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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Un'analisi di ATP-misurazione semplice e live/dead metodo di colorazione sono stati usati per quantificare e visualizzare le gonorree di Neisseria sopravvivenza dopo il trattamento con ceftriaxone. Questo protocollo può essere esteso per esaminare gli effetti antimicrobici di qualsiasi antibiotico e può essere utilizzato per definire la concentrazione inibitoria minima di antibiotici in biofilm batterici.
L'emergere di resistenti agli antibiotici Neisseria gonorrhoeae (GC) è una minaccia per la salute in tutto il mondo e mette in evidenza la necessità di identificare gli individui che non riescono di trattamento. Questo batterio gram-negativo causa gonorrea esclusivamente in esseri umani. Durante l'infezione, è in grado di formare aggregati e/o biofilm. Il test di concentrazione inibitoria minima (MIC) è utilizzato per determinare la suscettibilità agli antibiotici e di definire il trattamento adatto. Tuttavia, il meccanismo di eradicazione in vivo e la sua relazione ai risultati di laboratorio non sono noti. È stato sviluppato un metodo che esamina come aggregazione di GC influisce sulla sensibilità agli antibiotici e illustrata la relazione tra dimensioni di aggregazione e di sensibilità agli antibiotici. Quando aggregato GC, sono più resistenti agli antibiotici uccisione, con batteri nel centro della sopravvivenza ceftriaxone trattamento meglio di quelli in periferia. I dati indicano che l'aggregazione di N. gonorrhoeae può ridurre la sua suscettibilità a ceftriaxone, che non trova riscontro utilizzando i metodi MIC basati su piastra di agar standard. Il metodo utilizzato in questo studio permetterà ai ricercatori di testare la suscettibilità batterica in condizioni clinicamente rilevanti.
La gonorrea è che una comune infezione (STI)1trasmesse per via sessuale. Neisseria gonorrhoeae (GC), un batterio gram-negativo diplococcal, è l'agente eziologico di questa malattia. I sintomi dell'infezione genitale possono provocare dolore durante la minzione, dolore genitale generalizzato e scarico uretrale. L'infezione è spesso asintomatica2,3,4,5, e in questo modo estesa colonizzazione. Queste infezioni non trattate sono un problema sanitario importante, come hanno il potenziale per facilitare la trasmissione dell'organismo e questo può portare a complicazioni come la malattia infiammatoria pelvica (PID) e diffuso l'infezione gonococcica (DGI)6. Gonorrea resistente agli antibiotici è una crisi di salute pubblica e un crescente onere socio-economico7. Ridotta sensibilità alle cefalosporine ha provocato il cambiamento di regime di trattamento da un singolo antibiotico a duplice terapia, che combina azitromicina o doxiciclina con ceftriaxone8. Il guasto aumentato di ceftriaxone e azithromycin9,10, in combinazione con le infezioni asintomatiche, evidenzia l'esigenza di comprendere gli insuccessi del trattamento di gonorrea.
La prova di concentrazione inibitoria minima (MIC), tra cui agar diluizione e disco test di diffusione, è stata usata come la prova medica standard per l'identificazione di resistenza ad un antibiotico. Tuttavia, non è chiaro se il MIC test riflette la resistenza antibiotica batterica in vivo. La formazione di biofilm batterici contribuisce alla sopravvivenza di batteri in presenza di concentrazioni battericide di antibiotico: il MIC Test è in grado di rilevare questo effetto11. Perché GC può formare biofilm su superfici mucose12, possiamo ipotizzare che tale antibiotico suscettibilità all'interno di aggregati sarebbe diverso da quello visto in GC individuali. Inoltre, gli studi hanno indicato che la proteina molecole di superficie variabile, Pili, opacità (Opa) a tre fasi, e lipooligosaccharides (LOS), che regolano le interazioni inter-batterio, portare a diversi aggregati di dimensioni13, 14 , 15. il contributo di questi componenti di resistenza agli antibiotico non è stato esaminato a causa della mancanza di metodi adeguati.
