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Articolo metodologico

Un metodo di cultura alternativa per mantenere l'ipometilazione genomica delle cellule staminali embrionali del Mouse utilizzando PD0325901 inibitore MEK e vitamina C

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DOI:

10.3791/56391

⸱

1 giugno 2018

 ,  , 
1State Key Laboratory of Environmental Chemistry and Ecotoxicology, Research Center for Eco-Environmental Sciences, Chinese Academy of Sciences

In questo articolo

Sommario

Abbiamo descritto in dettaglio due protocolli basati su sostanze chimiche per la coltura di cellule staminali embrionali di topo. Questo nuovo metodo utilizza meccanismi sinergici di promuovere ossidazione Tet-mediata (da vitamina C) e reprimendo la sintesi de novo di 5-metilcitosina (da PD0325901) per mantenere l'ipometilazione del DNA e la pluripotenza delle cellule staminali embrionali di topo.

Abstract

Cellule staminali embrionali (ES) hanno la capacità di differenziarsi in uno qualsiasi dei tre strati germinali (ectoderma, mesoderma o endoderma) e possono generare molti lignaggi per la medicina rigenerativa. ES cella cultura in vitro è stata a lungo oggetto di diffuse preoccupazioni. Classicamente, le cellule di topo ES sono mantenute in fattore inibitorio di leucemia e del siero (LIF)-che contiene il media. Tuttavia, in condizioni di siero/LIF, cellule mostrano eterogeneità nella morfologia e il profilo di espressione di geni correlati alla pluripotenza e sono per lo più in uno stato metastabile. Inoltre, cellule ES coltivate presentano ipermetilazione globale, ma ingenuo ES le cellule della massa cellulare interna (ICM) e cellule germinali primordiali (PGC) sono in uno stato di hypomethylation globale. Lo stato di ipometilato di ICM e PGC è associato molto attentamente con loro pluripotenza. Per migliorare i metodi di coltura cellulare di topo ES, abbiamo recentemente sviluppato un nuovo metodo basato sull'utilizzazione selettivamente combinata di due composti di piccole molecole per mantenere lo stato di DNA ipometilato e pluripotenti. Qui, vi presentiamo che il co-trattamento di vitamina C (Vc) e PD0325901 può cancellare circa il 90% di 5-metilcitosina (5mC) a 5 giorni in cellule di topo ES. Il contenuto generato 5mC è paragonabile a quella di PGC. L'indagine meccanicistica dimostra che PD0325901 in su-regola l'espressione di Prdm14 per sopprimere Dnmt3b (de novo del DNA metiltransferasi) e Dnmt3l (il cofattore di Dnmt3b), riducendo la sintesi de novo del 5mC. VC facilita la conversione di 5mC a 5-idrossimetilcitosina (5hmC) catalizzata principalmente da Tet1 e Tet2, indicante la partecipazione di demethylations di DNA sia passive che attive. Inoltre, in condizioni di Vc/PD0325901, cellule di topo ES mostrano morfologia omogenea e stato pluripotent. Collettivamente, vi proponiamo un nuovo e metodo di cultura chimica-sinergia per il raggiungimento ipometilazione del DNA e mantenimento della pluripotenza in cellule di topo ES. Il metodo chimico-dipendente della piccolo-molecola sormonta le imperfezioni più importanti della cultura del siero e detiene promessa per generare cellule ES omogenee per ulteriori applicazioni cliniche e ricerche.

Introduzione

Le cellule ES sono originate da ICM di una blastocisti1. Le cellule sono in uno stato di pluripotenza e possono formare tutti i lignaggi somatici e germinale celle2. Istituzione di cellule ES fornisce la possibilità di indagare lo sviluppo processi in vitro e in grado di generare cellule di rilevanza medica per la medicina rigenerativa basata sul loro pluripotenza3.

