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Research Article
Wen-Yang Hu1, Dan-Ping Hu1, Lishi Xie1, Lynn A. Birch1, Gail S. Prins1,2,3
1Department of Urology, College of Medicine,University of Illinois at Chicago, 2Department of Pathology, College of Medicine,University of Illinois at Chicago, 3University of Illinois Cancer Center, College of Medicine,University of Illinois at Chicago
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Utilizzando le cellule epiteliali primarie umane, riportiamo un nuovo metodo privo di biomarcatori di caratterizzazione funzionale delle cellule staminali da un saggio di ritenzione di etichette basato su sferoidi. Viene descritto un protocollo passo-passo per l'etichettatura delle celle 2D BrdU, CFSE o Far Red; formazione di sferoidi tridimensionali; l'identificazione delle cellule staminali di conservazione dell'etichetta mediante immunocitochimica; e l'isolamento da parte della FACS.
Nonostante i progressi nella ricerca sulle cellule staminali adulte, l'identificazione e l'isolamento delle cellule staminali dai campioni di tessuto rimane una sfida importante. Mentre le cellule staminali residenti sono relativamente quiescenti con vincoli di nicchia nei tessuti adulti, entrano nel ciclo cellulare in coltura tridimensionale senza ancora (3D) e subiscono sia la divisione cellulare simmetrica che asimmetrica, dando origine sia al gambo che al progenitore Cellule. Questi ultimi proliferano rapidamente e sono la popolazione cellulare principale in varie fasi dell'impegno di lignaggio, formando sferoidi eterogenei. Utilizzando le normali cellule epiteliali della prostata umana primaria (HPrEC), è stato sviluppato un saggio basato su sferoide di ritenzione di etichette che consente l'identificazione e l'isolamento funzionale delle cellule staminali che lo sferoide operino a una risoluzione a singola cellula.
HPrEC o linee cellulari sono bidimensionali (2D) coltivate con BrdU per 10 giorni per consentire la sua incorporazione nel DNA di tutte le cellule che si dividono, comprese le cellule staminali auto-rinnovanti. Wash out inizia al momento del trasferimento alla coltura 3D per 5 giorni, durante i quali le cellule staminali si auto-rinnovano attraverso la divisione asimmetrica e avviano la formazione di sferoidi. Mentre le cellule staminali figlie relativamente quiescenti conservano il DNA parentale etichettato da BrdU, i progenitori della figlia proliferano rapidamente, perdendo l'etichetta BrdU. BrdU può essere sostituito con CFSE o Far Red pro-dyes, che consentono l'isolamento delle cellule staminali vive da FACS. Le caratteristiche delle cellule staminali sono confermate dalla formazione in vitro sferoide, dai saggi di rigenerazione dei tessuti in vivo e dalla documentazione delle loro divisioni cellulari simmetriche/asimmetriche. Le cellule staminali isolate che conservano l'etichetta possono essere rigorosamente interrogate da studi molecolari e biologici a valle, tra cui RNA-seq, ChIP-seq, cattura a singola cellula, attività metabolica, profilazione del proteoma, immunocitochimica, formazione di organiidi e rigenerazione dei tessuti in vivo. È importante sottolineare che questo approccio di isolamento delle cellule staminali funzionali privo di marcatori identifica le cellule staminali provenienti da campioni di cancro freschi e linee cellulari tumorali di più organi, suggerendo un'ampia applicabilità. Può essere usato per identificare biomarcatori cellulari simili a tumori, prodotti farmaceutici di schermata che prendono di mira le cellule staminali tumorali e scoprire nuovi bersagli terapeutici nei tumori.
La ghiandola prostatica umana contiene epitelio luminoso con funzione secretoria e cellule basali sottostanti insieme a un insolito componente delle cellule neuroendocrine. Le cellule epiteliali, in questo caso, sono generate da una rara popolazione di cellule staminali prostate che sono relativamente quiescenti in vivo e fungono da sistema di riparazione per mantenere l'omeostasi ghiandolare per tutta la vita1. Nonostante molti progressi, l'identificazione e l'isolamento funzionale delle cellule staminali prostata rimane una sfida importante nel settore. I biomarcatori delle cellule staminali staminali, comprese le metodologie basate su marcatori di superficie cellulare combinate con la citometria di flusso, sono comunemente utilizzati per la ricerca sulle cellule staminali2,3,4. Tuttavia, i risultati per l'arricchimento e l'isolamento variano ampiamente in funzione delle combinazioni di marcatori e della specificità degli anticorpi5,6, sollevando domande sull'identità delle cellule isolate. Un altro approccio ampiamente utilizzato per l'arricchimento delle cellule staminali è la coltura tridimensionale (3D) degli sferoidi2,3,4. Mentre le cellule staminali residenti sono relativamente quiescenti in vivo con vincoli di nicchia, subiscono la divisione cellulare nella coltura a matrice 3D (sia simmetrica che asimmetrica), generando cellule staminali e progenitrici che si riproducono rapidamente verso l'impegno di lignaggio7,8. Gli sferoidi formati sono una miscela eterogenea contenente sia cellule staminali che cellule progenitrici in varie fasi dell'impegno di lignaggio, comprese le cellule progenitrici in fase iniziale e tardiva. Pertanto, i saggi che utilizzano gli interi sferoidi non sono esclusivi per le cellule staminali, rendendo inconcludente l'identificazione di proprietà uniche delle cellule staminali. Pertanto, è fondamentale creare saggi per identificare e separare le cellule staminali della prostata dai loro progenitori figlia. A tal fine, l'obiettivo dell'attuale protocollo è quello di stabilire un sistema di analisi che consenta l'identificazione e l'isolamento efficienti delle cellule staminali dai tessuti prostata umani seguiti da una solida analisi a valle delle loro funzioni biologiche.