Attualmente, ci sono diversi metodi per misurare l'eradicazione biofilm. Il metodo quantitativo più ampiamente usato è misurando i cambiamenti nella biomassa usando cristalvioletto macchiatura16. Tuttavia, il metodo richiede significativi manipolazione sperimentale, che potenzialmente possa generare errori in esperimento ripetizioni17. Il metodo di macchiatura live/dead qui utilizzato permette la visualizzazione di batteri vivi e morti e loro distribuzione all'interno del biofilm. Tuttavia, la struttura di biofilm può rappresentare come una barriera fisica che riduce la penetrazione della tintura. Pertanto, per quantificare i batteri vive/morte all'interno di un gruppo, la colorazione è limitata a piccole biofilm oppure il suo precursore-microcolonies o aggregazioni. Altri metodi, compreso le prove di diffusione agar diluizione e disco, non sono in grado di misurare gli effetti dell'aggregazione. Per esaminare la suscettibilità di GC all'interno di aggregazione dopo esposizione agli antibiotici, un metodo ideale avrebbe bisogno di avere entrambi un dosaggio quantitativo che può misurare batteri vivi e visualizzare la loro distribuzione.
La procedura qui descritta combina una misurazione di ATP-utilizzazione e un live/dead colorazione dosaggio a quantitativamente ed esaminare visivamente la suscettibilità di GC all'interno di aggregati in presenza di antibiotici.
1. generale manutenzione dei ceppi di GC
2. quantificazione di attuabilità delle aggregazioni di GC
3. analisi microscopiche fluorescenza di Live/Dead degli aggregati di GC
4. analisi di immagine
Due metodi sono stati impiegati: un'analisi di utilizzo di ATP e un saggio di colorazione live/dead. I risultati possono essere combinati o usati individualmente per l'esame di sopravvivenza batterica all'interno di aggregazioni dopo il trattamento antibiotico. Il dosaggio di utilizzazione di ATP è stato indicato per misurare con precisione praticabile batteri Staphylococcus aureus biofilm20,21. Qui, MS11Opa + Pil + ceppo è stato utilizzato per esaminare il ruolo di aggregazione di GC nella suscettibilità agli antibiotici. Dati aggregati non MS11Opa + Pil +, MS11Opa + Pil aggregato +, o aggregati e poi interrotto da sonicazione MS11Opa + Pil + sono stati trattati con diluizioni seriali del ceftriaxone e l'ATP livello misurato (Figura 1A). Nel confrontare la sopravvivenza per cento con e senza trattamento antibiotico, GC pre-aggregati hanno avuti sopravvivenza significativamente più alta che GC non aggregati o aggregazione-perturbato con uguale a o superiore a 0,015 µ g/mL di ceftriaxone (MIC da test di diluizione agar ( Tabella 4)). MS11Opa + Pil-, MS11ΔOpa o MS11ΔLgtE, che hanno la stessa diluizione agar MIC (tabella 4), ma formare aggregati più piccoli, è stato esaminato e rispetto a MS11Opa + Pil + (Figura 1B). MS11Opa + Pil +, formando aggregati più grandi, avevano il livello di ATP superiore con ceftriaxone trattamento di ceppi mutanti.
Live/dead macchiatura è stata utilizzata in diversi studi relativi a biofilm/aggregazione22,23. Per determinare l'effetto dell'aggregazione, pre-aggregati MS11Opa + Pil + è stata trattata con o senza ceftriaxone e ripreso. Questo consente sia di visualizzazione (che può essere quantificata) e la distribuzione di GC dal vivo e morto dopo il trattamento antibiotico (Figura 2A- due pannelli a sinistra). I batteri morti (rosso) erano in gran parte situati presso gli strati più esterni, mentre live GC (verde) sono stati situati principalmente nel nucleo di ceftriaxone trattati aggregati. Questa procedura è stata eseguita con MS11Opa + Pil-, MS11ΔOpa o MS11ΔLgtE, per esaminare il tasso di sopravvivenza e dimensioni di aggregazione (Figura 2A). MS11Opa + Pil + è stato indicato per formare il più grande e MS11Opa + Pil-gli aggregati più piccoli (Figura 2A, B). MS11Opa + Pil + aggregati erano ancora vivi nel livello principale mentre GC nella piccole inerti sfusi di MS11ΔOpaPil +, MS11Opa + Pil-, e MS11ΔLgtEPil + erano morti (Figura 2A, C). In base alle dimensioni e alla sopravvivenza, un grafico di correlazione possa essere tracciato per esaminare la relazione tra dimensioni di aggregazione e sopravvivenza antibiotico (Figura 2D).

