Arabidopsis thaliana è un organismo modello comunemente usato per comprendere e manipolare vari processi cellulari nelle piante, ed è stato ampiamente utilizzato nello studio della formazione della parete cellulare secondaria. La deposizione della parete cellulare secondaria si verifica dopo che la parete cellulare primaria è stata depositata, un processo eseguito esclusivamente da cellule specializzate come quelle che formano i vasi e i tessuti delle fibre. La maggior parte delle pareti cellulari secondarie è composta da cellulosa (40-50%), emicellulosa (25-30%) e lignina (20-30%). Sono state isolate diverse mutazioni che influenzano la biosintesi della parete cellulare secondaria e i mutanti corrispondenti possono o meno mostrare evidenti cambiamenti nella composizione biochimica o nei fenotipi visivi, poiché queste mutazioni potrebbero essere mascherate da risposte compensatorie. Le procedure di colorazione sono state storicamente utilizzate per mostrare le differenze su base cellulare. Questi metodi sono esclusivamente mezzi di analisi visivi; Tuttavia, il loro ruolo nell'analisi rapida e critica è di grande importanza. Il rosso Congo e il bianco calcofluor sono coloranti usati per rilevare i polisaccaridi, mentre il Mäule e il floroglucinolo sono comunemente usati per determinare le differenze nella lignina e il blu di toluidina O è usato per colorare in modo differenziale i polisaccaridi e la lignina. Le tecniche apparentemente semplici di sezionamento, colorazione e imaging possono essere una sfida per i principianti. A partire dalla preparazione del campione utilizzando il modello di A. thaliana, questo studio descrive in dettaglio i protocolli di una varietà di metodologie di colorazione che possono essere facilmente implementate per l'osservazione dell'organizzazione cellulare e tissutale nelle pareti cellulari secondarie delle piante.