$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Con l'avvento dei citometri a flusso in grado di misurare un numero crescente di parametri, gli scienziati continuano a sviluppare pannelli più grandi per esplorare fenotipico caratteristiche dei loro campioni cellulari. Tuttavia, questi progressi tecnologici rendimento alto-dimensionali insiemi di dati che sono diventati sempre più difficili da analizzare obiettivamente all'interno dei tradizionali programmi gating basati su manuale. Al fine di meglio analizzare e presentare i dati, gli scienziati collaborano con bioinformatici con competenze in analisi dei dati alto-dimensionali per analizzare i dati di citometria a flusso. Mentre questi metodi hanno dimostrati di essere altamente utile nello studio della citometria a flusso, devono ancora essere incorporato in un pacchetto semplice e facile da usare per gli scienziati che non hanno competenze di programmazione o computazionale. Per soddisfare questa esigenza, abbiamo sviluppato ExCYT, una base di MATLAB utente interfaccia grafica (GUI) che semplifica l'analisi dei dati di cytometry di flusso alto-dimensionali implementando comunemente impiegate tecniche analitiche per l'inclusione di dati alto-dimensionali riduzione di dimensionalità di t-SNE, una varietà di metodi di clustering automatizzati e manuali, heatmaps e flusso alto-dimensionali romanzo trame. ExCYT fornisce inoltre opzioni Gate tradizionali delle popolazioni selezionate di interesse per ulteriore t-SNE e analisi, nonché la possibilità di applicare cancelli direttamente su t-SNE appezzamenti di clustering. Il software offre l'ulteriore vantaggio di lavorare con entrambi compensata o non compensata FCS file. Nel caso in cui è richiesta la compensazione post-acquisizione, l'utente può scegliere di fornire il programma in una directory di singole macchie e un campione senza macchia. Il programma rileva eventi positivi in tutti i canali e utilizza questi dati selezionare per calcolare più obiettivamente la matrice di compensazione. In sintesi, ExCYT fornisce una pipeline di analisi completa per prendere la citometria a flusso di dati sotto forma di file di FCS e consentire qualsiasi individuo, indipendentemente dalla formazione computazionale, di utilizzare i più recenti metodi algoritmici nella comprensione dei propri dati.