sottotipizzazione di Jejuni Campylobacter Ssp. doylei Isolati Utilizzando PhyloProteomics Spettrometria di Massa-based (MSPP)

Andreas E. Zautner; Raimond Lugert; Wycliffe O. Masanta; Michael Weig; Uwe Groß; Oliver Bader

doi:10.3791/54165

Method Article

sottotipizzazione di Jejuni Campylobacter Ssp. doylei Isolati Utilizzando PhyloProteomics Spettrometria di Massa-based (MSPP)

DOI:

10.3791/54165

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October 30th, 2016

Andreas E. Zautner¹ , Raimond Lugert¹ , Wycliffe O. Masanta¹ , Michael Weig¹ , Uwe Groß¹ , Oliver Bader¹

¹Institut für Medizinische Mikrobiologie, Universitätsmedizin Göttingen

Summary

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Massa phyloproteomics spettrometria-based (MSPP) è stato utilizzato per digitare una collezione di Campylobacter jejuni ssp. Doylei isolati a livello di sforzo rispetto a tipizzazione sequenza multilocus (MLST).

Abstract

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MALDI-TOF MS offre la possibilità di differenziare alcuni batteri non solo a livello di specie e sottospecie ma anche al di sotto, a livello di ceppo. isoforme alleliche del ioni biomarcatori rilevabili provocano spostamenti di massa specifico per isolare. phyloproteomics spettrometria di massa a base di (MSPP) è una tecnica innovativa che combina le spettrometria di massa masse biomarcatori rilevabili in uno schema che consente la deduzione delle relazioni phyloproteomic da isolare specifici turni di massa rispetto a un genoma sequenziato ceppo di riferimento. Le sequenze di amminoacidi dedotta vengono poi utilizzati per calcolare dendrogrammi MSPP-based.

Qui si descrive il flusso di lavoro di MSPP digitando un ssp Campylobacter jejuni. Doylei raccolta isolato di sette ceppi. Tutti e sette i ceppi erano di origine umana e multilocus sequenza di battitura (MLST) dimostrato la loro diversità genetica. MSPP-tipizzazione portato a sette diversi tipi di sequenze MSPP, sufficientemente che riflette la loro PHYrelazioni logenetic.

Il C. jejuni ssp. doylei schema MSPP comprende 14 diversi ioni biomarker, proteine soprattutto ribosomiali nel range di massa di 2 a 11 kDa. MSPP può in linea di principio, essere adattato ad altre piattaforme di spettrometria di massa con una gamma di massa estesa. Pertanto, questa tecnica ha il potenziale per diventare uno strumento utile per la tipizzazione microbica livello di deformazione.

Introduction

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Durante l'ultimo decennio, matrix-assisted laser desorbimento di ionizzazione tempo di volo spettrometria di massa (MALDI-TOF MS) ha avanzato ad essere un metodo standard di grande valore per il genere microbica e l'identificazione delle specie in microbiologia clinica ^{^1,} ^2. identificazione di specie si basa sulla registrazione di piccole impronte proteici di cellule intatte o lisati cellulari. La gamma di massa tipico di uno spettrometro di massa usata nella routine microbiologia clinica è 2-20 kDa. Inoltre, gli spettri risultante può essere utilizzato per discriminare ceppi ai sotto-specie e sotto-sottospecie livello ^3.....

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Protocol

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1. Preparare un ambiente di lavoro sicuro, considerando biosicurezza Condizioni

Acquisire familiarità con le norme di laboratorio e di sicurezza che sono di rilevanza per l'utilizzo di microrganismi. La maggior parte dei microrganismi patogeni umani devono essere gestite a livello di biosicurezza 2 condizioni, ma alcuni, come la Salmonella enterica sierotipo Typhi, richiedono livello di biosicurezza 3. Informazioni sul livello di gestione di ogni agente patogeno si può accedere a www.cdc.gov/biosafety.
Indipendentemente dalla classificazione di rischio biologico del microrganismo specifico, considerare tutti i materiali che al contat....

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Results

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In precedenza, abbiamo stabilito con successo un sistema di MSPP per C. jejuni ssp. jejuni ^13. Qui, abbiamo voluto estendere il metodo per il fratello sottospecie C. jejuni ssp. doylei. In questo contesto specifico, sette C. jejuni ssp. doylei isolati sono stati acquisiti dalla collezione belga di microrganismi / Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM / LMG Gand, in Belgio. Tutti i sette isolati utilizzati per le nostre an.......

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Discussion

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La fase più critica nella creazione di un sistema MSPP è la determinazione genetica inequivocabile di identità biomarker di ioni. Se non è possibile identificare un biomarker senza dubbio, allora dovrebbe essere escluso dal regime ^13.

Il C. ssp. doylei schema jejuni comprende 14 diversi ioni biomarker. Questi sono 5 meno rispetto al C. jejuni ssp. schema jejuni MSPP ¹³ .La differenza più significativa tra il rilevabile C........

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Disclosures

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Gli autori non hanno nulla da rivelare.

Acknowledgements

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Siamo grati a Hannah Kleinschmidt per l'eccellente supporto tecnico. Questo articolo è stato finanziato dal programma di supporto Open Access della Deutsche Forschungsgemeinschaft e dal fondo di pubblicazione della Georg August Universität Göttingen.

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Materials

List of materials used in this article
Name	Company	Catalog Number	Comments
acetonitrile	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania	34967
Sistema Autoflex III TOF/TOF 200	Bruker Daltonics, Brema, Germania	GT02554 G201	Spettrometro di massa
standard di test batterico BTS	Bruker Daltonics, Brema, Germania	604537
BioTools 3.2 SR1	Bruker Daltonics, Brema, Germania	263564	Pacchetto software
Bruker IVD Bakterial Test Standard	Bruker Daltonics, Brema, Germania	8290190	5 provette
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato	Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio	LMG8843	ATCC 49349; IMVS 1141; NCTC 11951; ceppo 093
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato	Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio	LMG9143	Goossens Z90
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato	Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio	LMG7790	ATCC 49350; CCUG 18265; Kasper 71; mitragliatrice leggera 8219; NCTC 11847
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato	Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio	LMG9243	Goossens N130
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato	Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio	LMG8871	NCTC A603/87
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato	Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio	LMG9255	Goossens B538
Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato	Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio	LMG8870	NCTC A613/87
Columbia agar base	Merck, Darmstadt, Germania	1.10455 .0500	500 g
Bussola per FlexSeries 1.2 SR1	Bruker Daltonics, Brema, Germania	251419	Pacchetto software
sangue di pecora defibrinato	Oxoid Deutschland GmbH, Wesel, Germania	SR0051
etanolo	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania	02854 Acido formico Fluka
	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania	F0507
Matrice HCCA	Bruker Daltonics, Brema, Germania	604531
Kimwipes carta velina	Kimtech Science via Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania
MALDI Biotyper 2.0	Bruker Daltonics, Brema, Germania	259935	Pacchetto software
Mast Cryobank fiale	Mast Diagnostica, Reinfeld, Germania	CRYO/B
MSP 96 bersaglio in acciaio lucido	Bruker Daltonics, Brema, Germania	224989
QIAamp DNA Mini Kit	Qiagen, Hilden, Germania	51304
insulina umana ricombinante	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania	I2643
acido trifluoroacetico	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania	T6508
acqua, grado di biologia molecolare	Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania	W4502

Z188956

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Seng, P., et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin Infect Dis. 49 (4), 543-551 (2009).
Bader, O.

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