La ritenzione a lungo termine dell'etichetta a 5-bromo-2'-deoxyuridina (BrdU) è ampiamente utilizzata per la tracciabilità in vivo e in vitro delle cellule staminali in base al loro tempo di raddoppio prolungato9,10. L'attuale approccio per l'identificazione delle cellule staminali prostate e l'isolamento descritto qui si basa sulle loro caratteristiche quiescenti relative e sulle proprietà di ritenzione delle etichette all'interno di una popolazione epiteliale mista. Inoltre, sulla base dell'ipotesi del DNA del filamento immortale, solo le cellule staminali possono subire la divisione asimmetrica delle cellule. La cellula staminale rappresenta la cellula figlia che contiene il DNA parentale più vecchio, mentre la cellula progenitore, che è una cellula figlia impegnata, riceve il DNA appena sintetizzato. L'esclusiva proprietà delle cellule staminali descritta in precedenza viene sfruttata per eseguire l'etichettatura BrdU nelle cellule staminali parentali nelle colture primarie e quindi tenere traccia della loro etichetta dopo il lavaggio di BrdU al momento del trasferimento nella coltura di sferidi senza ancoraggio 3D. Mentre la maggior parte delle cellule epiteliali prostate primarie conservaun fenotipo basale e di transito amplificando nella coltura 2D, c'è anche una rara popolazione di cellule staminali multipotenti che ricostituiscono e mantengono l'omeostasi epiteliale come evidenziato dalla formazione di sferoidi o organoidi completamente differenziati con corrispondenti mezzi di coltura al momento del trasferimentoaisistemi 3D3,12. Nel nostro protocollo attuale, utilizzando sferoidi prostata HPrEC o brdU, CFSE o far Red ritenzioni seguite dallo smistamento delle cellule attivate a fluorescenza (FACS), identifichiamo cellule staminali che conservano l'etichetta negli sferoidi a livello di singola cellula13.
È importante sottolineare che abbiamo ulteriormente confermato le caratteristiche delle cellule staminali delle cellule che conservano l'etichetta all'interno di sferoidi in fase iniziale rispetto alle cellule progenitrici con impegno di lignaggio. Questi includono la divisione asimmetrica delle cellule staminali, la capacità di formazione di sferoidi in vitro e la capacità di rigenerazione dei tessuti in vivo, elevata attività dell'autofagia, biogenesi ribosomiana aumentata e diminuzione dell'attività metabolica. Successivamente, è stata eseguita l'analisi RNAseq. Sono stati osservati geni espressi in modo differenziale nelle cellule sferoidi che conservano l'etichetta che possono servire come nuovi biomarcatori per le cellule staminali della prostata umana. Questo approccio basato su sferoidi, che mantiene l'etichetta può applicarsi ai campioni di cancro per identificare in modo simile un piccolo numero di cellule staminali tumorali, fornendo così opportunità traslazionali per gestire le popolazioni resistenti terapeutiche13. Di seguito è presentato il saggio di ritenzione delle etichette basato sulla prostasfera che utilizza come esempio le cellule epiteliali primarie umane (HPrEC).
Tutte le manipolazioni delle cellule e i preparati dei supporti devono essere eseguiti con tecnica asettica in un mobile di sicurezza biologica di classe II (BSC).
1. Cultura e manutenzione delle cellule HPrEC in 2D
2. Etichettatura HPrEC con BrdU, CFSE o Far Red pro-dyes
NOTA: le celle possono procedere al passaggio 2.1 o al passaggio 2.2 seguito dal trasferimento alla coltura della prostasfera 3D, come descritto nel passaggio 3.1.