Due gruppi intaccata stabilito le linee di cellule di topo ES nel 1981 e quando le cellule derivate dal primo embrione di topo sono state coltivate in siero bovino fetale (FBS)-che contiene il media con fibroblasti embrionali del mouse (MEFs) come l'alimentatore livello1,4 . MEFs sono state inattivate mitoticamente e pre-sono stati coltivati in piatti prima della coltura delle cellule ES. MEFs forniscono il supporto per il collegamento delle cellule di topo ES e produrre fattori di crescita per promuovere la propagazione e reprimere la differenziazione5, mentre FBS offre essenziali fattori trofici e ormoni per proliferazione delle cellule. Studi successivi indicava che LIF prodotto da cellule di alimentatore la citochina chiave per auto-rinnovamento e mantenimento della pluripotenza in cellule di topo ES, e l'aggiunta di LIF nel mezzo potrebbe sostituire alimentatore celle6. Attualmente, il sostentamento delle cellule di ES del topo nel mezzo di FBS/LIF sugli alimentatori è ancora il metodo standard adottato da molti ricercatori. Tuttavia, alcuni problemi con questo approccio di cultura classica. In primo luogo, le cellule di alimentatore secernono fattori in eccesso e incontrollati e possono causare contaminazione patogena7. Per evitare questa interferenza, rivestimento della superficie dei piatti con gelatina e l'aggiunta di LIF in contenenti siero medio sono metodi alternativi per il mantenimento di cellule di topo ES senza cellule strato dell'alimentatore. Inoltre, cellule di topo ES coltivate in condizioni di siero/LIF esibiscono eterogeneità morfologica in popolazioni cellulari e anche a livello di espressione di fattori correlati al pluripotenza8. Gli studi recenti suggeriscono che in condizioni di siero/LIF, i fattori di trascrizione di nucleo di pluripotenza-correlati (tra cui SOX2, Nanog e OCT4) possono sostenere la pluripotenza attraverso LIF e WNT segnalazione; Tuttavia, in particolare, si attiva anche un segnale del fattore di crescita (FGF) del fibroblasto per attivare differenziazione8. Dovuto la duplice azione ambivalente dei fattori di trascrizione di nucleo, cellule di topo ES coltivate in siero attualmente eterogeneità, che consiste di due popolazioni intercambiabili, uno simile a ICM e un altro che assomiglia l'epiblasto innescato statale8. Inoltre, cellule di topo ES in siero esibiscono spesso globale ipermetilazione9, considerando che ICM e PGC sono in uno stato di ipometilato globale, che è strettamente collegato con la loro pluripotenza9,10.

C'è una forte domanda di sviluppare nuovi metodi per la coltura di cellule di topo ES. Diversi protocolli di miglioramento sono state istituite dal 200311 ma continua ad esserci alcune limitazioni e carenze7. Dal 2008, l'utilizzo combinato di due inibitori della chinasi della piccolo-molecola, PD0325901 (l'inibitore della chinasi di proteina mitogene-attivata (MAPK) / extracellulare-segnale-regolata della chinasi (ERK) (MEK)) e CHIR99021 (l'inibitore della glicogeno sintasi chinasi 3 (GSK3)), N2B27 medium con LIF e senza siero ha aperto nuove prospettive per coltura mouse ES cellule12. Questo nuovo medium definito è caratterizzato dall'uso di due inibitori (2i). Cellule di topo ES coltivate in medium 2i/LIF sono più omogenee in popolazioni di cellule e l'espressione dei fattori di pluripotenza. Inoltre, cellule 2i/LIF-coltivati del topo ES esibiscono ipometilazione del DNA a livello globale, che è più vicino a ICM-come le cellule9,13. Anche così, 2i cultura ha i suoi svantaggi. PD0325901 e CHIR99021 sono insolubili in acqua e generalmente sono dissolti in dimetilsolfossido (DMSO)-basato soluzione di riserva per aggiungerli nel terreno di coltura. Studi hanno dimostrato che a lungo termine e della basso-dose esposizione delle cellule a DMSO può portare a citotossicità14.

Qui, abbiamo utilizzato due composti di piccole molecole e sviluppato un nuovo metodo di coltura delle cellule di topo ES. Il metodo di cultura romanzo combina Vc e MEK inibitore PD0325901 per promuovere l'ipometilazione del DNA rapidamente e in modo efficace ad un livello paragonabile di PGC, denominato come il protocollo di coltura Vc/PD0325901. Cellule di topo ES in Vc/PD0325901-aggiunto medium contenente siero esibiscono omogeneità nella morfologia e sono sostenute in uno stato di terra. Rispetto alla cultura 2i, mouse ES cellule coltivate in condizioni di Vc/PD0325901 mostrano più veloce cinetica di demetilazione del DNA e possono raggiungere il livello di hypomethylation paragonabile a quella di PGC. Inoltre, l'uso di un inibitore singolo (PD0325901) diminuisce la quantità di input di DMSO in mezzo rispetto a quella utilizzata in 2i (PD0325901/CHIR99021) e riduce il danno alle cellule.

