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La malattia infiammatoria intestinale (IBD) è un'infiammazione cronica che colpisce il tratto gastrointestinale (GIT). Uno dei modi migliori per studiare i meccanismi immunologici coinvolti durante la malattia è il modello di trasferimento delle cellule T della colite. In questo modello, i topi immunodeficienti (riceventi di RAG-/-) vengono ricostituiti con cellule T CD4+ naive provenienti da ospiti sani di tipo selvatico.
Questo modello consente l'esame dei primi eventi immunologici che portano a malattie e infiammazioni croniche, quando l'infiammazione intestinale si perpetua ma non dipende da un antigene definito. Per studiare il potenziale ruolo delle cellule presentanti l'antigene (APC) nel processo patologico, è utile disporre di un modello di malattia guidato dall'antigene, in cui un antigene derivato dal commensale definito porta alla colite. È stato quindi sviluppato un modello di colite guidata dall'antigene. In questo modello le cellule T CD4+ OT-II, in grado di riconoscere solo epitopi specifici nella proteina OVA, vengono trasferite in ospiti RAG-/- sfidati con E. coli che esprime CFP-OVA. Questo modello consente l'esame delle interazioni tra APC e cellule T nella lamina propria.