Analisi trascrittomica di<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; elegans</em&gt; RNA Sequencing dati attraverso la suite Tuxedo sul Progetto Galaxy

Francis R. G. Amrit; Arjumand Ghazi

doi:10.3791/55473

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Articolo metodologico

Analisi trascrittomica di

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DOI:

10.3791/55473

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8 aprile 2017

Francis R. G. Amrit¹ , Arjumand Ghazi¹

¹Department of Pediatrics, University of Pittsburgh School of Medicine, Children's Hospital of Pittsburgh

In questo articolo

Sommario

Galaxy e David sono emersi come strumenti popolari che permettono ai ricercatori senza formazione bioinformatica per analizzare e interpretare i dati di RNA-Seq. Descriviamo un protocollo per la C. elegans ai ricercatori di effettuare RNA-Seq esperimenti, l'accesso ed elaborare il set di dati utilizzando Galaxy e ottenere informazioni biologiche significative dalle liste di geni con David.

Abstract

Next generation sequencing (NGS) tecnologie hanno rivoluzionato la natura della ricerca biologica. Di questi, RNA Sequencing (RNA-Seq) è emersa come un potente strumento per l'analisi di espressione genica e la mappatura del trascrittoma. Tuttavia, la manipolazione serie di dati di RNA-Seq richiede sofisticate competenze computazionali e pone sfide insite per i ricercatori di biologia. Questo collo di bottiglia è stato mitigato dal progetto open access Galaxy che permette agli utenti senza competenze di bioinformatica per l'analisi dei dati di RNA-Seq, e la base di dati per l'annotazione, la visualizzazione e integrato Discovery (David), un Gene Ontology (GO) Suite analisi termine che aiuta derivare significato biologico da grandi insiemi di dati. Tuttavia, per gli utenti prima volta e dilettanti bioinformatica, auto-apprendimento e la familiarizzazione con queste piattaforme può richiedere molto tempo e scoraggiante. Descriviamo un flusso di lavoro semplice che vi aiuterà a C. elegans ai ricercatori di isolare l'RNA a vite senza fine, condurre un esperimento di RNA-Seqe analizzare i dati utilizzando piattaforme Galaxy e David. Questo protocollo fornisce istruzioni graduali per l'utilizzo dei vari moduli Galaxy per l'accesso ai dati grezzi NGS, alcun controllo di qualità, l'allineamento e analisi differenziale espressione genica, guidando l'utente con i parametri ad ogni passo di generare un elenco gene che può essere proiettato per l'arricchimento di classi di geni o processi biologici con David. Nel complesso, prevediamo che questo articolo vi fornirà le informazioni di C. elegans ricercatori che effettuano esperimenti di RNA-Seq per la prima volta così come gli utenti che eseguono frequenti un piccolo numero di campioni.

Introduzione

Il primo sequenziamento del genoma umano, effettuata con il metodo dideoxynucleotide-sequenziamento di Fred Sanger, sono voluti 10 anni, con un costo stimato US $ 3 miliardi di ^{^1,} ^2. Tuttavia, in poco più di un decennio, sin dal suo inizio, Next-Generation Sequencing Technology (NGS) ha reso possibile sequenziare l'intero genoma umano entro due settimane e per US $ 1.000. Nuovi strumenti che permettono di NGS sempre crescente velocità di raccolta sequenziamento-dati con incredibile efficienza, con una riduzione dei costi vivi, stanno rivoluzionando la biologia moderna in modi inimmaginabili, come i proget....