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Research Article
Jiangqu Liu*1, Takaaki Sokabe*2,3, Craig Montell1
1Neuroscience Research Institute and Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology,University of California, Santa Barbara, 2Division of Cell Signaling, National Institute for Physiological Sciences,National Institutes of Natural Sciences, 3Thermal Biology Group, Exploratory Research Center on Life and Living Systems,National Institutes of Natural Sciences
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Qui, presentiamo un protocollo per determinare la temperatura ambientale preferita delle larve di Drosophila utilizzando un gradiente termico continuo.
Molti animali, tra cui la Mosca della frutta, Drosophila melanogaster, sono in grado di discriminare minuscole differenze nella temperatura ambientale, che permette loro di cercare il loro paesaggio termale preferito. Per definire le preferenze di temperatura delle larve in un definito intervallo lineare, abbiamo sviluppato un'analisi usando un gradiente di temperatura. Per stabilire un gradiente di singolo-direzionale, due blocchi di alluminio sono collegati ai bagni di acqua indipendenti, ognuno dei quali controlla la temperatura dei singoli blocchi. I due blocchi impostare i limiti superiori e inferiori della sfumatura. Il gradiente di temperatura viene stabilito dall'immissione una piastra di alluminio rivestite su agarosio sopra i due blocchi d'acqua controllato in modo che la piastra si estende la distanza tra di loro. Le estremità della piastra in alluminio che è situato in cima ai blocchi d'acqua definisce le temperature minime e massime, e le regioni-tra i due blocchi formano una sfumatura lineare di temperatura. Il dosaggio di sfumato può essere applicato alle larve di diversa età e può essere utilizzato per identificare i mutanti che presentano fenotipi, come quelli con mutazioni a carico di geni che codificano per canali TRP e opsine, che sono necessari per la discriminazione di temperatura.
Termotassi sono impiegato dagli animali mobili per selezionare un ambiente con condizioni più favorevoli1,2,3. Se il clima è troppo caldo o troppo freddo, questo comportamento è vitale per la sopravvivenza. Inoltre, molti animali sono sensibili alle differenze molto piccole di temperatura nella gamma confortevole e cercano un ambiente con una temperatura ideale. Questo è di particolare importanza per gli organismi pecilotermi come mosche della frutta, che equilibrare la loro temperatura corporea con l'ambiente. Saggi per monitorare termotassi larvali sono stati strumentali nell'individuare e chiarire i ruoli di sensori molecolari come Drosophila transitoria potenziale del ricevitore (TRP) canali4,5,6, Rhodopsins7,8e ionotropici recettore recettori (IRs)9, che dotare questi animali con le sensibilità di temperatura negli intervalli di temperatura diversi.
Un test a scelta a due vie fornisce un approccio per lo studio termiche preferenze in larve6,7. L'analisi comporta che istituisce due zone di temperatura distinte e permette agli animali di selezionare un lato rispetto a altro. I risultati dalle prove di scelta bidirezionale possono essere robusti, soprattutto se le differenze di temperatura tra le due opzioni sono grandi. Inoltre, poiché ogni dosaggio comporta tabulando solo due gruppi, i dati possono essere espresso come un indice semplice preferenza. La facilità e la semplicità di analisi scelta bidirezionale sono anche suscettibili di schermi genetici. Tuttavia, una limitazione importante è che molti esperimenti sono necessari per stabilire la temperatura preferita degli animali wild-type o mutanti.
Un'analisi di gradiente offre la possibilità di stabilire la temperatura preferita in una sola analisi8. Inoltre, a differenza del test a scelta a due vie, permette la valutazione della distribuzione di un gruppo di animali, quando si confronta con una serie continua di temperature. Un gradiente test utilizza una capsula di Petri e singoli animali ed è adatto per caratterizzare il comportamento dettagliato dei singoli animali10. Tuttavia, poiché le capsule di Petri sono rotondi, le dimensioni delle zone di temperatura variano e sono progressivamente più piccole a seconda della distanza dal centro. Pertanto, questa configurazione non è ideale per monitorare le selezioni di temperatura delle popolazioni di animali.
Un apparato di gradiente termico continuo che ben si adatta per valutare le preferenze di temperatura dei gruppi delle larve impiega un'arena rettangolare ed è descritto qui. L'apparato è semplice da costruire e assemblare. Inoltre, la sfumatura è lineare ed è flessibile in quanto può essere utilizzato per valutare la termotassi sopra ampi range di temperatura da 10 ° C a 42 ° C. Il dosaggio è rapido e semplice da eseguire e produce dati riproducibili. Oltre a segnalare la temperatura favorita delle larve, rivela le preferenze della popolazione degli animali nel corso di un'intera gamma lineare in un singolo esperimento. A causa di questi vantaggi, è una scelta eccellente per l'identificazione dei geni richiesti per la termotassi.