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Protocollo

1. preparati

  1. Preparare una soluzione di 1,0 mM PD0325901 (inibitore di MEK) e 3,0 mM CHIR99021 (inibitore di GSK3).
    1. Pesare 2 mg di PD0325901 e aggiungere 4,15 mL di DMSO in un flacone di vetro ambrato.
    2. Pesare 2 mg di CHIR99021 e aggiungere 1,43 mL di DMSO in un flacone di vetro ambrato.
    3. Seguente la ricostituzione, conservare le aliquote (50 µ l/tubo in provette per PCR 200 µ l) a-20 ° C e al riparo dalla luce. Rimuovere una provetta contenente il brodo congelato da un e scongelare a temperatura ambiente prima dell'uso.
  2. Pesare 0,0176 g di Vc in 1 mL di una provetta da centrifuga e si ricostituire con 1 mL di acqua sterile ad una concentrazione finale del Priore di 100 mM da utilizzare.
  3. Inattivare FBS: incubare 500ml di FBS in un bagno di acqua a 56 ° C per 30 min.
  4. Preparare 600 mL di terreno base per la coltura di cellule di topo ES.
    1. Utilizzare una bottiglia di mezzo di DMEM/alto glucosio (500 mL) e rimuovere 40 mL.
    2. Supplemento 460 mL di medium del glucosio DMEM/alta con 20% inattivato FBS (120 mL), 1.000 LIF U/mL (60 µ l di soluzione stock di 107 U/mL), 0.1 mM non essenziali aminoacidi (NEAA) (6 mL della soluzione madre 10 mM), piruvato di sodio 1 mM (6 mL di soluzione di riserva di 100 mM) , 2 mM L-Glutammina (6 mL della soluzione madre 200 mM), 0,1 mM β-mercaptoetanolo (600 µ l di soluzione di riserva di 100 mM) e 33 IU/mL di penicillina e 33 µ g/mL di streptomicina (2 mL di soluzione (10.000 UI/mL di penicillina e 10.000 µ g/mL di streptomicina) mista penicillina-streptomicina) . Definire il terreno base come mezzo di siero.
    3. Pipettare 50 µ l di soluzione madre di PD0325901 (1.0 mM) e Vc (100 mM), rispettivamente, in 50 mL di terreno del siero (concentrazione finale: 1,0 µM PD0325901 e 100 µM Vc) e definire il mezzo come mezzo di Vc/PD0325901.
      Nota: Preparare il Vc/PD0325901 medio fresco prima dell'uso a causa dell'instabilità del Vc.
    4. Utilizzando una pipetta, trasferire 50 µ l di soluzione madre di PD0325901 (1.0 mM) e CHIR99021 (3,0 mM), rispettivamente, in 50 mL di terreno del siero (concentrazione finale: PD0325901 1.0 µM e CHIR99021 3.0 µM) e definire il mezzo come mezzo di 2i.
  5. Preparare i piatti rivestite con gelatina.
    1. Preparare la soluzione di gelatina 0,1%: sciogliere 0,3 g di gelatina in 300 mL di acqua distillata in una bottiglia di reagente di vetro con un tappo e sterilizzare in autoclave a 121 ° C per 20 min. Store la soluzione sterile a temperatura ambiente.
    2. Incubare le piastre di coltura delle cellule (6 cm di diametro) con 2 mL di soluzione di gelatina di 0,1% per 15 min a temperatura ambiente e poi aspirare la gelatina. Asciugare i piatti in aria e utilizzarli all'interno di 12 h.
  6. Preparare 10 mL di mezzo in una provetta da centrifuga da 15 mL di congelamento delle cellule di topo ES: 90% FBS (9 mL) e 10% DMSO (1 mL). Utilizzare il mezzo entro 1 giorno.
  7. Preparare un contenitore di congelamento: aggiungere 100% alcool isopropilico per la linea di riempimento del contenitore congelamento e scartare il vecchio alcol isopropilico. Aggiungere nuovo alcool isopropilico direttamente dopo ogni cinque utilizzi.
  8. Rendere il buffer di digestione enzimatica: pesare 1,2114 g di polvere di Tris in 100 mL di acqua ultrapura per preparare 100 mM Tris soluzione e aggiungere concentrato di soluzione di HCl (circa 12 M) nella soluzione Tris per aggiustare il pH a 7,6 (circa 0,6 mL di soluzione di HCl concentrato).
  9. Preparare 50 mL di tampone (buffer di RIPA) del saggio di immunoprecipitazione radio: 20 mM Tris, pH 7.4, 1 mM MgCl2, 150 mM NaCl, glicerolo 20%, 0,5% NP40, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA. Completare con 1 millimetro DTT, 1 X cocktail di inibitore della proteasi e 1 mM prima del PMSF uso. Una volta aggiunto il PMSF, utilizzare il buffer entro 30 min.