Tabella 1: Ricetta per 1 L di GCK piastra di Agar.

Tabella 2: Ricetta per 1 L di 100 x supplemento di Kellogg.

Tabella 3: Ricetta per 1 L di GCP crescita batterica Media.

Tabella 4: concentrazione inibitoria minima di ceppi di GC trattati con ceftriaxone. MS11Opa + Pil +, MS11ΔOpa, MS11ΔLgtE e MS11Opa + Pil - erano cresciuti e sospeso in GCP. Test di diluizione agar è stata quindi effettuata con seriale concentrazione di ceftriaxone da 0.0016 - 0,25 µ g/mL.

Figura 1 : Dati rappresentativi del tasso di sopravvivenza di GC aggregato nell'ambito del trattamento di ceftriaxone dall'analisi di ATP-utilizzo. Tasso di sopravvivenza di (A) confronto di MS11Opa + Pil + sospensione senza pre-aggregare, pre-aggregare per 6 h o interrompere dopo pre-aggregare per confronto tra tassi di sopravvivenza h. 6 (B) di 6 h aggregati MS11Opa + Pil + con MS11ΔOpaPil +, MS11Opa + PIL-, o MS11ΔLgtEPil +. Indicati sono valori medi (± DS) ottenuti da tre esperimenti indipendenti. p < 0,001; p < 0.01; p < 0.05. Questa cifra era precedentemente pubblicati 24 ed è usata con permesso. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2 : Dati rappresentativi della distribuzione live/dead batteri all'interno di aggregati nell'ambito del trattamento di ceftriaxone. (A) pre-aggregate MS11Opa + Pil +, MS11ΔOpaPil +, MS11Opa + Pil-, o MS11ΔLgtEPil + era sia incubate in presenza o assenza di 1 µ g/mL ceftriaxone per 2 h. aggregati erano quindi macchiati per visualizzare praticabile (verde) e morti (rosso) GC e visualizzati con microscopio a fluorescenza confocale. Barra della scala: 50 µm. immagini quindi sono state analizzate per dimensioni di aggregazione (B) e (C) rapporto di GC (D), un grafico di correlazione e vive-di-morte quindi è stato creato. Indicati sono valori medi (SD) ottenuti da > 40 immagini di tre esperimenti indipendenti. p < 0,001; p < 0.01; p < 0.05. Questa cifra era precedentemente pubblicati 24ed è usata con permesso. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Gli autori non hanno nulla a rivelare.
Un'analisi di ATP-misurazione semplice e live/dead metodo di colorazione sono stati usati per quantificare e visualizzare le gonorree di Neisseria sopravvivenza dopo il trattamento con ceftriaxone. Questo protocollo può essere esteso per esaminare gli effetti antimicrobici di qualsiasi antibiotico e può essere utilizzato per definire la concentrazione inibitoria minima di antibiotici in biofilm batterici.
Questo lavoro è stato supportato da una sovvenzione dal National Institute of Health D.C.S e W.S. AI123340. L.-C.W., J.W., A.C., ed E.N. sono stati sostenuti in parte/partecipare al programma "Il primo anno l'innovazione & ricerca Experience" finanziato dall'Università del Maryland. I finanziatori non avevano alcun ruolo in studio progettazione, raccolta dati e analisi, decisione di pubblicare o preparazione del manoscritto. Riconosciamo l'UMD CBMG Imaging Core per tutti gli esperimenti di microscopia.
| 100x integratore | Kellogg's | ||
| Agar | Stati Uniti Biologico | A0930 | |
| BacTiter Assay | Promega | G8232 | |
| Ceftriaxone | TCI | C2226 | |
| Difco GC base media | BD | 228950 | |
| Nitrato ferrico, nonaidrato | Sigma-Aldrich | 254223-10G | |
| Glucosio | Thermo Fisher Scientific | BP350-1 | |
| L-glutammina Polvere cristallina | Fisher Scientific | BP379-100 | |
| BacLight colorazione viva/morta | Invitrogen | L7012 | |
| MS11 Neisseria gonorrhoeae ceppo | gentilmente fornito dal Dr. Herman Schneider, Walter Reed Army Institute per Ricerca | ||
| Potassio fosfato bibasico (K2HPO4) | Fisher Scientific | P290-500 | |
| Potassio fosfato monobasico (KH2PO4) | Fisher Scientific | BP329-1 | |
| Proteoso Peptone | BD Biosciences | 211693 | |
| Cloruro di sodio (NaCl) | Fisher Scientific | S671-10 | |
| Amido solubile | Sigma-Aldrich | S9765 | |
| Tiamina pirofosfato | Sigma-Aldrich | C8754-5G | |
| Attrezzatura | |||
| Piastre di Petri | VWR | 25384-302 | |
| a 8 pozzetti camera inferiore del vetrino coprioggetti | Thermo Fisher Scientific | 155411 | |
| Piastre per colture tissutali a 96 pozzetti | Corning, Falcon | 3370 | |
| Biosafety Cabinet (NU-425-600 Classe II, A2 Laminar Flow Biohazard Hood) | Nuaire | 32776 | |
| CO2 Incubatore | Fisher Scientific | Modello 3530 | |
| Microscopio confocale dotato di camera di imaging dal vivo | Leica | SP5X | |
| Corning 96 pozzetti Micropiastra in polistirene nero | Corning | 3904 | |
| Glomax Illuminatore | Promega | E6521 | |
| Puntali per pipette (0,1-10 &; micro; L) | Thermo Fisher Scientific | 02-717-133 | |
| Puntali per pipette (1000 &; micro; L) | VWR | 83007-382 | |
| Puntali per pipette (200 µ L) | VWR | 53509-007 | |
| Spettrofotometro Ultrospec 2000 UV | Pharmacia Biotech | 80-2106-00 | |
| Provette coniche sterili da 15 ml | VWR | 21008-216 | |
| Provette sterili per microcentrifuga (1,7 mL) | Sorenson BioScience | 16070 | |
| Applicatori sterili con punta in poliestere | Fisher Scientific | 23-400-122 | |
| Sonicator | Kontes | Equivalente a 9110001 |