1. le attrezzature fabbricazione e montaggio apparecchi per analisi di gradienti
2. larvale sincronizzazione
3. installazione gradiente di temperatura
4. lavaggio e raccolta larvale
5. analisi e calcolo
Per stabilire un singolo 18 ° C - 28 ° C-direzionale gradienti, abbiamo impostato le temperature dei due bagni a 16,8 ° C e 31 ° C. Otteniamo le temperature a 13 punti misurando la temperatura a 26 posizioni all'interno di porzioni superiore ed inferiore di tutte le 6 zone, le linee di confine tra le zone e alle estremità della superficie del gel di agarosio (Figura 2, 2E). La distribuzione di temperatura lungo il gradiente era quasi lineare (Y = 0,9672 * X + 16,19, R2 = 0.9961) (Figura 2E).
Abbiamo analizzato le preferenze di temperatura delle larve di controllo (w1118) alle varie età. 1st (24 ± 1,5 h AEL), 2nd (48 ± 1,5 h AEL) e primi 3rd larve (72 ± 1,5 h) ha mostrato i picchi nella zona di 24 ° C (Figura 3A, B). Le preferenze di temperatura cambiate durante 3rd instar sviluppo larvale. La percentuale maggiore di metà-3rd instar (96 ± 1,5 h AEL) accumulato nella zona di 18 ° C (Figura 3A, B), e questa polarizzazione aumentato con l'età. Tra tardo-3rd instar larve (pre-arrampicata; 120 ± 1,5 h AEL), ~ 50% raggruppati nella zona di 18 ° C, e la selezione di questa temperatura era ~ 4 volte superiore rispetto all'area adiacente 20 ° C (zona di 18 ° C, 50,2%; zona di 20 ° C, 15,1%; Figura 3A B). La propensione ad accumularsi nella zona di 18 ° C in w1118 non era dovuta ad un effetto di bordo poiché il tardo-3rd instar larve ancora accumulate nella zona di 18 ° C, utilizzando un gradiente di temperatura bidirezionale (Figura 3E, F ).
Abbiamo testato anche tardo-3rd instar larve (120 ± 1,5 h AEL) con le mutazioni in geni richiesti per discriminare le differenze di temperatura nella gamma confortevole. Questi includono trpA1, che è richiesto per la selezione di temperatura normale nel 18 ° C - 24 ° C gamma5,7,8. Larve con una mutazione nulla in trpA1 (trpA11) distribuiscono ugualmente sopra l'intero 18 ° C-28 ° C gradiente (Figura 3). Larve mancanti solo le isoforme A e B (trpA1-ABG4) o le isoforme di C e D (trpA1-CDG4) inoltre mostrano i danni severi (Figura 3). Mosche codificano due isoforme di fosfolipasi Cβ (PLC21C e NORPA) e le mutazioni che interessano norpA (norpAP24) ma non plc21c (plc21cP319) anche disturbare accumulo tra i 18 ° C ( Figura 3D).

Figura 1. Apparato per eseguire il dosaggio di gradiente di temperatura unidirezionale. (A) un alluminio prova piastra utilizzata per analizzante comportamento larvale termotassi. Le 13 linee nere nella parte superiore e inferiore demarcare 12 zone (10 mm). Il fondo del piatto è anodizzato con vernice nera così che è più facile visualizzare le larve. (B) dimensioni della piastra in alluminio (indicata in mm). La dimensione esterna della piastra in alluminio è 140 x 100 x 9 mm. La dimensione interna della piastra in alluminio è 130 x 90 x 8 mm. Le delimitazioni sono separate da 10 mm. La delimitazione di prima e l'ultima è 5 mm dai bordi dell'area dell'interno della piastra. Home Page (C) e una vista laterale di uno dei blocchi di alluminio utilizzati per controllare la temperatura della sfumatura. Il blocco ha due connettori usati per collegare ai tubi di silicone, che si collegano a un bagno d'acqua. (D) dimensioni di un blocco di alluminio. La dimensione esterna del blocco in alluminio è 255 x 50 x 14 mm. Il diametro del percorso dell'acqua interna è di 7 mm. Due connettori di 30 mm a sinistra connetterti con tubo in silicone che si estende a bagno d'acqua. