Studiare il regolamento del fagosoma richiede metodi che sono in grado di quantificare con precisione l'assorbimento delle cellule apoptotiche e per sondare i processi di segnalazione e cellulari che controllano fagosoma. Questa quantificazione può essere difficile da eseguire, come le cellule apoptotiche sono spesso efferocytosed frammentario, così necessitando metodi che possono delineare con precisione fra la parte di efferocytosed di un target di apoptotic contro residuo unengulfed cellulare frammenti. L'approccio descritto nel presente documento utilizza approcci dual-etichettatura per quantificare con precisione la dinamica della capacità fagosoma ed efferocytic di efferocytes quali i macrofagi. Il citosol della cellula apoptotica è marcati con un colorante di cella-tracking per abilitare il monitoraggio di tutti i materiali di derivati da cellule apoptotiche, mentre superficie biotinilazione della cellula apoptotica consente una differenziazione tra interiorizzata e non interiorizzato frazioni di cellule apoptotiche. La capacità di efferocytic di efferocytes è determinata prendendo immagini fluorescenti delle cellule dal vivo o fisse e quantificare l'importo limite contro bersagli interiorizzati, come differenziato dalla macchiatura streptavidina. Questo approccio offre diversi vantaggi rispetto a metodi quali la citometria a flusso, vale a dire la precisa delineazione di non efferocytosed contro efferocytosed apoptotica frazioni cellulari, la capacità di misurare efferocytic dinamica da microscopia di cellule vive e la capacità di eseguire studi di segnalazione cellulare in cellule che esprimono transgeni fluorescente etichettati. I metodi descritti in questo protocollo combinato, servono come base per un approccio sperimentale flessibile che può essere utilizzato per quantificare con precisione efferocytic attività e interrogare le vie di segnalazione cellulare attive durante fagosoma.