Le cellule progenitrici cardiache (CPC) hanno la capacità di differenziarsi in cardiomiociti, cellule muscolari lisce (SMC) e cellule endoteliali e sono molto promettenti nella terapia cellulare contro le malattie cardiache. Tra i vari metodi per isolare le CPC, la differenziazione delle cellule staminali embrionali (ESC) in CPC attira grande attenzione nel campo poiché le ESC possono fornire una fonte cellulare illimitata. Di conseguenza, sono state sviluppate numerose strategie per derivare le CPC dalle ESC. In questo protocollo, viene descritta la differenziazione e la purificazione delle CPC embrionali sia da ESC di topo che da quelle umane. A causa della difficoltà di utilizzare marcatori di superficie cellulare per isolare le CPC embrionali, le ESC sono ingegnerizzate con reporter fluorescenti attivati dall'espressione della cre ricombinasi specifica per CPC. Pertanto, le CPC possono essere arricchite mediante smistamento cellulare attivato dalla fluorescenza (FACS). Questo protocollo illustra le procedure per formare corpi embrioidi (EB) da ESC per la specificazione e l'arricchimento della CPC. Le CPC isolate possono essere successivamente coltivate per la differenziazione del lignaggio cardiaco e altri saggi biologici. Questo protocollo è ottimizzato per una derivazione robusta ed efficiente di CPC da ESC sia di topo che umano.