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2. Configurazioni di gradiente dosaggio singolo e bidirezionale. (A) il setup gradiente unidirezionale con due piastre di dosaggio di alluminio su due blocchi di alluminio. Le temperature dei blocchi in alluminio sono controllate da circolazione di acqua da due bagni. (B) la disposizione dei tre blocchi di alluminio, bagni di acqua e un piatto di alluminio (250 x 220 mm) per una sfumatura bidirezionale. I blocchi di destro e sinistro sono collegati a bagno d'acqua stessa e il blocco centrale è connesso ad altri bagno d'acqua. La piastra di dosaggio di alluminio è avvolto con del nastro adesivo per formare un muro di 10 mm per contenere l'agarosio all'1%. (C) posizioni per controllare le temperature (indicate da puntini) e rilasciare larve sulla piastra. Prima di iniziare un esperimento, controllare la temperatura in due punti all'interno di ogni zona per confermare che il gradiente di temperatura lineare desiderato è stato stabilito. Le larve vengono rilasciate entro la zona indicata vicino al midline. Le larve vengono conteggiate all'interno di ciascuna delle zone di 2 cm. (D) posizioni per controllare temperature (indicate da punti) e le zone di rilascio per le larve su un gradiente bidirezionale. Un numero uguale di larve vengono rilasciato lungo la linea mediana di ciascuna metà della sfumatura bidirezionale. I numeri delle larve sono contati in ognuna delle 10 (2cm) zone. Un tipico insieme di temperature (18 ° C - 26 ° C) sulla superficie dell'agarosi è indicato. (E) le temperature misurate lungo le linee di confine e mediane di ciascuna zona in una sfumatura di unidirezionale del campione. I dati rappresentano le temperature medie ± SD. n = 8 saggi (150 ± 50 larve/dosaggio). Parti di questa figura sono riportati da Sokabe et al. 8 con lievi modifiche. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3. Risultati rappresentativi utilizzando dosaggi di gradiente unidirezionale e bidirezionale. (A, B) Percentuali medie di larve in 6 zone sul gradiente unidirezionale. I dati comprendono 3rd instar larve degli orari indicati dopo (AEL) la deposizione delle uova. n = 6-7. Le barre di errore in un rappresentano valori. (C) termica distribuzioni del pre-arrampicata tardo-3rd instar larve di controllo (w1118) e trpA1 mutanti sul gradiente unidirezionale. n = 3-4. Le barre di errore rappresentano valori. (D) distribuzioni termiche delle larve instar tardo-3rd di controllo (w1118) e mutanti PLCβ sul gradiente unidirezionale. n = 4-6. Le barre di errore rappresentano valori. (E) distribuzione rappresentativo delle pre-arrampicata, tardo-3rd larve instar (w1118) sul gradiente bidirezionale. Le zone di dosaggio destro e sinistro sono indicate da linee tratteggiate e separate dalla zona no-conteggio nel centro (area ombreggiata). (F) percentuale di pre-arrampicata tardo-3rd instar larve (w1118) in ciascuna zona lungo il gradiente termico. Le larve sono state collocate nella parte sinistra e destra rilascia zone. Le zone di dosaggio sono separate da una zona di no-conteggio di 3 cm nel centro e le distribuzioni sono calcolate in modo indipendente. Le barre di errore rappresentano SEMs. n = 3 saggi (larve/dosaggio di 200-400). Parti di questa figura sono riportati da Sokabe et al. 8 con lievi modifiche. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
| Ore AEL | Stadio larvale |
| 24 | 1st instar |
| 48 | 2nd instar |
| 72 | Primi 3rd instar |
| 96 | Metà-3rd instar |
| 120 | Tardo-3rd instar, appena prima di salire la fase |
Tabella 1. Il rapporto tra le ore dopo (AEL) la deposizione delle uova e stadi larvali.
| Gradiente di temperatura sulla piastra di agarosio (pendenza) | Temperature di bagni d'acqua | Temperature di blocchi di alluminio |
| 10.0-25,0 ° C (1,5 ° C/cm) | ~6.5-7°C/~28.5°C | ~8.5°C/~26.8°C |
| 18.0-28,0 ° C (1° C/cm) | ~16.8°C/~31.0°C | ~17.8°C/~29.7°C |
| 14.0-34,0 ° C (2° C/cm) | ~10.0°C/~40.0°C | ~11.8°C/~36.8°C |
| 12.5-42,0 ° C (2,95 ° C/cm) | ~7.0°C/~55.0°C | ~9.4°C/~49.4°C |
Tabella 2. Gradienti di temperatura tipici e le corrispondenti temperature dei bagni di acqua e blocchi di alluminio per le singole sfumature direzionale.