3. Formazione della prostasfera nel sistema di coltura della membrana del seminterrato 3D
4. Identificazione delle cellule staminali prostate che conservano BrdU mediante colorazione immunofluorescente
5. Isolamento delle cellule staminali della prostata che conservano l'etichetta CFSE mediante lo smistamento FACS
Le normali cellule epiteliali umane primarie vengono inserite in piatti di coltura rivestiti di fibronectina e la crescita cellulare è mantenuta nellacoltura2D ( Figura 1a). Al momento del trasferimento nella coltura 3D con una matrice di membrana seminterrato, le cellule epiteliali differenziate si esauriscono lentamente. Solo le cellule staminali della prostata possono sopravvivere in una coltura senza ancora e formare sferoidi in 5 giorni (Figura 1b).
La doppia etichettatura delle cellule epiteliali prostata nella coltura 2D seguita dalla formazione di sferidi nella coltura 3D indica la colocalizzazione di BrdU, CFSE e Far Red nelle stesse celle di conservazione dell'etichetta (Figura 2a-i).
Le cellule che conservano l'etichetta mostrano le caratteristiche delle cellule staminali negli sferoidi del giorno 5. La doppia immunostaining mostra che le cellule che conservano l'etichetta presentano livelli più bassi di proteina citokeratina KRT14; diminuzione della proteina di giunzione cellulare E-cadherin14; aumento delle proteine marcatore precoce delle cellule staminali Wnt10B13,15,16 e ALDH1A1; aumento della proteina autofagia LC3, un indicatore dell'attività del flusso di autofagia17; e ha aumentato la miosina IIB (Figura 3a-f).
Un saggio di ritenzione di etichette basato su sferoidi rileva con successo anche cellule staminali tumorali nei campioni di cancro alla prostata (Figura 4). Ciò consentirà la scoperta di veri biomarcatori per le cellule staminali tumorali e potrebbe identificare nuovi obiettivi terapeutici per il cancro alla prostata.

Figura 1: Manutenzione dell'HPrEC nella cultura 2D e nella formazione di sferoidi nella cultura 3D. (a) Una cultura primaria 2D di HPrEC è stata etichettata brdU e trasferita alla coltura 3D con formazione prostasfera il giorno 5 (b). Barre di scala - 400 m. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: Identificazione delle cellule di conservazione delle etichette a lungo termine nelle prostasfere primarie. Doppia etichettatura di BrdU (rosso) e CFSE (verde); CFSE (verde) e Rosso lontano (rosso); BrdU (verde) e Far Red (rosso) hanno identificato le stesse cellule staminali con ritenzione del DNA parentale. Tutte le etichette BrdU, CFSE o Far Red in celle progenitrici che si dividono rapidamente (DAPI, blu) sono state diluite e perse (a-i). Le immagini rappresentative mostrano la coetichetta BrdU/CFSE (a-c) (pannello superiore), CFSE/Far Red (d-f) (pannello centrale) e BrdU/Far Red(g-i) (pannello inferiore) in celle a singola prostasfera (PS). Barre di scala - 50 m. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Cellule PS che conservano etichette che presentano proprietà delle cellule staminali. Rispetto alle cellule progenitrici non Le cellule staminali BRdU o CFSE che conservano l'etichetta presentano (a) livelli inferiori di citokeratina 14 (KRT 14), (b) i livelli ridotti di E-cadherin, (c) livelli elevati di Wnt10B, (d) livelli più elevati di ALDH1A1,(e) hanno aumentato l'LC3 e (f) le proteine IIB aumentate. Barre di scala - 50 m. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: Utilizzo del saggio di conservazione dell'etichetta basato sulla sfera per l'identificazione di cellule staminali tumorali. Le cellule staminali del cancro che conservano l'etichetta CFSE negli sferoidi derivati da campioni di cancro alla prostata umana hanno mostrato una riduzione della proteina E-cadherin rispetto alle cellule progenitrici non etichettate. Barre di scala - 50 m. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Gli autori non hanno rapporti finanziari da rivelare.
Utilizzando le cellule epiteliali primarie umane, riportiamo un nuovo metodo privo di biomarcatori di caratterizzazione funzionale delle cellule staminali da un saggio di ritenzione di etichette basato su sferoidi. Viene descritto un protocollo passo-passo per l'etichettatura delle celle 2D BrdU, CFSE o Far Red; formazione di sferoidi tridimensionali; l'identificazione delle cellule staminali di conservazione dell'etichetta mediante immunocitochimica; e l'isolamento da parte della FACS.
