori non hanno nulla da rivelare.
Forniamo un protocollo dettagliato per l'induzione del potenziamento a lungo termine nella regione CA1 dell'ippocampo e il successivo isolamento di frazioni arricchite nucleari dalla zona tetanized della fetta. Questo approccio può essere utilizzato per determinare l'attività dipendente di importazione proteina nucleare in modelli cellulari di apprendimento e memoria.
Questo lavoro è stato finanziato dal DFG (SFB 779 TPB8, Kr1879/3-1 MRK), dalla sovvenzione DIP (MRK), dall'EU FP7 MC-ITN NPlast (MRK), dal Center for Behavioral Brain Sciences (CBBS, Sahsen-Anhalt), (AK e SB), MM ha ricevuto una borsa di studio a lungo termine dall'Organizzazione Europea di Biologia Molecolare (EMBO, ALTF 884-2011) e Marie-Curie IEF.
| Equipment | |||
| CED 1401 AD/DA converter | Cambridge Electronics Design, UK | ||
| a href="http://www.iciba.com/stereomicroscope">Stereomicroscopio | Leica S4E, Germania | ||
| Vibrotomo | Leica VT1000S, Germania | ||
| Stimolatore di impulsi isolato | A-M Sistemi, USA | Centrifuga modello 2100 | |
| Sistema Thermo Scientific | |||
| SDS-PAGE Biorad | |||
| Cooler | Julabo | ||
| Microscopio a campo chiaro | Nikon Eclipse TS100 | ||
| Incubatore per colture cellulari | Thermo Electron Corporation | ||
| Micromanipolatore | Luigs & Neumann, SM-5, Germania | ||
| Camera di blotting e fornitore di energia elettrica | Hoefer Scientific Instruments, San Francisco, CA | ||
| Camera di registrazione di tipo sommerso | su | misura | |
| a forma di U e incubatore di tipo sommerso. | su misura | ||
| Piccole forbici | chirurgiche | ||
| Bisturi | |||
| Spatola | sottile | ||
| Pipetta | di plastica Pasteur | ||
| Piatto di coltura in plastica. | |||
| Siringa | |||
| per becher | Bunsen | Reagents | |
| NaCl | Roth | Art.-Nr.3957.1 | ≥ 99,5%, p.a., ACS, ISO |
| KCl | Roth | Art.-Nr.6781.1 | ≥ 99,5%, p.a., ACS, ISO |
| CaCl2· 2H2O | Merck | 1.02382.0500 | analisi pro |
| MgSO4· 2H2O | Merck | 5886.05 | pro analisi |
| MgCl2· 6H2O | AppliChem | CAS-NO: 7791-18-6; EC-NO:2320946 | per la biologia molecolare |
| KH2PO4 | Merck | 12034.025 | per la biologia molecolare |
| Na2HPO4· 2H2O | Merck | 1.06574.1000 | Glucosioextra puro |
| · H2O | Roth | Art.-Nr.6887.1 | per biologia molecolare |
| HEPES | Roth | Art.-Nr.9105.4 | PUFFERAN, ≥ 99,5%, p.a. |
| NaHCO3 | Merck | 1.06329.1000 | pro analysis |
| Cocktail di inibitori della proteasi | Roche | ||
| Phosphostop | Roche | ||
| Bicuculline | Tocris Bioscience | ||
| Isoflurane | Baxter | ||
| Antibodies | |||
| Anticorpi primari | Numero di catalogo dell'azienda | Specie | |
| pJac-s180 | Biogenes | coniglio (diluito 1:100) | |
| NeuN | Milipore | MAB377 | topo (diluito 1:1.000) |
| NSE | Cell Signaling | D20H2 | coniglio (diluito 1:1.000) |
| Beta-actina | Sigma | A-5441 | topo (diluito 1:5.000) |
| Anticorpi secondari | Numero di catalogo dell'azienda | Specie | |
| IgG HRP coniugato | DAKO | capra anti-topo (1:5.000) | |
| IgG HRP coniugato | NEB | capra anti-coniglio (1:5.000) | |