Lo spazio chimico coperto da prodotti naturali è immenso e ampiamente non riconosciuto. Pertanto, sono desiderate metodologie convenienti per eseguire una valutazione ad ampio raggio delle loro funzioni in natura e potenziali benefici umani (ad esempio, per applicazioni di scoperta di farmaci). Questo protocollo descrive la combinazione di estrazione del genoma (GM) e networking molecolare (MN), due approcci contemporanei che corrispondono alle annotazioni con codifica a cluster genico nel sequenziamento dell'intero genoma con le firme della struttura chimica da estratti metabolici grezzi. Questo è il primo passo verso la scoperta di nuove entità naturali. Questi concetti, se applicati insieme, sono qui definiti come estrazione genomica guidata da MS. In questo metodo, i componenti principali sono designati in precedenza (utilizzando MN) e i nuovi candidati strutturalmente correlati sono associati alle annotazioni della sequenza del genoma (utilizzando GM). La combinazione di GM e MN è una strategia redditizia per colpire nuove spinadorsali molecolari o raccogliere profili metabolici al fine di identificare analoghi da composti già noti.