Creazione e applicazione di riferimento per facilitare la discussione e la classificazione delle proteine in un gruppo eterogeneo

Summary

L'obiettivo del presente protocollo è quello di sviluppare un riferimento per le proteine divergenti in un gruppo che non dispone di criteri coerenti per la nomenclatura e classificazione. Questo riferimento faciliterà l'analisi e la discussione del gruppo nel suo complesso e può essere utilizzato in aggiunta nomi affermati.

Abstract

Proteine correlate che sono state studiate in diversi laboratori utilizzando diversi organismi potrebbero non avere un sistema uniforme di nomenclatura e classificazione, rendendo difficile per discutere il gruppo nel suo complesso e di inserire nuove sequenze nel contesto appropriato. Lo sviluppo di un riferimento che la funzionalità importante sequenza di priorità relative alla struttura e/o attività può essere utilizzata oltre a nomi affermati per aggiungere qualche coerenza a un gruppo eterogeneo di proteine. Questa carta utilizza la superfamiglia di cisteina-stabilizzato alfa-elica (CS-αβ) come un esempio per mostrare come un riferimento generato nel software di foglio di calcolo può chiarire le relazioni tra proteine esistenti nella superfamiglia, nonché facilitare l'aggiunta di nuovi sequenze. Viene inoltre illustrato come il riferimento può contribuire a perfezionare gli allineamenti di sequenza generati in software comunemente usato, che compromette la validità delle analisi filogenetiche. L'utilizzo di un riferimento sarà probabilmente più utile per i gruppi di proteine che includono sequenze altamente divergenti da un ampio spettro di taxa, con caratteristiche che non vengono adeguatamente acquisite dalle analisi molecolari.

Introduction

Nome di una proteina dovrebbe riflettere è caratteristiche e rapporto ad altre proteine. Purtroppo, i nomi vengono generalmente assegnati al momento della scoperta e, mentre la ricerca continua, la comprensione del contesto più ampio potrebbe cambiare. Questo può portare a più nomi se una proteina è stata identificata in modo indipendente da più di un laboratorio, ai cambiamenti nella nomenclatura o nelle caratteristiche pensate per essere definitiva quando si assegna il nome e il nome non è più sufficientemente differenziando la proteina dagli altri.

Invertebrati marini defensine forniscono un buon esempio di degenerazione nella nomenclatu....

Protocol

1. determinare le caratteristiche di definizione del gruppo di proteine di interesse

1. Consult precedenti pubblicazioni per determinare se c'è un consenso per quanto riguarda le caratteristiche che sono necessarie per essere considerato parte del gruppo. Prendere nota di eventuali incongruenze o differenze di opinione tra gruppi di ricerca e includere caratteristiche che possono servire a distinguere un sottogruppo da altra.
2. Se la letteratura precedente non riguarda caratteristiche distintive, utilizzare sequenze che sono considerate rappresentativi del gruppo come punto di partenza per identificare caratteristiche conservate.

Results

Gruppi di sequenze nella superfamiglia delle CS-αβ segnalato nella letteratura sono mostrati in Figura 4. Gli abbinamenti di cisteina basati sulla numerazione per ogni sequenza suggeriscono cinque gruppi di base (tabella 1, colonna centrale). Il gruppo 1 ha sei cisteine che da bisolfuro di tre legami e include sequenze da insetti, aracnidi, molluschi, nematodi e funghi. Gruppi 2, 3 e 4 hanno 8 cisteine che formano quattro ponti disolfuro. Gru.......

Discussion

I criteri per la denominazione di una proteina all'interno di un gruppo dovrebbero essere chiari, ma questo non è sempre il caso. Sequenze che hanno il CS-αβ piegare sono state studiate in molti laboratori utilizzando una varietà di organismi, risultante in diversi sistemi di nomenclatura, nonché a diversi livelli di caratterizzazione. Tentando di imporre una completamente nuova nomenclatura non è ragionevole e si tradurrebbe in una grande quantità di confusione durante la consultazione letteratura precedente. Un sistema.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Pagina web			https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
ModificaSeq (suite Lasergene)	DNASTAR		https://www.dnastar.com/t-allproducts.aspx
Excel 2013	Microsoft
FigTree			http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
MEGA			www.megasoftware.net
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ database
	SCOP