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Trypanosoma brucei, un parassita protozoo che causa cicli di tripanosomiasi africana sia umana che animale (nota rispettivamente come malattia del sonno e nagana) tra un vettore tse-tse e un ospite mammifero. Elude il sistema immunitario dell'ospite dei mammiferi commutando periodicamente la glicoproteina di superficie densa e variante (VSG) che ricopre la sua superficie. Il rilevamento della variazione antigenica in Trypanosoma brucei può essere sia ingombrante che laborioso. Qui, presentiamo un metodo per quantificare il numero di parassiti che sono "passati" per esprimere un nuovo VSG in una data popolazione. I parassiti vengono prima colorati con un anticorpo contro il VSG iniziale e poi colorati con un anticorpo secondario attaccato a una perlina magnetica. I parassiti che esprimono il VSG iniziale vengono quindi separati dal resto della popolazione facendo scorrere i parassiti su una colonna attaccata a un magnete. I parassiti che esprimono il VSG iniziale dominante vengono trattenuti sulla colonna, mentre il flusso continuo contiene parassiti che esprimono un nuovo VSG e alcuni contaminanti che esprimono il VSG iniziale. Questa popolazione a flusso continuo viene nuovamente colorata con un anticorpo marcato in fluorescenza contro il VSG iniziale per marcare i contaminanti e lo ioduro di propidio (PI), che marcare le cellule morte. Alla popolazione a flusso continuo viene aggiunto un numero noto di microsfere di conteggio assoluto visibili mediante citometria a flusso. Il rapporto tra le perle e il numero di cellule raccolte può quindi essere utilizzato per estrapolare il numero di cellule nell'intero campione. La citometria a flusso viene utilizzata per quantificare la popolazione di switcher contando il numero di cellule PI negative che non si colorano positivamente per il VSG dominante iniziale. La percentuale di switcher nella popolazione può quindi essere calcolata utilizzando i dati della citometria a flusso.