2. crescere cellule di topo ES su piatti rivestite con gelatina

  1. Cellule di topo pre-calda ES (wild type, SvEv 129) cultura media, tripsina e soluzione tamponato fosfato (PBS) in un bagno di acqua a 37 ° C.
  2. Le cellule del passaggio. Aspirare il mezzo completamente dal piatto e pipettare 2 mL di PBS per i piatti da lavare le cellule.
    1. Rimuovere il PBS con una pipetta e lavare le cellule nuovo con 2 mL di PBS.
    2. Rimuovere il PBS e aggiungere 0,3 mL di tripsina-EDTA (0,25%) ad ogni piatto.
    3. Coprire l'intera pietanza con la tripsina rapidamente e quindi rimuoverlo immediatamente.
    4. Mettete la teglia in un incubatore a 37 ° C per 1 min staccare le cellule dal piatto. Prendere i piatti dall'incubatrice e aggiungere 2 mL di terreno di siero pre-riscaldato a terminare l'azione della tripsina.
    5. Dissociare le colonie di cellule in sospensione singola cella mediante risospendere con una pipetta (punta della pipetta 5ml) 10 volte.
  3. Trasferire 150 µ l di 2 mL della soluzione di cella (circa 190.000 cellule contando con un emocitometro) in un piatto nuovo rivestite con gelatina e completare con 3 mL di appena fatte Vc/PD0325901 medio per ogni piatto di cultura di 6 cm. Coltura le cellule in un incubatore a 37 ° C con 5% CO2.
  4. Ogni 24 h durante l'incubazione, rimuovere il vecchio mezzo di cultura e aggiungere 3 mL di Vc/PD0325901-mezzo fresco nella piastra di coltura a causa dell'instabilità del confluency di Vc. Expect 70 – 80% dopo 2 – 3 giorni.
  5. Dopo aver raggiunto il confluency di 70-80%, le cellule del passaggio e continuare alla cultura come descritto nella procedura 2.2-2.4.

3. congelare e scongelare cellule di topo ES

  1. Congelare le cellule di topo ES.
    1. Staccare le cellule dai piatti con tripsina eseguendo il passaggio 2.2.
    2. Trasferire le cellule in un tubo di plastica da 15 mL e centrifugare a 800 x g e a temperatura ambiente per 3 min.
    3. Dump delicatamente il surnatante in un becher e risospendere il pellet cellulare con 1 mL di preparate sul congelamento medio. Preparare il congelamento medio 30 min prima di questo passaggio per assicurarsi che sia a temperatura ambiente prima dell'uso.
    4. Trasferire le cellule nel mezzo di un tubo del microcentrifuge 1,8 mL con una pipetta da 1 mL di congelamento e posizionare il tubo del microcentrifuge in un contenitore di congelamento. Aggiungere alcol isopropilico per la linea di riempimento del contenitore congelamento e tenerlo a temperatura ambiente prima dell'uso.
    5. Lasciare i contenitori congelamento durante la notte in un congelatore a-80 ° C.
    6. Trasferire la microcentrifuga in un contenitore di azoto liquido per fino a 2 – 3 anni.
      Nota: Non tenere le cellule nel mezzo di congelamento per un lungo tempo e trasferire rapidamente le cellule per un congelatore-80 ° C a causa della tossicità di DMSO.
  2. Scongelare le cellule di topo ES.
    1. Pre-riscaldare 50 mL di mezzo di siero in bagnomaria a 37 ° C.
    2. Prendete una fiala contenente delle cellule dal contenitore di azoto liquido e immergere il flaconcino innevato in bagnomaria a 37 ° C. Agitare velocemente nel bagno d'acqua di disgelo. Trasferire le cellule in una provetta da 15 mL con una pipetta da 1 mL. Aggiungere 2 mL di terreno di coltura del siero pre-riscaldato nel tubo per diluire il medium di congelamento e poi Centrifugare a 800 x g e a temperatura ambiente per 3 min.
    3. Rimuovere il supernatante e Risospendere delicatamente i pellet cellulare con 3 mL di terreno di Vc/PD0325901 nuovo utilizzando una pipetta da 5 mL.
    4. Trasferire le cellule dal tubo da 15 mL per un piatto di gelatina-rivestito e coltura delle cellule per 24 h. cultura le celle come descritto nel passaggio 2.

