Comprendere il ruolo dei fattori che regolano l'omeostasi epiteliale intestinale e la risposta alle lesioni e alla rigenerazione è importante. La letteratura attuale descrive diversi approcci metodologici per ottenere immagini di tessuti intestinali per la convalida dei dati. In questo articolo, delineiamo un protocollo comune relativo alla derivazione e alla lavorazione dei tessuti intestinali del topo. Vengono discusse la corretta fissazione dei tessuti intestinali e le tecniche di Swiss-roll che migliorano la morfologia epiteliale intestinale. L'elaborazione post-resezione e il riorientamento dei tessuti intestinali incorporati sono fondamentali per ottenere blocchi inclusi in paraffina che mostrano caratteristiche strutturali intestinali intatte dopo il sezionamento. La tecnica dello swiss-rolling aiuta nella valutazione istologica dell'intero tratto intestinale o del colon esaminato. La capacità di differenziare le caratteristiche strutturali intestinali può essere vitale nelle misurazioni quantitative dell'infiammazione intestinale e della tumorigenesi lungo l'intera lunghezza. Infine, le sezioni incluse in paraffina sono ideali per l'elaborazione robusta utilizzando metodi di rilevamento immunoistochimici e immunofluorescenti. Le sezioni immunoistochimiche non fluorescenti forniscono un'immagine vibrante del tessuto che descrive in dettaglio le diverse caratteristiche strutturali cellulari, ma non forniscono flessibilità per esperimenti di co-localizzazione intracellulare. Più canali fluorescenti possono essere utilizzati in modo appropriato con la rilevazione in immunofluorescenza per esperimenti di co-localizzazione, fornendo supporto agli studi meccanicistici.