I modelli di colite murina sono strumenti ampiamente utilizzati in studi incentrati sulla comprensione della patobiologia dei disturbi intestinali infiammatori. Tuttavia, restano da definire standard solidi per una quantificazione obiettiva e riproducibile della gravità della malattia. La maggior parte dei metodi di analisi della colite si basano su un punteggio istologico limitato di piccoli segmenti dell'intestino, portando ad analisi parziali o parziali. Qui, combiniamo l'acquisizione di immagini ad alta risoluzione e l'analisi longitudinale dell'intero colon per quantificare la lesione intestinale e l'ulcerazione nel modello indotto dal solfato di sodio di dextran (DSS) della colite murina. Questo protocollo consente la generazione di risultati oggettivi e riproducibili senza un'ampia formazione degli utenti. Qui, forniamo dettagli completi sulla preparazione del campione e sull'analisi delle immagini utilizzando esempi di dati della colite indotta da DSS. Questo metodo può essere facilmente adattato ad altri modelli di colite murina che hanno un'infiammazione significativa associata a lesioni della mucosa. Dimostriamo che la frazione di mucosa infiammata/ ferita e erosa / ulcerata rispetto alla lunghezza completa del colon è strettamente parallela ai risultati clinici come la perdita di peso in mezzo alla progressione della malattia indotta dal DSS. Questo protocollo istologico fornisce un aiuto affidabile in termini di tempo ed economico per standardizzare le analisi dell'attività della malattia in modo imparziale negli esperimenti di colite DSS.