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Il sistema oculomotorio coinvolge un gran numero di aree cerebrali, comprese parti dei gangli della base, e varie malattie neurodegenerative tra cui il Parkinson e l'Huntington possono interromperlo. Le persone con malattia di Parkinson, ad esempio, tendono ad avere un aumento delle latenze saccadiche. Di conseguenza, la misurazione quantitativa dei movimenti oculari saccadici ha ricevuto notevole attenzione come potenziale biomarcatore per le condizioni neurodegenerative. Si può imparare molto di più sul cervello sia in salute che in malattia osservando cosa succede ai movimenti oculari quando la funzione di specifiche aree cerebrali è perturbata. La stimolazione cerebrale profonda è un intervento chirurgico utilizzato per la gestione di una serie di condizioni neurologiche, tra cui il morbo di Parkinson, in cui elettrodi stimolanti sono posizionati in specifiche aree cerebrali, inclusi diversi siti nei gangli della base. Le misurazioni del movimento oculare possono quindi essere effettuate con i sistemi di stimolazione sia spenti che accesi e i risultati confrontati. Con un adeguato disegno sperimentale, questo approccio può essere utilizzato per studiare la fisiopatologia della malattia da trattare, il meccanismo con cui la DBS esercita i suoi effetti benefici e persino aspetti della normale neurofisiologia.