4. Estrarre proteine totali da cellule

  1. Sciacquare le cellule prelevate con 1 mL di PBS e poi Centrifugare a 800 x g e a temperatura ambiente per 3 min.
  2. Aspirare il supernatante e risospendere il pellet cellulare accuratamente con RIPA buffer completati con DTT, inibitore della proteasi cocktail e PMSF pipettando delicatamente. Il volume di tampone RIPA è circa 5 volte quello della cellula a pellet.
    Nota: Eseguire la risospensione delle cellule sul ghiaccio.
  3. Tenere le cellule in RIPA buffer per 30 min in ghiaccio e centrifugare a 13.000 x g e a 4 ° C per 5 min.
  4. Trasferire il surnatante in una nuova provetta e conservare le aliquote a-80 ° C.
  5. Determinare la concentrazione della proteina con un kit di analisi della proteina di Bradford.

5. Estrarre il DNA dalle cellule e del DNA Digest in un singolo Nucleoside usando gli enzimi

  1. Raccogliere le cellule con tripsina come descritto ai punti 3.1.1 e 3.1.2.
  2. Eseguire l'estrazione di DNA con un kit di purificazione del DNA genomico seguendo le istruzioni del produttore.
  3. Conservare il DNA estratto in provette per centrifuga 1 mL. Aggiungere 100 µ l di acqua ultrapura nella provetta da centrifuga e sciogliere il DNA pipettando circa 15 volte. Determinare la concentrazione e valutare la qualità del DNA tramite la misura dell'assorbanza a 260 nm e 280 nm15. La concentrazione di DNA è circa 500 ng / µ l.
  4. Digest 5 µ g di DNA in un sistema di 50 µ l della soluzione: aggiungere 5 µ l di 100 mM Tris-HCl soluzione a pH 7,6 (concentrazione finale: 10 mM), 2 della fosfatasi intestinale del vitello U, 1 U dnasi I, 0,005 U serpente veleno fosfodiesterasi io e 5 µ g di DNA (calcolare il volume aggiunto secondo le misurazioni concentrazione di DNA rossa, ~ 10 µ l) in una provetta da centrifuga e aumentare il volume della soluzione a 50 µ l con acqua ultrapura. Incubare la miscela a 37 ° C durante la notte. Centrifughi la soluzione di DNA digerita a 1.000 g e a temperatura ambiente per 1 min raccogliere la soluzione il fondo delle provette.
  5. Trasferire la soluzione di DNA digerita dai tubi della centrifuga in tubi di ultra-filtrazione (un peso di molecola di taglio: 3 kDa) e centrifugare a 13.000 g e 4 ° C per 30 min rimuovere gli enzimi di digestione.
  6. Preparare i campioni per analisi 5mC e 5hmC.
    1. Per l'analisi di 5hmC: dispensare 36 µ l di soluzione di filtro per una nuova centrifuga tubo (1 mL) e 4 µ l di-(hydroxymethyl-d3)-2'-deoxycytidine 5' ([D3]-5hmC) con la concentrazione finale di 3 nM.
    2. Per l'analisi di 5mC: aggiungere 196 µ l di acqua ultrapura in una nuova provetta da centrifuga e dispensare 4 µ l di soluzione di filtro sul tubo (50 volte diluizione), dovuto l'alta densità di 5mC in DNA genomic. Trasferire 36 µ l della soluzione diluita in una nuova provetta da centrifuga e 4 µ l di (-(methyl-d3)-2'-deoxycytidine 5' ([D3]-5mC) con la concentrazione finale di 50 nM. Uso [D3]-5hmC e [D3]-5mC come standard interno per calibrare 5hmC e 5mC, rispettivamente.
  7. Trasferire la soluzione campione in provette e conservare a 4 ° C. Analizzare 5mC e 5hmC con spettrometria di massa ultra-high-performance liquido cromatografia-triplo quadrupolo con multiplo-reazione monitoraggio (UHPLC-MS/MS (MRM)) come descritto in un precedente rapporto15.