Questo studio è stato sostenuto da sovvenzioni del National Cancer Institute R01-CA172220 (GSP, WYH), R01-ES02207 (GSP, WYH). Ringraziamo il Flow Cytometry Core dell'Università dell'Illinois a Chicago per l'assistenza sullo smistamento delle cellule.
| 0,05% Tripsina-EDTA | Gibco | 25300-054 | |
| Siringhe per tubercolina da 1 mL | Bectin Dickinson | BD 309625 | |
| Provette per microcentrifuga da 1,5 mL, piastre di coltura sterili | |||
| da 100 mm | Piastra di coltura Corning/Falcon | 353003 | |
| 12 pozzetti | Centrifuga Corning/Falcon | 353043 | |
| da 15 mL tubi | Corning/Falcon | 352097 | |
| vetrini coprioggetti 22 x 22 mm, quadrati | Corning | 284522 | Per MatTek Piatto di coltura da 35 mm |
| 24 x 50 mm Vetrini coprioggetti | Corning | 2975245 | |
| 26G x 1,5 pollici Ago ipodermico | Monoject | 1188826112 | |
| 2N HCl | |||
| 35 mm con coperchio fondo in vetro | MatTek Corp | P35G-0-10-C | Fondo in vetro n. 0, non rivestito, irradiato |
| 40 µ filtro cellulare in nylon a poro | m Corning | 352340 | |
| incubatore per coltura CO2 al 5%, 37 gradi C | Forma | ||
| Provette da centrifuga da 50 ml | Corning/Falcon | 352098 | |
| Provetta a fondo tondo in polistirene da 5 ml con tappo a scatto | Corning | 352235 | 35 &; m Piastre |
| coltura a 6 pozzetti | in rete di nylon Corning | 353046 | |
| Vetrini per camera a 8 pozzetti | Millipore Sigma | PEZGS0816 | |
| Terreno di montaggio acquoso contenente DAPI | Vector Laboratories | H-1200 | A colorante fluorescente nucleare |
| Cabina di sicurezza biologica, certificata | |||
| BrdU di livello 2 (5-bromo-2'-deossiuridina) | Sigma-Aldrich | B5002 | 1 mM soluzione madre in DMSO |
| Centrifuga per provette da microcentrifuga da 1,5 mL | Eppendorf | ||
| Centrifuga per provette da 15 mL | Beckman Coulter | Allegra 6 | |
| CFSE (carbossifluoresceina succinimidil estere) | Thermo Fisher Scientific | C34554 | 5 mM soluzione madre in DMSO |
| citocalasina D | Thermo Fisher Scientific | PHZ1063 | |
| Dispase 1U/mL | StemCell Technologies | 07923 | |
| FACS CellSorter MoFlo XDP | Beckman Coulter | s | |
| Far-Red pro-dye | Thermo Fisher | C34564 | 5 mM soluzione madre in DMSO |
| Siero fetale bovino (FBS) | |||
| Fibronectina | Sigma-Aldrich | F0895 | Per il rivestimento di piastre di coltura da 100 mm |
| Microscopio fluorescente con fotocamera digitale a colori | Microscopio fluorescente Carl Zeiss | Axioskop 20; digitale a colori Axiocamera | |
| Capra anti-topo IgG (H+L) Anticorpo secondario altamente adsorbito, Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher | A-11029 | |
| HPrEC (Cellule epiteliali prostatiche umane normali primarie) | Lifeline Cell Technology | FC-0038 | Raggruppato da 3 giovani donatori di organi liberi da malattia (19-21 anni); 1 x 105 cellule/mL; conservato in secchiello |
| per il ghiaccio | ad azoto liquido e ghiaccio|||
| Microsope invertito con fotocamera | digitale | ||
| Matrigel, basso fattore di crescita, privo di rosso fenolo | Corning | 356239 | |
| Metanolo | Corning | A452-4 | |
| Anticorpo anti-BrdU di topo | Segnalazione cellulare | 5292S | |
| Anticorpo IgG di topo ( controllo negativo) | Santa Cruz Biotechnology | sc-2025 | |
| Siero di capra normale | Vector Laboratories | S-1000 | |
| Soluzione salina tamponata con fosfato (PBS), pH 7,4 | Sigma-Aldrich | P5368-10PAK | |
| Pipettatori e punte, varie dimensioni | |||
| PrEGM (ProstaLife Epithelial Cell Growth Medium) | Lifeline Cell Technology | LL-0041 | |
| Ioduro di propidio (PI) | R & D Sistemi | 5135/10 | 10 μ g/mL di PI in PBS conservato a 4 ° C nel buio |
| Pipette sierologiche, varie dimensioni | |||
| Software per il conteggio delle sfere e le misure | dimensionali | ||
| Software: Immagini 3D con Imaris un software di imaging con capacità | di disegno a mano libera | ||
| Triton X-100 | Millipore Sigma | T8787 | |
| Bagnomaria, 37 ° Immagini C | |||
| z-stack con un microscopio | confocale a fluorescenza invertita a luce trasmessa |