Massa del muscolo che spreca, conosciuta come atrofia muscolare, è un fenotipo comune in Drosophila modelli di malattie neuromuscolari. Abbiamo usato i muscoli di volo indiretto (IFM) di mosche, in particolare i muscoli dorso-longitudinale (DLM), come lo sperimentale oggetto di misura il fenotipo atrofico causato da diverse cause genetiche. In questo protocollo, descriviamo come incorporare i muscoli del torace volare per il taglio sottile di semi, come ottenere un buon contrasto fra il muscolo ed il tessuto circostante e come elaborare immagini al microscopio ottico per acquisizione semiautomatica di dati quantificabili e analisi. Descriviamo tre applicazioni specifiche della pipeline metodologica. In primo luogo, ci mostra come il metodo può essere applicato per quantificare la degenerazione muscolare in un modello di distrofia myotonic fly; in secondo luogo, la misurazione della sezione trasversale del muscolo può aiutare a identificare i geni che possono promuovono o impediscono l'atrofia del muscolo e/o degenerazione del muscolo; in terzo luogo, questo protocollo può essere applicato per determinare se un candidato composto è in grado di modificare in modo significativo un determinato fenotipo atrofico indotto da una mutazione malattia-causanteo da un innesco ambientale.