6. analizzare 5mC e 5hmC usando UHPLC-MS/MS15

  1. Impostare vari parametri per analizzare 5mC e 5hmC utilizzando il software di UHPLC-MS.
    1. Stabilire un nuovo metodo. Aprire il software e fare clic su "File | Nuovo | Metodo". Esporre la finestra di messaggio "Method Editor" con il contenuto "Si desidera salvare le modifiche per il metodo corrente" e fare clic su "No".
    2. Costruire i parametri del campionatore. Fare clic su "Sampler | Installazione | Iniezione". Selezionare "Standard iniezione" e inserire "5 µ l a volume di iniezione".
    3. Costruire i parametri della pompa in UHPLC.
      1. Fare clic su "BinPump2 | Setup"per costruire i parametri della pompa. Impostare "Flusso" a "0,25 mL/min" e "Fermare il tempo" a "15 minuti".
      2. Impostare "Solvente B al 5%" e "Limiti di pressione" a "Max 600 bar".
      3. Fare clic su "BinPump2 | Calendario"per costruire il isocratic parametri di eluizione per analisi 5mC. Fare clic su "Aggiungi" per aggiungere una riga. Input "0.00" a "Time" e "5.0" a "B %". Fare clic su "Aggiungi" una volta di più per aggiungere una nuova riga. Input "15.00" a "Time" e "5.0" a "B %".
      4. Fare clic su "BinPump2 | Calendario"per costruire i parametri di eluizione di pendenza per l'analisi di 5hmC. Fare clic su "Append per aggiungere una riga. Input di 0.00 a tempo e 5.0 "B %". Fare clic su "Aggiungi" una volta di più per aggiungere una nuova riga. Input "3.00" a "Time" e "5.0" a "B %". Fare clic su "Aggiungi" per un altro 6 volte aggiungere 6 righe. Input "3.01" al "Tempo" e "15,0" a "B %", "6.00" al "Tempo" e "15,0" a "B %", "6.01" al "Tempo" e "100" al "B %", "10.00" al "Tempo" e "100,0" a "B %", "10.01" al "Tempo" e "5.0" a "B %", "15.00" a "Time" e "5.0" a "B %" in sequenza.
        Nota: Eseguire l'analisi di 5mC e 5hmC singolarmente a causa delle condizioni di separazione diversa di UHPLC.
    4. Costruire i parametri della temperatura del vano colonna (TCC) in UHPLC.
      Fare clic su "TCC | Installazione | temperatura (a sinistra) "e"30 ° C"in ingresso.
    5. Stabilire i parametri di QQQ-MS/MS.
      1. Fare clic su "MS QQQ | Fermare il tempo | No limite/come pompa"," sorgente di ioni | ESI"," tempo di filtraggio | Larghezza del picco: 0,07 min ". Impostare "segmenti di tempo: ora di inizio: 0"; "Tipo di scansione: MRM"; "Valore Div: ms"; "Delta EMV (+): 200" e "Delta EMV (-): 0".
      2. Costruire i parametri di monitoraggio le transizioni di 5mC, D3-5mC, dC, 5hmC e D3-5hmC
        1. Fare clic su "MS QQQ | Acquisizione | Segmenti di scansione: abitare: 90"; "Fragmentor: 90"; "Energia di collisione: 5"; "Acceleratore tensione di cella: 4" e "polarità: positivo".
        2. Input "5mC" a "Compound nome", "242" alle "Precursore Ion", "126" al "Prodotto Ion" per l'analisi di 5mC. Cliccare col tasto destro e selezionare "Add row" per aggiungere una nuova riga. Ingresso "D3-5mC" alle "Compound nome", "245" alle "Precursore Ion", "129" al "Prodotto Ion" per D3-5mC analisi.
        3. Un altro supplemento tre righe utilizzando la stessa modalità. Ingresso "dC" a "Compound nome", "228" alle "Precursore Ion", "112" al "Prodotto Ion" per l'analisi di dC. Input "5hmC" a "Compound nome", "258" alle "Precursore Ion", "142" al "Prodotto Ion" per l'analisi di 5hmC. Ingresso D3-5hmC a nome Compound, "261" alle "Precursore Ion", "145" al "Prodotto Ion" per D3-analisi di 5hmC.
      3. Costruire i parametri della sorgente del gas. Fare clic su "MS QQQ | Fonte | Parametri di origine: Gas Temp: 300 ° C "; "Flusso del gas: 11 L/min"; "Nebulizzatore: 15 psi"; "Positivo-capillare: 3500 V".
      4. Salvare il metodo proposto. Fare clic su "MS QQQ | Strumento | Metodo come Save". Selezionare un percorso per il metodo proposto da "Directory" e dare un nome per il metodo inserendo il contenuto nel "Metodo", ad esempio: analisi 5mC e 5hmC.
  2. Separazione UHPLC e analisi di MS/MS di mononucleosides
    1. Preparare la fase mobile per 5mC e citosina (C) analisi: formare la fase mobile di soluzione A e B. soluzione a: 500 mL di acqua ultrapura con 500 µ l di acido formico (concentrazione finale: 0,1%) e la soluzione b: 500 mL di metanolo al 100%. Mescolare la soluzione A e B alle 95: 5 (v: v) come fase mobile per eluire 5mC e C (impostato nel passaggio 6.1.3.3). Impostare la portata a 0,25 mL/min (impostato nel passaggio 6.1.3.1).
    2. Preparare la fase mobile di solvente A e B per l'analisi di 5hmC. A solvente è 2,0 mM NH4HCO3 acquoso soluzione (pH 9.0) (500 mL), ed è solvente B al 100% di metanolo (500 mL). 5hmC separata da un'eluizione di pendenza ottimizzata: 0-3 min, 95% e 5,0% B una (v: v); 3-6 min, 15,0% B e 85% A; 6-10 min, 100% B; 10-15 min, 5,0% B e 95% A (impostato nel passaggio 6.1.3.4). Impostare la portata a 0,25 mL/min (impostato nel passaggio 6.1.3.1).
  3. Utilizzare electrospray MS/MS con modalità di gestione record di messaggistica (impostata nel passaggio 6.1.5.1) per analizzare l'eluizione dalla colonna e adottare la modalità ioni positivi (impostata nel passaggio 6.1.5.2.1).
    1. Monitorare le transizioni: 5mC, m/z 242→126 (energia di collisione, 5 eV); [D3]-5mC, 245→129 m/z (5 eV); dC, 228→112 m/z (5 eV); 5hmC, 258→142 m/z (5 eV); [D3]-5hmC, 261→145 m/z (5 eV) (impostato nel passaggio 6.1.5.2.2).
    2. Impostare le tensioni capillare e frammento a +3,500 V (impostato nel passaggio 6.1.5.3) e 90 V (impostato nel passaggio 6.1.5.2.1), rispettivamente.
    3. Impostare il volume di iniezione a 5 µ l e analizzare ciascun campione 3 volte (impostati nel passaggio 6.1.2). Impiegare le corrispondenti curve standard per valutare la quantità di 5mC e 5hmC.
      1. Tracciare la curva standard della 5mC: trasferire 1 – 50 nM (1, 5, 10, 20, 50 nM, concentrazione finale) soluzione standard di 5mC nella centrifuga tubi e aggiungere 50 nM [D3]-5mC ai tubi. Supplemento il volume totale da 50 µ l. eseguire l'analisi di standard 5mC seguendo le istruzioni per il campione di 5mC (passo 6).
      2. Costruire la curva standard di 5hmC: trasferire 1 – 20 nM (1, 2, 5, 10, 20 nM, concentrazione finale) soluzione standard di 5hmC per provette da centrifuga e aggiungere 3 nM [D3]-5hmC ai tubi. Supplemento il volume totale da 50 µ l. eseguire l'analisi di standard 5hmC seguendo le istruzioni per l'esempio di 5hmC (passaggio 6).