| Gradiente di temperatura sulla piastra dell'agarosi | Temperature di bagni d'acqua | Temperature di blocchi di alluminio |
| 22/10/22 ° C (1,5 ° C/cm) | ~5.0°C /~25.0°C | ~7.5°C/~24.0°C |
| 26-18-26 ° C (1° C/cm) | ~15.8°C /~30.6°C | ~16.9°C/~28.4°C |
| 30-14-30 ° C (2° C/cm) | ~8.5°C /~36.4°C | ~10.9°C/~32.8°C |
| 36-12,5-36 ° C (2,95 ° C/cm) | ~5.0°C /~47.2°C | ~7.9°C/~40.9°C |
Tabella 3. Gradienti di temperatura tipici e le corrispondenti temperature dei bagni di acqua e blocchi di alluminio per le sfumature bidirezionale.
| Età larvale (AEL) | Tempo di dosaggio (singolo direzionale) | Tempo di dosaggio (bidirezionale) |
| 24 h | 30 min | 35 min |
| 48 h | 22 min | 27 min |
| 72 h | 16 min | 21 min |
| 96 h | 13 min | 18 min |
| 120 h | 10 min | 15 min |
Tabella 4. Diverse età larvale (AEL) e i tempi di test corrispondenti.
Gli autori non hanno nulla a rivelare.
Qui, presentiamo un protocollo per determinare la temperatura ambientale preferita delle larve di Drosophila utilizzando un gradiente termico continuo.
C.M. è supportato da finanziamenti da nia (EY008117, EY010852), NIDCD (DC007864, DC016278) e il NIAID (1DP1AI124453).
| Apparecchio per saggi a gradiente | |||
| PolyScience 9106, Bagno circolante refrigerato/riscaldato da 6 litri | Thomas Scientific | 9106 | Questo modello è fuori produzione. I modelli sostitutivi aggiornati includono: 1186R00 e 1197U04 per 120 V, 60 Hz, o 1184L08 e 1197U04 per 240 V, 50 Hz. |
| Piastra di analisi in alluminio (per gradiente unidirezionale) | Dimensioni esterne: 14 x 10,1 x 0,9 cm, dimensioni interne: 12,9 x 8,7 x 0,8 cm, anodizzato nero. | ||
| Piastra in alluminio (per gradiente bidirezionale) | 25 x 22 x 0,2 cm, anodizzata nera. | ||
| Dimensioni | esterne: 25,5 x 5 x 1,4 cm, i parametri dei canali interni sono mostrati nella Figura 1D. | ||
| Connettore per blocchi e tubi in alluminio | McMaster-Carr | 91355K82 | |
| Tygon Tubi in silicone sanitario | Tygon | 57296 | 1/4" ID x 3/8" OD x 1/16" wall |
| Name | Company | Numero di catalogo | Comments |
| Articoli e reagenti per assay | |||
| Pestle | USA Scientific | 17361 | Pestello per provette da microcentrifuga da 1,5 mL |
| Termometro | Fluke | 51II | |
| Termocoppia | Fluke | tipo | K |
| Coperchio universale per micropiastre | Corning | 6980A77 | |
| piatto da 35 mm | Corning | 9380D40 | |
| Nastro per etichettatura (per gradiente bidirezionale) | Fisher Scientific | 15-951 | Fisherbrand Nastro per etichettatura 2 pollici x 14 yds |
| Agarosio | Invitrogen | 16500500Preparare una soluzione all'1% | |
| Saccarosio | Sigma | S0389-5KG | Preparare una soluzione al 18% subito prima di iniziare il test |
| Pennello | Fisher Scientific | 11860 | |
| Provette | da centrifuga da 50 mlDenville | C1062-P | |
| Scoopula | Fisher Scientific | 14-357Q | |
| 500 mL flacone rotondo a bocca larga | Pyrex | 1395-500 | |
| Filtro cellulare (poro 300 mm) | PluriSelect | 43-50300 | Articolo opzionale per il lavaggio delle larve |
| Scatola di cartone (vassoio per fiale) | Genesee Scientific | FS32-124 | |
| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Comments |
| Drosophila food | |||
| Acqua | distillata | 22.400 ml | |
| Farina di mais, gialla (maglia extra fine, floccata) 20 kg | LabScientific Inc. | NC0535320 | 1.609 g |
| Lievito di birra 100 libbre | MP Biomedicals | ICN90331280 | 379 g |
| NutriSoy® Farina di soia (10 kg/unità) | Genesee Scientific | 62-115 | 221 g |
| Drosophila Agar, Tipo II (5 kg) | Genesee Scientific | 66-103 | 190 g |
| Sciroppo di mais leggero Karo | Karo | 1.700 mL | |
| Metil 4-idrossibenzoato (sospendere in etanolo 200 proof) | Sigma Aldrich | H5501-5KG | 72 g/240 mL |
| Acido propionico puriss. p.a., >99,5% (GC) | Sigma Aldrich | 81910-1 L | 108 mL |
| Acido fosforico Reagente ACS, ≥ 85 % in peso in H2O | Sigma Aldrich | 438081-500 mL | 8,5 mL |