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Aspergillus fumigatus conidia sono agenti patogeni presenti nell'aria che possono penetrare nelle vie aeree umane. Le persone immunocompetenti senza allergie mostrano resistenza e tolleranza immunologica, mentre nei pazienti immunocompromessi, i conidi possono colonizzare le vie aeree e causare gravi disturbi respiratori invasivi. Varie cellule in diversi compartimenti delle vie aeree sono coinvolte nella risposta immunitaria che previene l'invasione fungina; tuttavia, gli aspetti spazio-temporali dell'eliminazione dei patogeni non sono ancora completamente compresi. L'imaging tridimensionale (3D) di organi a montaggio intero otticamente cancellati, in particolare i polmoni di topi sperimentali, consente il rilevamento di agenti patogeni etichettati fluorescentmente nelle vie aeree in diversi punti temporali dopo l'infezione. Nel presente studio, descriviamo una configurazione sperimentale per eseguire un'analisi quantitativa della distribuzione di A. fumigatus conidia nelle vie aeree. Utilizzando la microscopia a scansione laser confocale fluorescente (CLSM), abbiamo tracciato la posizione dei conidi etichettati fluorescentemente nei rami bronchiali e nel compartimento alveolare 6 ore dopo l'applicazione orofaringea ai topi. L'approccio qui descritto è stato precedentemente utilizzato per il rilevamento della posizione precisa del patogeno e l'identificazione delle cellule che interagiscono con i patogeni in diverse fasi della risposta immunitaria. La configurazione sperimentale può essere utilizzata per stimare la cinetica dell'eliminazione del patogeno in diverse condizioni patologiche.