7. analizzare la significatività statistica

  1. Eseguire l'analisi statistica utilizzando il software.
    1. Aprire il software e selezionare "Colonna" in "nuova tabella e grafico". Impostare i parametri come segue: "dati di esempio | Inizio con una tabella dati vuota"; "Scegliere un grafico, la prima modalità"; "Graphing replicati o barre di errore | Trama | Dire con SEM".
    2. Clicca su "Crea" per inserire i tre replicati del gruppo Vc/PD0325901-trattati e di controllo nella riga "A" e "B", rispettivamente. Selezionare i dati di sei e fare clic su "Analyze" in "Analisi".
    3. Selezionare"t test (e i test non parametrici)" in "Analisi di colonna" e fare clic su "OK" per accedere all'interfaccia successiva.
    4. Impostare i parametri come segue: "Scegli prova | Nome del test | Test di spaiato t ; Opzioni | Due code"; "Intervalli di confidenza: 95%"; "Cifre significative | Visualizza 4 cifre significative". Fare clic su "OK" per acquisire il valore di p tra il trattamento di controllo e Vc/PD0325901.
  2. Valutare la significatività statistica tra il controllo e i gruppi sperimentali che impiegano due code e spaiata dello studente t-16di prova.
    Nota: p < 0,05 denota la differenza che possiede la significatività statistica. * p < 0,05, * * p < 0.01, * * * p < 0,001.

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Risultati

VC/PD0325901 indotto sinergicamente la cancellazione globale delle cellule di topo ES. Cellule di topo ES in siero esibiscono ipermetilazione del DNA, mentre le cellule pluripotenti ICM e PGC mostrano la cancellazione globale di metilazione del DNA e lo stato di ipometilato è associato molto attentamente con loro pluripotenza9,10.

In precedenza, noi ed altri trovato che ...

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Discussione

Nel lavoro, abbiamo dimostrato un metodo novello di combinando Vc e PD0325901 per sostenere le cellule di topo ES a uno stato indifferenziato e ipometilato, che è stato raggiunto da un'azione sinergica di promuovere la demetilazione del DNA di Vc e soppressione de novo del DNA metilazione di PD0325901. Inoltre, cellule di topo ES ha mostrato grande morfologia sotto il sistema di coltura Vc/PD0325901.

Per meglio sostenere lo stato di cellule di topo ES nel sistema Vc/PD0325901 cultura,...

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Dichiarazioni

Gli autori non divulgare nessun potenziali conflitti di interesse.

Ringraziamenti

Questo lavoro è stato supportato da National Foundation Natural Science of China (21435008 e 21327006 di H.W.) e il programma di ricerca di priorità strategica dell'Accademia cinese delle scienze (XDB14030200 di H.W.).

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Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo
NomeAziendaNumero di catalogoCommenti
fetale siero bovino Australia fonteCorning35-076-CVComponente del terreno delle cellule ES di topo
DMEM/alto glucosioHycloneSH30022Componente del terreno delle cellule ES di topo
LIFMilliporeESG1107Componente del mezzo delle cellule ES di topo
non essenziali (NEAA)Gibco11140050Componente del terreno
piruvato di sodioGibco11360070Componente del terreno a cellule ES di topo
L-glutamminaGibco25030081streptomicina media a cellule ES di topo
, Gibco15140122Componente del terreno a cellule ES di topo
, PBSSigmaP5493Cellule di risciacquo
tripsinaHyclone, SH30042Dissociazione cellulare
gelatinaSigma48722Rivestimento piatti
PD0325901Stemolecule04-0006-10prodotto chimico a piccole molecole per colture cellulari
CHIR99021Stemolecule04-0004prodotto chimico a piccole molecole per colture cellulari
vitamina CSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd XW00508171prodotto chimico a piccole molecole per colture cellulari
Sistema di purificazione dell'acqua Ultra BiosciencePurelabUltraUltra water
DMSOSigmaD8418Centrifugatore per mezzo di congelamento cellulare
Eppendorf5427Rper l'estrazione di DNA e proteine
SigmaP8340Componente del tampone
Inibitore della proteasi PMSFThermoFisher Scientific36978Componente del tampone RIPA
DTTSigma43815Componente del tampone RIPA
EGTASigmaE3889Componente del tampone RIPA
Kit di purificazione del DNA genomicoPromegaA1125Estrazione genomica del DNA
NanoDrop 2000ThermoFisher ScientificNanoDrop 2000Determinazione della concentrazione di DNA
fosfatasi intestinale di vitelloNew England BiolabsM0290Digestione del DNA
DNasi INew England BiolabsM0303Digestione del DNA
serpente fosfodiesterasi ISigmaP4506Digestione del DNA
Nanosep 3K OmegaPallOD003C35filtrazione del sistema
DNA 1290 UHPLCAgilent separazione UHPLC1290
G6410BAgilentG6410BAnalisi MS/MS
Colonna Zorbax Eclipse Plus C18Agilent Capsula Zorbax Eclipse Plusper la separazione UHPLC
5-metilcitosinaSolarbio Life SciencesSM8900 standard 5mC
5-idrossimetilcitosina (standard)Toronto Research ChemicalsM295900standard 5hmC
Prdm14 anticorpobioworldBS7634Western blot analysis-anticorpo primario
Dnmt3abioworldBS6587Western blot analysis-anticorpo
primario Dnmt3b anticorpoabcam ab13604Western blot analysis-anticorpo primario
Anticorpo Dnmt3labcamab3493Analisi Western blot-anticorpo
primario Anticorpo Dnmt1abcamab13537Analisi Western blot-anticorpo primario
β-tubulinabioworldBS1482MHAnalisi Western blot-anticorpo primario
capra anti-coniglio IgGabcamab6721Analisi Western blot-anticorpo secondario
capra anti-topo IgGabcamab6789Analisi Western blot-anticorpo secondario
TrizolInvitrogen15596-026estrazione dell'RNA
PromegaA3500Trascrizione inversa dell'RNA
GoTaq qPCR Master MixPromegaA6001RT-PCR
StemTAG kit per la colorazione e il test dell'attività della fosfatasi alcalinaCellule Biolabs, Inc.CBA-302  analisi della colorazione della fosfatasi alcalina
cellule ES di topo: WT, 129 SvEvFornito dal professor Guoliang Xu (Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, Cina)ceppo cellulare di cellule ES di topo
microscopioZeissLSM510osservazione delle cellule
GraphPad Prism 5.0GraphPad Prism Software Inc.Analisi statistica5.0
aminoacidi delle cellule ES del topo, Componente della soluzione di penicillina , , , Cocktail di inibitori della proteasi RIPA veleno di digerito Spettrometro di massa a triplo quadrupolo a Sistema di trascrizione inversa per

Riferimenti

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